Muchas gracias por tu video me ayudo mucho!

Gracias!

Excelente!!!!!

todo claro

👍

Buen trabajo 👏💜

Muy bueno el video, no se por que gente que se lo curra como tú no tiene más visibilidad !!!

GRACIAS. En menos de 5 minutos de vídeo he entendido lo que no ha podido ni sabido explicar mi profesora en varias horas... Te debo una!

Grandísimo vídeo que explica de una forma sencilla y tremendamente efectiva el proceso de PCR.

Mm en la elongación en la imagen el ADN Polimerasa esta sintetizado la cadena de 3' a 5' y no como dice de 5'a 3'

Excelente video!

Muy buen video 👌

Donde editaste tu video?

Nos metieron algo en la pcr para el bicho? Pero si yo solo me hice pcr para dar negativo y poder ir al gimnasio¿He sido vacunado a traves del puto pcr? Yo no quiero vacunarme, estoy en mi derecho de ser normal, me puedes dar la información? El pcr lleva adn del covid? Supuesto?

REFERENCIAS : [1] Rimantas Sapranauskas, Giedrius Gasiunas, Christophe Fremaux, Rodolphe Barrangou, Philippe Horvath, Virginijus Siksnys, The Streptococcus thermophilus CRISPR/Cas system provides immunity in Escherichia coli, Nucleic Acids Research, Volume 39, Issue 21, 1 November 2011, Pages 9275-9282, [2] Giedrius Gasiunas, Rodolphe Barrangou, Philippe Horvath, Virginijus Siksnys, Cas9-crRNA ribonucleoprotein complex mediates specific DNA cleavage for adaptive immunity in bacteria, PNAS September 25, 2012 109 (39) E2579-E2586 [3] Jinek M, Chylinski K, Fonfara I, Hauer M, Doudna JA, Charpentier E. A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity. Science. 2012 Aug 17;337(6096):816-21. [4] Cong L, Ran FA, Cox D, Lin S, Barretto R, Habib N, Hsu PD, Wu X, Jiang W, Marraffini LA, Zhang F. Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems. Science. 2013 Feb 15;339(6121):819-23. [5] Mali P, Yang L, Esvelt KM, Aach J, Guell M, DiCarlo JE, Norville JE, Church GM. RNA-guided human genome engineering via Cas9. Science. 2013 Feb 15;339(6121):823-6. [6] E. Pennisi, The CRISPR craze, Science, 341 (2013), pp. 833-836

CONTENIDO DEL VÍDEO: En el vídeo anterior repasamos la historia de unas misteriosas secuencias repetitivas y palindrómicas que fueron denominadas CRISPR, pero ¿qué representan esas siglas… “Cas” que aparecen junto a CRISPR en el premio Nobel de 2020? No hizo falta mucho tiempo desde el descubrimiento de las secuencias CRISPR, cuando en 2002 se describieron unos genes asociados a estas repeticiones de ADN a los que llamaron Cas, o genes asociados a CRISPR (CRISPR-associated genes). Estos genes se encontraban cerca de las secuencias CRISPR, sólo se encontraban en genomas con secuencias CRISPR y algunos de los primeramente descritos codificaban para proteínas involucradas en el metabolismo del ADN o la expresión génica (1). Recapitulemos, tenemos unas secuencias repetitivas y espaciadas denominadas CRISPR, que tienen asociadas unos genes involucrados en modificar el ADN llamados Cas, pero ¿qué función tienen? Mojica dio con una respuesta en 2003, pero dado que algunas las más prestigiosas revistas científicas se mostraron recelosas a publicar este estudio (2), sus hallazgos no fueron difundidos hasta 2005 (3). Mojica se centró, no en las secuencias repetitivas, sino en los espaciadores que había entre ellas y observó que las secuencias codificadas en los espaciadores no pertenecían a las bacterias o arqueas estudiadas, sino a entre otros elementos externos, como bacteriófagos. Pequeño inciso, un bacteriófago es un virus que infecta a procariotas (bacterias y arqueas). Podemos imaginarlo como una nave espacial hecha de proteínas y tripulada por un ácido nucleico, que puede ser ADN o ARN, cuando esta nave aterriza en la membrana de una bacteria o arquea inyecta el material genético y este se replica, usando las herramientas de la célula infectada para producir más bacteriófagos. Además, las bacterias que presentaban en sus espaciadores secuencias de un determinado bacteriófago eran resistentes a ser infectadas por este, sugiriendo que las secuencias CRISPR proporcionan una inmunidad específica contra ADN foráneo (3). Paralelamente, otros dos grupos publicaron descubrimientos similares (4,5). Resumiendo, en 2005 varios autores observaron que los espaciadores en las secuencias de CRISPR correspondían a trozos de ADN de posibles infecciones que la bacteria o arquea habían padecido y el tener esas secuencias en su genoma, a mi me gusta imaginármelos como trofeos de guerra, dotaba a estas de protección contra futuras reinfecciones, actuando como un sistema inmune específico contra elementos ajenos. Pero ¿cómo funciona? La respuesta a esta pregunta empezó a esbozarse en 2007, cuando experimentalmente se demostró la hipótesis de Mojica. Barrangou y asociados demostraron que las secuencias espaciadoras eran necesarias para dotar de resistencia contra bacteriófagos específicos a procariotas. Básicamente removieron los espaciadores de una bacteria con resistencia a un determinado bacteriófago y vieron que estas bacterias se volvían vulnerables a la infección, mientras que, si añadían dichos espaciadores en una bacteria susceptible a la infección, esta se volvía resistente al bacteriófago. Pero dieron con algo impredecible, estos espaciadores, por si solos eran incapaces de conferir resistencia, necesitaban de los elementos Cas, recordáis… los genes asociados a las secuencias CRISPR. Se vio que uno de ellos, denominando Cas5, que luego se conocerá como la famosa Cas9, era indispensable para la defensa contra ADN foráneo y tenía rol de nucleasa o, dicho de otra forma, una enzima que corta los ácidos nucleicos (6). Otra pieza del puzle apareció en 2008, cuando se vio que la secuencias CRISPR, eran transcritas y procesadas para formar ARN CRISPR (crRNAs) (7) y éste pequeño ARN se unía por complementariedad a los ADN foráneos (8). Más tarde se observó que el rol de esos crARN era guiar a la proteína Cas9 para cortar el ADN exógeno en un punto determinado (9). Pero aún faltaba un elemento que era indispensable para que la maquinaria funcionara y este era el ARN trans-activador (tracrRNA). Los grupos de Charpentier y Vogel describirían que este nuevo ARN es indispensable para la maduración de los ARN CRISPR (crRNAs) (10). Más tarde se vería de la mano de los grupos de Charpentier y Doudna, que no solo ayuda durante la maduración del ARN CRISPR sino que, el ARN trans-activador junto al ARN CRISPR forman una estructura que guían a las proteína Cas9 hacía el ADN foráneo para que esta endonucleasa pueda cortarlo (11). Bien…(inspirar, expirar)…ahora que tenemos todos los componentes, vamos a tomarnos estos últimos segundos para resumir en que consiste el proceso de CRISPR/Cas9. Cuando una bacteria es infectada por un bacteriófago a la que es resistente el locus CRISPR se pone a funcionar: A) se transcriben las secuencias CRISPR, formadas por las repeticiones palindrómicas y los espaciadores produciendo los CRISPR-ARN; B) se transcribe el ARN trans-activador y C) se transcribe y traduce la endonucleasa Cas9. El ARN trans-activador se une a las repeticiones palindrómicas del CRISPR-ARN para formar una estructura que es procesada por distintas moléculas. Como hemos visto las secuencias espaciadoras son complementarias al ADN del bacteriófago invasor de modo que se unirá a él y, el complejo CRISPR-ARN-trans-activador servirá como marca para ser reconocido por Cas9, que cortará el ADN foráneo, destruyéndolo. En este vídeo hemos cubierto el sistema de CRISPR/Cas tipo 2 (hay más tipos, pero sinó el vídeo me queda muy largo). Los conocimientos hablados aquí asientan la base para contestar a la siguiente pregunta: ¿Cómo pasamos de este sistema inmune de procariotas a poder generar mutaciones en cualquier genoma procariota o eucariota de una manera rápida y eficiente? Pero para este enigma, deberéis esperar al siguiente vídeo.

REFERENCES: [1] www.nobelprize.org/prizes/chemistry/2020/press-release/ [2] Mojica FJ, Rodriguez-Valera F. The discovery of CRISPR in archaea and bacteria. FEBS J. 2016 Sep;283(17):3162-9 [3] Ishino, Y., H. Shinagawa, K. Makino, M. Amemura, and A. Nakata. 1987. Nucleotide sequence of the iap gene, responsible for alkaline phosphatase isozyme conversion in Escherichia coli, and identification of the gene product. J. Bacteriol. 169:5429-5433. [4] Nakata A, Amemura M, Makino K. 1989. Unusual nucleotide arrangement with repeated sequences in the Escherichia coli K-12 chromosome. J Bacteriol 171:3553-3556. doi:10.1128/jb.171.6.3553-3556.1989. [5] Mojica, F.J.M., Juez, G., and Rodríguez-Valera, F. (1993). Transcription at different salinities of Haloferax mediterranei sequences adjacent to partially modified PstI sites. Mol. Microbiol. 9, 613-621. [6] Mojica, F.J.M., Ferrer, C., Juez, G., and Rodríguez-Valera, F. (1995). Long stretches of short tandem repeats are present in the largest replicons of the Archaea Haloferax mediterranei and Haloferax volcanii and could be involved in replicon partitioning. Mol. Microbiol. 17, 85-93. [7] Mojica, F.J.M., Díez-Villaseñor, C., Soria, E., and Juez, G. (2000). Biological significance of a family of regularly spaced repeats in the genomes of Archaea, Bacteria and mitochondria. Mol. Microbiol. 36, 244-246. [8] Jansen R, van Embden JD, Gaastra W, Schouls LM. Identification of a novel family of sequence repeats among prokaryotes. OMICS. 2002;6(1):23-33.

Súper claro!

****REFERENCIAS**** [1] Kleppe K, Ohtsuka E, Kleppe R, Molineux I, Khorana HG «Studies on polynucleotides. XCVI. Repair replications of short synthetic DNA's as catalyzed by DNA polymerases». J. Mol. Biol., 56, 1971, pàg. 341-361. [2] www.nobelprize.org/prizes/chemistry/1993/mullis/lecture/ [3] Joseph Sambrook & David W. Russel (2012). Molecular Cloning: A Laboratory Manual (4rd ed.). Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN 978-1-936113-42-2. Chapter 7: Polymerase Chain Reaction [4] international.neb.com/protocols/0001/01/01/taq-dna-polymerase-with-standard-taq-buffer-m0273 [5] Cai HY, Caswell JL, Prescott JF (March 2014). "Nonculture molecular techniques for diagnosis of bacterial disease in animals: a diagnostic laboratory perspective". Veterinary Pathology. 51 (2): 341-50. [6] James P. Noonan,Graham Coop, Sridhar Kudaravalli, Doug Smith, Johannes Krause, Joe Alessi, Feng Chen, Darren Platt, Svante Pääbo, Jonathan K. Pritchard, Edward M. Rubin «Sequencing and Analysis of Neanderthal Genomic DNA». Nature Medicine, 314, 580, 17-11-2006, pàg. 1113 - 1118. [7] Alonso A, Martín P, Albarrán C, García P, García O, de Simón LF, et al. (January 2004). "Real-Time PCR Designs to Estimate Nuclear and Mitochondrial DNA Copy Number in Forensic and Ancient DNA Studies". Forensic Science International. 139 (2-3): 141-9. [8] Hayden MJ, Nguyen TM, Waterman A, Chalmers KJ (2008). "Multiplex-Ready PCR: A new method for multiplexed SSR and SNP genotyping". BMC Genomics. 9: 80 [9] Don RH, Cox PT, Wainwright BJ, Baker K, Mattick JS (July 1991). "'Touchdown' PCR to circumvent spurious priming during gene amplification". Nucleic Acids Res. 19 (14): 4008 [10] Raoult, D; G Aboudharam; E Crubezy; G Larrouy; B Ludes; M Drancourt (2000-11-07). "Molecular identification by "suicide PCR" of Yersinia pestis as the agent of medieval black death". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97 (23): 12800-12803. [11] Venkitaraman AR (April 1989). "Use of modified T7 DNA polymerase (sequenase version 2.0) for oligonucleotide site-directed mutagenesis". Nucleic Acids Research. 17 (8): 3314. [12] Lawyer, F. C.; Stoffel, S.; Saiki, R. K.; Chang, S. Y.; Landre, P. A.; Abramson, R. D.; Gelfand, D. H. (1993). "High-level expression, purification, and enzymatic characterization of full-length Thermus aquaticus DNA polymerase and a truncated form deficient in 5' to 3' exonuclease activity". PCR Methods and Applications. 2 (4): 275-287. [13] Markoulatos, P; Siafakas, N; Moncany, M (2002). "Multiplex polymerase chain reaction: a practical approach". Journal of clinical laboratory analysis. 16 (1): 47-51. [14] Saiki RK, Gelfand DH, Stoffel S, et al. (1988). "Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase". Science. 239 (4839): 487-91

Referencias: [1] Isaacs D, Moxon ER. Immunisation. In: Weatherall DJ, Ledingham JGG, Warrel DA (eds), Oxford Text Book of Medicine. 3rd Edn, Vol. 1. Oxford: Oxford University Press, 1996; p 315±321 [2] Haley E.Randolph, Luis B.Barreiro. Herd Immunity: Understanding COVID-19. Immunity. VOLUME 52, ISSUE 5, P737-741, MAY 19, 2020 [3] C. J. E. Metcalf, M. Ferrari, A. L. Graham, B. T. Grenfell. Understanding Herd Immunity. Trends Immunol. 2015 Dec;36(12):753-755. doi: 10.1016/j.it.2015.10.004. [4] Dietz K. The estimation of the basic reproduction number for infectious diseases. Stat Methods Med Res. 1993;2:23-41 [5] Anderson RM, May RM. Age-related changes in the rate of disease transmission: implications for the design of vaccination programmes. J Hyg (Lond) 1985; 94: 365-436. [6] Althaus CL. Estimating the Reproduction Number of Ebola Virus (EBOV) During the 2014 Outbreak in West Africa. PLOS Currents Outbreaks. 2014 Sep 2 . Edition 1. doi: 10.1371/currents.outbreaks.91afb5e0f279e7f29e7056095255b288. [7] Delamater, P.L., Street, E.J., Leslie, T.F., Yang, Y.T., and Jacobsen, K.H. (2019). Complexity of the basic reproduction number (R0). Emerg. Infect. Dis. 25, 1-4. [8] Guerra, Fiona M.; Bolotin, Shelly; Lim, Gillian; Heffernan, Jane; Deeks, Shelley L.; Li, Ye; Crowcroft, Natasha S. "The basic reproduction number (R0) of measles: a systematic review". 2017. The Lancet Infectious Diseases. 17 (12): e420-e428. doi:10.1016/S1473-3099(17)30307-9 [9] Rubin L, Levin M, Ljungman P, et al. 2013 IDSA clinical practice guideline for vaccination of the immunocompromised host. Clin Infect Dis. 2014;58(3):e44-100. DOI: 10.1093/cid/cit684 [10] Kroger A, Atkinson W, Pickering L. General immunization practices. In: Plotkin S, Orenstein W, Offit P, eds. Vaccines. 6th ed. China: Elsevier Saunders; 2013:88-111 [11] R M Anderson, R M May. Vaccination and herd immunity to infectious diseases. Nature. 1985 Nov 28-Dec 4;318(6044):323-9. doi: 10.1038/318323a0. [12] Böttiger M. A study of the sero-immunity that has protected the Swedish population against poliomyelitis for 25 years. Scand J Infect Dis 1987; 19:595-601

****REFERENCIAS**** [1] United States Centers for Disease Control and Prevention (2011). A CDC framework for preventing infectious diseases. Archived 2017-08-29 at the Wayback Machine Accessed 21 September 2020 [2] Roush SW, Murphy TV, Vaccine-Preventable Disease Table Working Group AT. Historical Comparisons of Morbidity and Mortality for Vaccine-Preventable Diseases in the United States. JAMA. 2007;298(18):2155-2163. doi:10.1001/jama.298.18.2155 [3] www.cdc.gov/vaccines/pubs/pinkbook/appendix/appdx-e.html [4] www.who.int/topics/vaccines/es/ [5] web.archive.org/web/20200601133645/www.niaid.nih.gov/research/vaccine-types [6] web.archive.org/web/20170729161636/https:/www.vaccines.gov/basics/types/index.html [7] www.publichealth.org/public-awareness/understanding-vaccines/goes-vaccine/ [8] Wakefield AJ, Murch SH, Anthony A, et al. Ileal-lymphoid-nodular hyperplasia, non-specific colitis, and pervasive developmental disorder in children. Lancet 1998;351:637-41. [9] Taylor LE, Swerdfeger AL, Eslick GD. Vaccines are not associated with autism: an evidence-based meta-analysis of case-control and cohort studies. Vaccine. 2014 Jun 17;32(29):3623-9. doi: 10.1016/j.vaccine.2014.04.085. Epub 2014 May 9. PMID: 24814559. [10] DeStefano, F. Increasing Exposure to Antibody-Stimulating Proteins and Polysaccharides in Vaccines Is Not Associated with Risk of Autism. The Journal of Pediatrics, 2013. Volume 163, Issue 2, 561 - 567 [11] Jatja A, Davidkin I, Kurki T, Kallio MJT, Valle M, Peltola H. Serious adverse events after measles-mumps-rubella vaccination during a fourteen-year prospective follow-up. Pediatr Infect Dis J. 2000;19:1127-1134. [12] Peltola H, Patja A, Leinikki P, Valle M, Davidkin I, Paunio M. No evidence for measles, mumps and rubella vaccine associated inflammatory bowel disease or autism in a 14-year prospective study. Lancet. 1998;351:1327-1328 [13] Taylor BME, Farrington CP, Petropoulos M-C, Favot-Mayaud I, Li J, Waight PA. Autism and measles, mumps and rubella vaccine: no epidemiological evidence for a causal association. Lancet. 1999;353:2026-2029