Olá Anderson, infelizmente esse não é um um procedimento simples. Talvez melhor procurar ferramentas especializadas.

Excelente @lucassrossi, espero que aproveite, e qualquer dúvida, é só deixar nos comentários.

Prezada @miriancosta3101, dica anotada.

@@emagicoj Grata.

Prezado John... Obrigado pelo elogio. O valor de média (mean), é literalmente o valor da média dos pixel para cada área medida. Então isso vai te dar um valor representativo para cada célula (área marcada). O RawIntDen é a soma do valor de todos os pixels ná área marcada. Por fim o IntDen é a média, mas em função da área na unidade de medida calibrada. Ou seja, se sua imagem está calibrada para micrometros, O programa pega o RawIntDen e divide pela área em micrometros para dar um valor de intensidade/um^2. É uma normalização também, mas atente-se que é diferente do mean value, por que é em função da unidade calibrada. Agora, quanto a que valor usar. Isso vai ser uma decisão sua. Tem vez que a soma de todos os valores sem normalizar é mais importante do que a média... tem vez que as duas info juntas são importantes...

Olá @bionomas. Não tenho um vídeo sobre sobre esse comando ou sobre o assunto de comandos. Mas assim que eu voltar a postar novos vídeos, farei uma série sobre comandos básicos até chegar no que eu utilizei para fazer essa tarefa.

@@emagicoj boa tarde amigo, estou trabalhando com Biometria em primatas e faço análise de algumas manchas nos indivíduos utilizando o imageJ, mas estou achando bem trabalhoso ter q delinear todas as manchas com o polígono, gostaria de poder utilizar a análise de partículas para realizar a medição da área das manchas, porém não sei oq acontece que o software não reconhece uma mancha como um todo e ele seleciona pontos aleatórios na mancha, poderia me auxiliar com isso? Agradeceria muito! 🙏🙏

@@biononas , me envie um email ([email protected]) com uma imagem representativa. Se puder colocar no "assunto" do email: [EmagicoJ] - seu texto..., Vai facilitar para mim. e de la continuamos nossa conversa.

Manuel, se a imagem estiver calibrada, os resultados de medida ja saem na calibração, caso contrário os resultados sempre são aprensentados em forma de quantidade de pixels. Tendo isso dito, pode ser que sua imagem ja seja caluibrada ou não, a depender de como o arquivo é salvo e qual equipamento você está utilizando. Se sua imagem não for calibrada você sempre pode calibrar ela utilizando um objeto de referencia (ex.: os quadrados de uma lamina de citologia, ou micro-esferas de vidro de tamanho padrão, moedas, réguas). Lembre-se que toda calibração tem um erro e isso pode ser medido.

Ola Manoel, o caminho é Image>Adjust>BeC no menu do ImageJ

Ola Gabriel, eu dei uma olhada rápida no vídeo que você mandou, e tudo que eu posso imaginar é que eles adquiriram todos os valores de intensidade integrada de pixels de todas as fotos e depois devem ter feito uma média para cada foto, e depois plotado o gráfico em um programa (ex: Excel), para fazer "transformar (o dado) para concentração em função do tempo utilizando a Lei de Beer". Eles devem ter usado uma curva de calibração que correlaciona de maneira linear a concentrações conhecidas da substancia e a absorbância (aqui inferida pela intensidade integrada de pixel). Isso é possível por que o "cumprimento do meio/cuba" é o mesmo para todas as amostas e o cumprimento de onda também. Pela minha rápida observação a única coisa que não ficou claro é: como eles fizeram a curva de calibração? Da onde eles tiraram as concentrações conhecidas? Espero ter ajudado com meu comentário, não exite em perguntar mais caso tenha mais dúvidas. E-mágicoJ

@@emagicoj pois é, eu iria fazer da mesma forma utilizando o programa, mas não sei como eles fizeram isso! 😹 Muito obrigado!

@@gabrielhernandezrozo848 o ImageJ vai te ajudar com a quantificação da intensidade de pixel... o resto é com você, seja criativo, invente seus métodos, e não se limite ao que os outros mostram. Boa sote.

Wilson Botelho, obrigado pelo comentário. Se eu entendi sua pergunta direito, você está selecionando várias áreas de interesse (ROI) de uma imagem RGB e gostaria de media a intensidade de Red-Green-Blue de cada um desses canais nas suas ROIs. 1- Para selecionar as diferentes áreas você pode deixar todas elas registradas utilizando a ferramenta "Roi menager", bastando apenas clicar a tecla T para cada área que você seleciona, e assim criando uma lista de áreas de interesse para sua analise. 2- Em Analyse>Set Measurements você escolhe os parâmetros que você quer medir (ex: integrated density ou gray valeu mean). 3- Para medir cada canal separado é importante que sua imagem RGB esteja separada em três canais, normalmente representados com a presença da barra de rolagem em baixo da imagem. Se não tiver para fazer isso bas ir em Image>Color>Make composite. 4- Ok nesse momento você está pronto para medir todas as áreas ao mesmo tempo. Basta clicar na janela do ROI Manager, selecionar todos as áreas, e clicar em More>Multi measure. Com isso O FIJI irá fazer uma medida em cada canal (colunas) em cada área que você selecionou (linhas). Atente-se ao fato que se você selecionar vários parametros para serem medidos (ex: 3 parametros) , então as 3 primeiras colunas serão referentes ao canal Red, as 3 do meio ao canal Green, e as três ultimas ao canal Blue. Espero ter te ajudado. Se precisar de mais informação pode entrar em contato.. Abraço, Guilherme

@@emagicoj Muito Obrigado Guilherme. Irei tentar e depois lhe dou o retorno.

@@emagicoj Bom dia Guilherme. Consegui realizar as medidas seguindo suas orientações e deu certo, muito obrigado. Gostaria de tirar algumas dúvidas. Eu tenho aqui uma imagem obtida através de um scanner de 60 sementes onde o fundo é preto. Para eu testar o que você me orientou eu selecionei as áreas de interesse com o freehand (selecionei o contorno da semente), mas existe algum comando para selecionar todas as áreas de interesse, que neste caso, seriam as sementes de uma única vez, para em seguida realizar a extração dos canais? ou o processo é manual mesmo? Minha outra dúvida é quanto ao resultado final da análise. Fiz com três ROI. O resultado sai da seguinte forma: area1 maen 1 stdDev 1 mode1 min1 max1 .... area 2 mean 2.... 1 143,... 2 107,.... 3 32,.... e depois se repete para o 2 e 3. No caso, mean 1 seria para o primeiro ROI e a linha 1 seria o canal R, a linha 2 o canal G e a linha 3 o canal B? Pois aumentando o número de amostras aumenta o número de colunas (area4....., area5....,) mas o número de linhas permanece o mesmo. Desde já agradeço a ajuda e as orientações.

@@wilsonbotelho3530 MUITO BOM>>>> vou começar com a segunda pergunta... você está CORRETO... eu inverti na minha resposta. As linhas são os canais e as colunas são as ROIs. Para a sua primeira pergunta, basta apenas, na janela "ROI manager", você clicar utilizando a tecla shift em todas as ROIs ou apertar Cntrl+A para selecionar tudo... então faz o mesmo processo, clicar na janela do ROI Manager, selecionar todos as áreas, e clicar em More>Multi measure.

@@emagicoj Valeu Guilherme. Eu acabei não sendo tão claro na primeira pergunta. Sua orientação quanto a seleção deu certo. A minha pergunta no comentário anterior se refere justamente a seleção do ROI (das áreas na imagem, durante o processo de registro). Usando o FreeHand eu tenho que selecionar individualmente cada região das sementes e registrar o ROI. Realizando manualmente seria 60x só para essa imagem. O que quero saber é se tem algum comando que reconheça as áreas, regiões de interesses ou coordenadas das sementes e me possibilite registrar os ROI, neste caso das 60 sementes ou este é um trabalho manual mesmo? Espero ter passado a informação correta agora. Outra dúvida é que percebi que os resultados dos canais são as médias de R, G e B. Gostaria de saber se existe alguma comando para extrair o perfil de cada canal com a extensão de 0 a 255 utilizando este procedimento de registrar o ROI, depois selecionar todos usando o Ctrl + A e usar alguma função ou comando que me forneça os canais R, G e B da mesma forma quando usamos o comando Ctrl + H. Desculpe por tantas perguntas. Você é o primeiro que responde os comentários sobre o imageJ. Lhe parabenizo pelo excelente conteúdo e pela ajuda e orientação. Boa noite.

Wilson, obrigado pela pergunta. Para fazer qualquer coisa em uma região específica. Você seleciona a região utilizando a ferramenta do retangulo ou circulo por exemplo e aperta a leta t, para adicionar aquela regiao ao ROI manager. Depois você pode clicar na sua imagem RGB e então ir em Image>Type>HSB Stack. Essa ferramenta vai convertar a sua imagem RGB em um stack onde a Primeira imagem tem o valor Hue de cada pixel, a segunda tem a Saturação e a terceira o Brilho. Dessa forma agora você pode selecionar a sua área de interesse e gerar o histograma do parametro que você quiser, primeiro selecionando o stack que contem o parametro, depois selecionando a regiaão de interesse com o ROI maneger e por fim clicando em Analyse>Histogram. Se precisar de mais detalhes não exite em me escrever: [email protected]

Olá... A unidade de comprimento quem vai definir é a escala da calibração da imagem, isso pode ser predefinido pelo sistema de aquisição da imagem ou definido pós análise utilizando algum padrão. Qual escala você trabalha?

@@emagicoj Muito obrigado pela resposta, eu acabei de ver um outro vídeo que explicava sobre essa calibração, valeu.

Obrigado Rafa! Estou empolgado em criar esses tutorials e ajudar a pessoas a mergulharem nesse mundo. Rafa, resposta clássica: "Cada caso é um caso." Ferramentas como "Watershed", "Open" e "Close" podem ajudar voce. Eu vou comentar mais sobre essas ferramentas depois quando eu falar sobre segmentação de imagens. Mas se quiser pode me mandar mensagem para eu te ajudar no seu caso em particular.