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David Chen
介绍基因组学的知识,和最新的临床分子诊断的技术进展
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Жыл бұрын
Пікірлер
@RosarioChambillaCcama-w6s
13 күн бұрын
视频内容非常精彩!我有一点困惑:有人给我转usdt,我有恢复短语。[pride]-[pole]-[obtain]-[together]-[second]-[when]-[future]-[mask]-[review]-[nature]-[potato]-[bulb] 我该如何提取它们呢?
@horizonyang
24 күн бұрын
单细胞RNA测序数据分析常见图表及解读 1.实验流程图、分析流程图 a.目的: 展示实验和分析的关键步骤,便于记录和复现。 b.内容: 从样本处理到测序及数据分析流程,包括质控、降维、聚类等步骤。 2.数据质控图 a.目的: 评估和过滤低质量细胞,确保数据可靠性。 b.内容: 基因数、UMI数、线粒体基因比例等指标。 c.常见图表:Violin Plot: 分布趋势(基因数/UMI数)。 i.Scatter Plot: 筛选异常值。 3.细胞降维聚类图 a.目的: 降维后可视化细胞间相似性,区分亚群。 b.内容: t-SNE/UMAP降维+聚类算法分组(如Louvain)。 c.常见图表: t-SNE图、UMAP图(每点为细胞,用颜色标注簇)。 4.细胞类型定义 a.目的: 基于标记基因确定细胞类型。 b.内容: 利用已知生物学知识标记簇,如CD3E标记T细胞。 c.常见图表:Heatmap: 标记基因表达热图。 i.Dot Plot: 显示基因表达比例和水平。 5.各细胞簇基因表达展示 a.目的: 验证聚类准确性,识别关键基因。 b.内容: 分析基因在细胞簇中的表达水平。 c.常见图表:Violin Plot: 基因表达分布。 i.Feature Plot: 空间展示单基因表达。 6.基因功能富集分析 a.目的: 分析差异基因的功能(GO/KEGG通路)。 b.内容: 阐释细胞簇的生物学功能或通路。 c.常见图表:Bar Chart: 显著富集功能。 i.Bubble Chart: 综合显著性和富集程度。 7.细胞状态演变 a.目的: 通过轨迹分析揭示细胞动态变化过程。 b.内容: 使用伪时间分析(Monocle/PAGA)研究分化路径。 c.常见图表: Trajectory Plot(轨迹图)。 8.配体-受体相互作用 a.目的: 分析细胞间信号传递,揭示通讯网络。 b.内容: 细胞簇之间的配体和受体表达关系。 c.常见图表:Chord Diagram: 通信关系。 i.Heatmap: 特定配体-受体强度。 9.细胞周期分析 a.目的: 识别细胞增殖活性及周期状态(G1/S/G2/M)。 b.内容: 研究同步化或活跃群体。 c.常见图表: Stacked Bar Chart(周期比例)。 10.转录因子调控分析 a.目的: 解析转录因子调控网络,揭示细胞功能机制。 b.内容: 差异基因的上游调控分析。 c.常见图表: Regulatory Network(转录因子-靶基因关系)。 11.单细胞SNP/Indel/CNV分析 a.目的: 研究遗传变异及细胞克隆多样性。 b.内容: SNP/Indel突变或CNV分析(如肿瘤亚克隆)。 c.常见图表:CNV Heatmap: 细胞间基因组变异。 i.Scatter Plot: 突变分布。
@spacedusts
Ай бұрын
陈老师的讲座高质受益了。能否讲-讲DepMap,CCLE。谢谢您!
@spacedusts
Ай бұрын
陈老师谢谢您的讲座,高质量,深入浅出。能不能介绍DepMap,和CCLE。
@peterding3382
Ай бұрын
测出来又有什么用,基因使用有几百万亿的方式,你怎么测?
@davidchen4753
Ай бұрын
基因测序有太多的用处: 1、检测肿瘤病人的肿瘤中有哪些突变,搞清楚肿瘤突变类型之后,可以进行靶向治疗,大幅提高治疗有效性。具体可以看这个视频:studio.kzbin.infobWsqWvLQd2U/edit; 2、检测胎儿是不是患有唐氏综合征,如果是有唐氏综合征的,可以把这个胎儿流产。具体可以看:studio.kzbin.infoNKOKKGzOFKQ/edit; 3、检测普通夫妻携带有什么遗传突变,那在生育时,可以大幅减少生出患遗传病孩子的可能性。; 4、测序还是生物学科研的重要工具,可以检测生物中的大量变化。 更多的测序方法,和测序应用,你可以看看我的这个【陈巍学基因】系列的视频,你可以看到大量的方法、和应用。
@bangwang3571
Ай бұрын
建议做一个诺奖系列,介绍一下历年的诺贝尔将
@jimmmy7257
Ай бұрын
Thanks for sharing.
@sszs9724
Ай бұрын
这个频道真好
@李佳毅-k8r
Ай бұрын
为什么逆耳生物的微信号被冻结了?
@davidchen4753
Ай бұрын
现在,逆耳生物公司用的官方微信公众号是“逆耳生物 NEO bio”。 可以在这个视频的最后面,用微信扫描视频右下角的二维码,就可以关注"逆耳生物 NEO bio"的官方微信公众号了。
@KevinJJL.
2 ай бұрын
陈老师知识渊博
@realzz6900
3 ай бұрын
最后一点,实验门槛可不低,不然国内不早就传开了吗
@huangmadison5450
3 ай бұрын
🎉 awesome 👍👍👍👍
@fz4540
4 ай бұрын
谢谢陈老师!讲解很清楚.
@darby1208
4 ай бұрын
14:00
@zhaoningwang4169
4 ай бұрын
谢谢您的讲解!我一直没有想明白的问题是如何控制细胞在GEM中裂解。请问您可以展开讲讲吗?
@davidchen4753
4 ай бұрын
在10X Genomics公司的“Chromium Next GEM Single Cell 3' HT Reagent Kits v3.1”这个版本的试剂中,GEM(Gel Bead-in-Emulsion)与酶的混合物是放在53°C,放45分钟。 53°C是一个较高的温度,这会把细胞烫破掉。 同时,反应中用的酶都是基因工程改造过的,是能一定的耐热能力,可以在53°C下长时间保持活性,可以合成出带标签序列的cDNA链。
@zhaoningwang4169
4 ай бұрын
@@davidchen4753 谢谢您的回复,陈老师!同样是10xGenomics的Multiome平台里,当细胞核被包到GEM里以后,进行的是一个37C/45min + 25C/30min的孵育,是否意味着在Multiome平台中不需要将细胞核裂解也可以对核内的mRNA进行逆转录呢?
@davidchen4753
4 ай бұрын
我又咨询了我的做10X单细胞测序实验的同事。他告诉我,在GEM中破细胞膜,应该是用了一个弱的表面活性剂,这个表面活性剂,加上53°C加热的作用,破掉细胞膜。但这个表面活性剂是什么,10X公司没公布。 另外,后面破掉油包水乳浊液的,是用DTT(二硫苏糖醇,Dithiothreitol),这一步用DTT,这点是10X公司公开的。
@zhaoningwang4169
4 ай бұрын
@@davidchen4753 Thank you!
@jackrunner4677
4 ай бұрын
👍👍👍👍
@jenniferjennifer4901
5 ай бұрын
請問目前美國對KRAS PG-12D 肺癌Adenocarcinoma 的有效療法為何?
@jameslin514
5 ай бұрын
哇 讲的真好啊
@zhaoxin-b5q
5 ай бұрын
Clear!👍
@blueorangeee
5 ай бұрын
感謝,幫助很大。
@patrickmatthews7774
6 ай бұрын
瘦高男人是怎么产生的?
@davidchen4753
6 ай бұрын
瘦高男人,是东非草原上原始人类的一个打猎优势。 在人类起源史中,非洲东部的人类最先掌握了三项捕猎绝技:1、抛掷长矛、或石头;2、长跑追捕猎物;3、组织结群。 1、抛掷长矛、石头的技能,让人的打猎的范围从自己原来爪子、牙齿的抓咬范围,一下子达到了几十米的距离。这既增加了有效打击半径,同时也增加了自身的安全性(动物冲过来,自己有更多时间逃跑); 2、长跑,让人可以跑几十公里追猎物。绝大数的动物,在长跑中会因为散热不行,而累倒,最后被人类捕到。直到现在,马拉松比赛冠军,大多数是东非的人。肯尼亚人拿马拉松冠军的有许多; 3、组织结群,让人类可以对猎物多打一。 以上的优势,可以看这个视频:kzbin.info/www/bejne/gqecqp6mjpage8k。这个视频充分展示了人类用上述三种优势打猎大象、河马的场景。 人类,作为一种体型比大象、河马小许多的动物,能够靠上述三种优势,轻松杀死大象、河马等巨型动物,这是巨大的打猎优势。 再说回你的问题:瘦高的男人是如何产生的? 瘦高,有利于上述的第二点:长跑。瘦子的体表面积大,有利于散热。高个子,一方面步子大,可以跑得比矮个子快一点,另一方面高个子可以看到远一些,这对打猎也是有利的。 再说一下人的长跑优势。长跑就需要跑单位距离的能量消耗少,人类两足跑的姿势,比动物四足跑的姿势,跑同样距离,人的能量消耗只有动物的1/4~1/3。 人的身体表面毛发很少,这有利于散热;人会大量出汗,这也有利于散热。在非洲大草原上,这很有利于长跑中的散热。 当人类走出非洲,走向全世界,人类发展出了更多形式的获得食物的方式,包括:农耕、放牧、渔猎,进而再发展出手工业、商业。 更多的获得食物的方式,让其它的各种体型获得了其它的各种优势。比如,拳王迈克.泰森这种粗壮的体型,就在徒手格斗中有巨大优势。而商业,就不一定需要粗壮的体型,只要头脑灵活,就可以做成生意。
@YamYam-gb2eq
6 ай бұрын
谢谢!
@rongxiali
7 ай бұрын
太厉害了
@davidchen4753
8 ай бұрын
说明下,用 Vision HD 检测新鲜样本,要把新鲜样本选做成石蜡样本,再进行检测。 不能用“新鲜冰冻样本”,因为新鲜冰冻样本里的水会结成冰晶,冰晶会破坏样本的空间结构。
@andylau7268
6 ай бұрын
That's spot-on!
@4112green
8 ай бұрын
請問老師~關於最後的小結第二點~ Visium HD 玻片上的是針對poly dA雜合 可是第二點提到是用Flex探針組 去抓mRNA 是不是有錯誤呢?
@davidchen4753
8 ай бұрын
这个检测,直接测到的是被连接的探针数量,间接测到的是起连接模板作用的mRNA的数量。 也就是说,最终还是测到了mRNA的数量。并且,检测的目的也是为了知道每种mRNA的数量。 所以,小结中的第二点,“对全转录组检测,也是对全部的mRNA做检测”,这个说法是正确的,没有错。
@chuanpingzhao691
8 ай бұрын
感谢讲解!
@justinzhang9935
9 ай бұрын
牛的,讲的很清楚,谢谢。亲和力测序一定有大前景,因为NGS太太太不方便了。
@c_breeziness
9 ай бұрын
谢谢,学到了一些新东西
@jackzhang7129
10 ай бұрын
请问大佬批量生产噬菌体如何生产呢?
@davidchen4753
10 ай бұрын
如果是有正常的复制力的噬菌体,只要把噬菌体放到有对应的宿主菌的培养基中,进行培养就好了。可参考:www.biomart.cn/experiment/430/531/537/723/31388.htm。 如果要得到更大量的噬菌体,那就培养更多的宿主菌,然后加入噬菌体再培养,就可以了。
@hengwei5111
10 ай бұрын
谢谢老师
@davidchen4753
10 ай бұрын
在 addgene 公司的网站上,有卖这个 CRISPRoff 的质粒。链接是:www.addgene.org/search/catalog/plasmids/?q=CRISPRoff+plasmid。 CRISPRon中用到的TET V4版的质粒,在 addgene 公司的售卖网址:www.addgene.org/167983/
@plh8219
10 ай бұрын
Thanks a lot for sharing ❤
@jicusi
11 ай бұрын
老師,近期有規劃介紹MERFISH的原理嗎? 三缺一 有點可惜 🤣
@davidchen4753
11 ай бұрын
暂无计划讲MERFISH(MERSCOPE)。有许多更加有趣的内容要讲。
@georgexu424
11 ай бұрын
谢谢
@zhengpingwang2793
Жыл бұрын
谢谢老师
@davidchen4753
Жыл бұрын
想知道中国国内有没有实验室可以做PACE的基因演化的?有知道的同学可以说一下。谢谢!
@haozhongding9979
Жыл бұрын
Liu lab的看家本领👍🏻
@davidchen4753
Жыл бұрын
列一下视频中的时间内容分段,方便大家挑有兴趣的内容看: 00:01 概述 00:43 一、工作原理 00:49 1.1 实验设计 08:34 1.2 缓解演化压力的几种方法 11:22 二、实用案例 11:39 2.1 改造转录酶对启动子的识别 13:00 2.2 改造转录酶对启动子的识别特异性 16:00 2.3 改造与 DNA 结合的蛋白 18:35 2.4 改造蛋白与蛋白结合 22:14 2.5 演化出把非经典的氨基酸结合到 tRNA 上的酶 31:36 2.6 改造限制性蛋白内切酶 33:14 2.7 改造起化学催化作用的酶 35:03 三、小结
@yu-yvonnehuang6784
Жыл бұрын
太棒了,谢谢!
@llsa2009
Жыл бұрын
感谢您的讲座👍条理清晰!这个topic超级有意思
@shanjunchen5673
Жыл бұрын
谢谢分享!请问和质谱法比较如何, 如耗时,样品需要量和准确度等?
@ChrisCui-r6y
Жыл бұрын
有趣。
@davidchen4753
Жыл бұрын
说一下为什么有相当一部分男人是秃头,而女人以长头发为美。 秃头在打架中有很明显的优势,“被抓住小辫子”则是被敌人抓住软肋的的另一种说法。也就是说,长发不利于格斗。 男人与男人之间的竞争烈度,是远高于女人与女人之间的竞争烈度的。因为秃头的男人在打架中更能取胜,取胜的男人才能获得女人的芳心,才能把基因传下去。所以,有相当部分的男人成年后会秃头,根本原因是这部分男人更容易打胜仗,胜了才能获得女人的芳心。 男人看女人,一般会觉得长发的女人更美,原因是“打架弱的女人,男人可以多娶几个这样的女人做妻妾”。 自然条件下一个男人可以同时拥有许多妻妾(我们这里不谈法律,只说自然情况)。一个男人妻妾越多,能生养的孩子就越多。那如何让这些妻妾之间的争斗少一些,妻妾人数更多一些,更多生一些孩子,就是男人要操心的事。 这个时候,女人在体格上的明显不利于打架的特征,就会被男人识别出来:大眼睛、瓜子脸(尖下巴)、长头发、窄肩膀、细的手臂、细的腿,都是明显不利于格斗的身体特征。 大眼睛,明显在打架中更容易被对方的爪子抓伤。深陷,且小的眼睛,不容易被抓伤。 瓜子脸(尖下巴),或者说小下巴,就是附着咬肌的下颌骨(下巴)骨头小,且附在下颌骨上的咬肌也小。下颌骨小,咬肌也小,那咬的力量就弱,咬的力量弱,当然不利于打架。 长头发,容易被别人抓小辫子,也不利于打架。 窄肩膀、细手臂,那上肢的力量就小。 细腿,踢、踹的力量就小。 女性的上述所有这些不利于格斗的身体特征,都被男人认为是“美”,就是有这些特征的女人打架不够狠,那一个男人就可以同时有更多这样的妻妾,那这个男人的后代也就更多。 达尔文的选择,让认为“大眼睛、尖下巴、长头发、窄肩膀、细的手臂、细的腿”的女人是美女的男人,有更多的老婆,有更多的后代。我们绝大多数人是这些男人的后代,所以我们也认为“大眼睛、尖下巴、长头发、窄肩膀、细的手臂、细的腿”是美女。 另外,秃头男人天然给人一种“凶相”,这是人类在漫长的进化中,习得的一种对秃头的男人往往更加孔武有力的认知。 从生物学的角度来说,成年男人的高浓度的雄性激素,会让头顶的头发毛囊萎缩,毛发脱落,造成秃头。
@davidchen4753
Жыл бұрын
说一下为什么有相当一部分男人是秃头,而女人以长头发为美。 秃头在打架中有很明显的优势,“被抓住小辫子”则是被敌人抓住软肋的的另一种说法。也就是说,长发不利于格斗。 男人与男人之间的竞争烈度,是远高于女人与女人之间的竞争烈度的。因为秃头的男人在打架中更能取胜,取胜的男人才能获得女人的芳心,才能把基因传下去。所以,有相当部分的男人成年后会秃头,根本原因是这部分男人更容易打胜仗,胜了才能获得女人的芳心。 男人看女人,一般会觉得长发的女人更美,原因是“打架弱的女人,男人可以多娶几个这样的女人做妻妾”。 自然条件下一个男人可以同时拥有许多妻妾(我们这里不谈法律,只说自然情况)。一个男人妻妾越多,能生养的孩子就越多。那如何让这些妻妾之间的争斗少一些,妻妾人数更多一些,更多生一些孩子,就是男人要操心的事。 这个时候,女人在体格上的明显不利于打架的特征,就会被男人识别出来:大眼睛、瓜子脸(尖下巴)、长头发、窄肩膀、细的手臂、细的腿,都是明显不利于格斗的身体特征。 大眼睛,明显在打架中更容易被对方的爪子抓伤。深陷,且小的眼睛,不容易被抓伤。 瓜子脸(尖下巴),或者说小下巴,就是附着咬肌的下颌骨(下巴)骨头小,且附在下颌骨上的咬肌也小。下颌骨小,咬肌也小,那咬的力量就弱,咬的力量弱,当然不利于打架。 长头发,容易被别人抓小辫子,也不利于打架。 窄肩膀、细手臂,那上肢的力量就小。 细腿,踢、踹的力量就小。 女性的上述所有这些不利于格斗的身体特征,都被男人认为是“美”,就是有这些特征的女人打架不够狠,那一个男人就可以同时有更多这样的妻妾,那这个男人的后代也就更多。 达尔文的选择,让认为“大眼睛、尖下巴、长头发、窄肩膀、细的手臂、细的腿”的女人是美女的男人,有更多的老婆,有更多的后代。我们绝大多数人是这些男人的后代,所以我们也认为“大眼睛、尖下巴、长头发、窄肩膀、细的手臂、细的腿”是美女。 另外,秃头男人天然给人一种“凶相”,这是人类在漫长的进化中,习得的一种对秃头的男人往往更加孔武有力的认知。 从生物学的角度来说,成年男人的高浓度的雄性激素,会让头顶的头发毛囊萎缩,毛发脱落,造成秃头。 再说一下秃头和打架优势的关系。 人类的进化过程中,出现了两个很特别的特点:一、直立行走;二、手出现了抓握能力。 一、直立行走让人的重心变得很高,一旦摔倒,身体撞击地面所受到的撞击力,是更大于被人用拳头打的打击力的。 二、人的手出现了抓握能力,可以抓住对方的头发,一把将对方拽倒。 我们可以简单算一下,1.7米身高、体重60公斤的人,重心大约在0.9米,摔倒后人的重心大约在0.2米,这中间的能量差是:(0.9-0.2)*60*9.8 = 411.6 焦耳。 而打拳,出拳时拳的位移是约0.7米,用力大约20公斤,这中国的能量是:0.7*20*9.8 = 137.2。 摔倒的能量,是拳头能量的3倍。 而且,如果是摔倒在石头地面上,那摔倒就是肉碰硬地面,是“软组织碰硬物”;如果是拳头打,拳头算是半硬的物体,那被打的身体是软的,所以身体是以“软组织碰半硬物体”。 说了许多,归结到一点:摔倒所造成的伤害,远大于拳击造成的伤害。 三、为了减少打架中,因为被对方抓到头发,而被摔倒,男人进化出了秃头基因。 秃头,那就彻底减少了因为被抓住头发,而被摔倒的可能性。所以,秃头是一个明显有利于打架的基因。 打架抓头发,可以参见这个视频:kzbin.info/www/bejne/iqO2e6WMfaZ5has kzbin.info/www/bejne/gWTHlKKhbraXo8U
@dpzhang314
Жыл бұрын
陈老师,您好近两年ctDNA 在分离提纯检测等方面跟7年前相比较,有没有明明显的变化,多谢。
@arenajoide5024
Жыл бұрын
目前还是用不到这种方法,效率太低了,一个氨基酸就要30min时间太长了
@natsumekirito7853
Жыл бұрын
等到商业化的方案,就不是30min的级别了。
@kunlunwang-vt8nw
Жыл бұрын
能点评一下2023年的诺贝尔化学奖吗
@jeff_332
Жыл бұрын
哪里可以下载到这个 ppt
@davidchen4753
Жыл бұрын
链接: pan.baidu.com/s/1LPxfC_4LNCte4GBdqwJ8Ug?pwd=637f 提取码: 637f 复制这段内容后打开百度网盘手机App,操作更方便哦
@yijunli5532
Жыл бұрын
感谢陈老师!
@TongXu-e7n
Жыл бұрын
Up能不能计算下淀粉产量和焦磷酸的消耗比值。 根绝文章的图示,合成淀粉要产生几乎等质量的磷酸。