Жыл бұрын
2 жыл бұрын
2 жыл бұрын
2 жыл бұрын
3 жыл бұрын
3 жыл бұрын
3 жыл бұрын
3 жыл бұрын
3 жыл бұрын
Пікірлер
@adeelabbasi7375 Жыл бұрын
how nicely explained. now i cant find any tutorial about importing the casava formate paired end reads in galaxy or q2galaxy, very frustrating
@QuantumJumperTv Жыл бұрын
i think bluewillow is not free now,, when i try to create a prompt image using bluewillow it use to redirect me into limewire
@marcellosevachmarinho Жыл бұрын
muito bom essa nova IA e não tme ninguem falando dela ainda....
@likithas6502 Жыл бұрын
Hi I'm interested in using usearch but I'm not able to install it ... I'm using Ubuntu 20 version.. can you please guide me .. thanks
@benaawf9227 Жыл бұрын
Can please make a video from installation step to running.
@AndreaTelatin Жыл бұрын
Hi there, do you mean the installation of Nextflow itself? There is no need to install the pipeline as Nextflow will download it for you.
@maritsacruzm7145 2 жыл бұрын
Thanks for this tutorial! Could you help me solve one question? I have already merged the files in PEAR. How do I import them to Usearch? I am looking online for ways to do it, but I cannot find any. Thanks
@AndreaTelatin 2 жыл бұрын
I would not recommend PEAR, but if you want you can simply "relabel" your merged files using SeqFu to add a sample-specific prefix (see: telatin.github.io/seqfu2/tools/cat.html). Something like "seqfu cat --basename --strip-name *.fastq > merged.fq" (changes needed depending on the case...)
@maritsacruzm7145 2 жыл бұрын
@@AndreaTelatin Thank you for your quick response! I will try this tool. My reads were merged with PEAR prior to demultiplexing, so yes they are already merged
@kevinsalort7895 2 жыл бұрын
Do you have the other part?
@drleemachado 3 жыл бұрын
This is great! I struggled a bit to download and install usearch correctly.
@AndreaTelatin 2 жыл бұрын
I will try making a vsearch based one, but the ASV picking of USEARCH is definitely better...
@katherinechau5594 3 жыл бұрын
How would you visualize the kraken.report.txt file? how to see the differences between each sample. Krona seems to only work on individual samples and not easy to visually see how the communities vary by sample all on one figure.
@AndreaTelatin 2 жыл бұрын
Stacked bar charts can be plotted using MultiQC on the folder containing Kraken reports!
@64045 3 жыл бұрын
Nice
@alexandrshevtsov8788 4 жыл бұрын
Thank you very much! It was very helpful information for me
@michl.8289 6 жыл бұрын
Ciao, sono Michele uno studente della magistrale di Biotecnologie Vegetali e sono interessato agli argomenti di bioinformatica, purtroppo in triennale abbiamo lavorato abbastanza poco sulla bioinformatica. Mi sapresti consigliare dei testi o pagine web per cominciare a capirne un po' sull'argomento? più che altro per capire se mi piace e se ci capisco qualcosa! Grazie!
@mariacamila4458 6 жыл бұрын
Hi! I was wondering how to build an OTU table in biom format from Kraken. And also, if you have the assembly of two paired end reads, do you still have to put the --paired flag?
@AndreaTelatin 6 жыл бұрын
Hi! OTUs (operational taxonomic units) are a concept using in metabarcoding like 16S-Amplicon sequencing. You can, however, produce a "biom" file from Kraken output with some tools like github.com/smdabdoub/kraken-biom. For sensitive metagenome analysis I would move to a different tool like Metaphlan 2: Kraken is fast and useful for beginners tutorials but limited to exact unique k-mers.
@giorgiagozzi6939 7 жыл бұрын
molto chiaro, grazie mille!
@sitiraidah5637 7 жыл бұрын
any english captions available?
@AndreaTelatin 7 жыл бұрын
Sorry for late reply... probably the whole clip will be recorded in English soon