PiscoScience

Пікірлер

@sofiaa7385 7 күн бұрын

Muy buen video!

@fabianamartinez3172 16 күн бұрын

me encantó, vine por curiosidad y me lo comí entero xd

@faustoguasgua6244 24 күн бұрын

Excelente explicación muchas gracias por tu ayuda me has salvado te quedo muy agradecido , un saludo

@luzangelapedraza916 Ай бұрын

Me encanto, gracias por compartir.

@CoatlRed 2 ай бұрын

El audio estaba un poco saturado, pero el resto del vídeo estuvo muy bueno

@samuelsaldana1575 2 ай бұрын

Hola Diego, un gusto ver tus vídeos... Pregunta, tienes alguno reciente de los hallazgos finales de AlphaFold?

@kuromi7208 2 ай бұрын

Un millón de gracias por este video, la explicación y la edición son súper claras, me ayudó muchísimo a comprender mejor el tema ✨🫵🫶

@victorizquierdo5320 2 ай бұрын

Muchas gracias por este tutorial.

@jaimedavidviafarabelalcaza9498 3 ай бұрын

Hola, como puedo moledar la proteina tipo salvaje vs una proteina con una mutación para compararlas y tener ambas comparaciones para las predicciones de los impactos en salud

@pauloenriquegarcia8497 4 ай бұрын

muy buen video, seria bueno si hiciera algun video de docking entre una proteina sin sitio activo para ver como analizar si tiene interacciones o no.

@luziroxi9823 4 ай бұрын

Súper bien explicado, muchas felicidades. Tengo una pregunta bien básica pero no he encontrado respuesta concreta. ¿Cómo eliges el marcador?, es decir, ¿cómo eliges qué marcador usar?

@piscoscience 4 ай бұрын

Hola. El marcador a usar se determina por el peso del gen que quieres amplificar, digerir o ligar. Normalmente los marcadores comerciales como de las empresas Thermo o Invitrogen presentan un rango de pares bases desde los 200 a 10 mil pares de bases. Para esto, es necesario conocer previamente el tamaño em pares de bases de la secuencia que trabajas.

@Andrea-ok8qg 5 ай бұрын

Me gusto

@duaarikatytaylor5066 5 ай бұрын

se escucha fatal el audio

@UniversoCrochet 6 ай бұрын

muy bueno videos, gracias!! buenos conceptos y claros.

@jj1064 6 ай бұрын

Sacaron el colab? ya no funciona?

@JoakoGonzalez-w3o 6 ай бұрын

Hola como podria agregar por ejemplo sacarosa a mi dinámica usando colab?

@ivancp9808 7 ай бұрын

En dónde encuentro el artículo?

@alexismartinezrangel3781 8 ай бұрын

Hola, hay un limite de numero de aminoacidos en las proteinas para predecir estos complejos? Y que beneficios me puede dar la versión pro colab?

@lucybotero3610 8 ай бұрын

De los mejores videos que he encontrado y además trabajando en Ubuntu!!! 🎉😊

@FRANCISCO777Israel 9 ай бұрын

Hola muchas gracias por el video, muy interesante y bien explicado. Disculpa, como haces en el programa OBS para grabar tu pantalla y al mismo tiempo que salga tu cara, se grabar la pantalla pero no que salga mi cara al mismo tiempo. Pregunto porque quiero hacer futuras conferencias. Muchas gracias.

@robertonavarro1218 9 ай бұрын

used arch linux but when run ./install but get me folowing error Traceback (most recent call last): File "./bin/install.py", line 266, in <module> installer(sys.argv[1:]).install()

@robertonavarro1218 10 ай бұрын

durante la instalacion me salta este error : /opt/xtal/ccp4-8.0/libexec/python3.7: error while loading shared libraries: libcrypt.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

@paobuitron4860 10 ай бұрын

Hola gracias por el video, tengo una duda, es beneficioso probar varias proporciones de inserto:vector, 1:1, 1:3, es decir hacer varias ligaciones con esas proporciones, o cual es el factor de decisión para saber cuál va a funcionar mejor ?

@piscoscience 10 ай бұрын

Hola! Creo que puedes hacer un experimento variando la porporción inserto/vector. Sin embargo, creo que podrías mantener por lo menos 1 de vector y 3 de inserto (lo cual puedes variar hacia adelante). Recuerda que como el inserto es menor, cuantificará en menor proporción. Lo que sugiero es probar diferentes concentraciones de buffer o enzima. Por ejemplo 2X de buffer en la reacción o 2 uL de T4DNA Ligasa. También puedes probar a 4 grados por dos días de incubación. Saludos

@paobuitron4860 10 ай бұрын

Muchas gracias voy a intentar con sus sugerencias. Tal vez tienen alguna clase de asesoría?.

@paobuitron4860 9 ай бұрын

@@piscoscience Gracias por la respuesta voy a intentarlo, tal vez tienen una fuente robusta de información sobre ligaciones?, busco fuentes pero no consigo encontrar una que sea digerible para entender bien, mil gracias <3

@joshuasaucedal7006 10 ай бұрын

Que joya de vídeo, muchas gracias por compartir esta información

@AlejandroAriasSVaughan 10 ай бұрын

Hola, cuál fue la diferencia en la opción de tar que usaste?, vos excribiste tar -xvf y en la página se menciona tar -jxf?, sorry por la pregunta tan básica. Gracias

@andresmunoz8227 11 ай бұрын

Hola, te agradezco mucho por hacer más accesible este tipo de análisis. Estuve intentando hacer un docking siguiendo los pasos descritos, pero tuvé problemas para incluso descargar los programas, me gustaría si es posible, que compartieras un video descargando los programas. Igual observé que los programas se descargan para 32 bits, eso tiene algo que ver si tengo 64 ?.. Intenté hacerlo para 64 pero no fue posible. De antemano te lo agradezco mucho.

@piscoscience 11 ай бұрын

Hola que tal? no pudiste tener acceso a los programas o no se pudieron instalar?

@emmiciccazzo7784 11 ай бұрын

Hola! Estoy dando mis primeros pasos en Refinamiento de estructura y tu tutorial fue muy enriquecedor. Muchas gracias!

@piscoscience 11 ай бұрын

Hola. Espero poder actualizar este video pronto y hacer una serie de videos sobre procesamiento de datos. Cualquier duda es solo consultar.

@andreaaguilar4643 Жыл бұрын

hola, mucha gracias. Como puedo realizar un msa para complejos proteina-proteina para usar en luego en alpohafold? Esto es para un complejo antígeno anticuerpo. Yo ya tengo las secuencias a usar con sus pdbs pero no se como armar el archivo msa en este caso. Sabrías como debería hacerlo? Se que se puede, pero nadie dice como arma el msa que se usa

@mariaguadalupevilchisvilch8689 Жыл бұрын

Hola, que cantidad de plasmido vector agregaste y de los plasmidos de propagación agregaste 2.5 microlitros de cada uno o 5 microlitros de cada uno?

@alejandrocazorlarodriguez3643 Жыл бұрын

Hola queria preguntar que con que opción conseguimos unir un ligando innibidor como es el azul de bromofenor en el sitio catalitico de la Lisozima si fuera posible gracias 😅

@piscoscience Жыл бұрын

Hola que tal? Lo puedes hacer con docking molecular. Puedes usar autodock o autodock vina

@wvaldivie Жыл бұрын

Gracias!

@juanfernandosambranonarvae1656 Жыл бұрын

Me aparece esto al agregar los hidrogenos: Traceback (most recent call last): File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 941, in tryto result = command( *args, **kw ) File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7\lib\site-packages\Pmv\editCommands.py", line 1033, in doit hat = addh.addHydrogens(mol.allAtoms, method=method) File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7\lib\site-packages\PyBabel\addh.py", line 92, in addHydrogens Hatoms = self.place_hydrogens1(atoms, num_H_to_add) File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7\lib\site-packages\PyBabel\addh.py", line 149, in place_hydrogens1 Hat = Hat + self.add_methyl_hydrogen(a, SP3_O_H_DIST) File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7\lib\site-packages\PyBabel\addh.py", line 303, in add_methyl_hydrogen c3 = atom2.bonds[1].atom1.coords File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7\lib\UserList.py", line 31, in __getitem__ def __getitem__(self, i): return self.data[i] IndexError: list index out of range

@maybe.raquel8668 Жыл бұрын

En el método de afinidad, cuándo hablas de tu proteína en cuestión te refieres al níquel? Es decir, sé que el competidor (imidazol) busca separar al níquel de la histidina. Pero de qué forma liberas tu proteína?

@checomegaloceros5458 Жыл бұрын

Qué diferencia hay si solo hago un primer en sentido forward o reverse o si hago los dos primers ? De antemano gracias por tu video, muy bien explicado

@piscoscience Жыл бұрын

Hola. Con hagas un solo primer no conlleva a ningún tipo de error. Sin embargo, en la parte experimental, no tendrás rendimento en la amplificación.

@adolfosp1 Жыл бұрын

Es posible realizar el alineamiento entre dos secuencias de dos hormonas distintas?

@piscoscience Жыл бұрын

Hola, claro. Solo necesitas las secuandias de las hormonas y alinearlas online por clustal, por ejemplo.

@HRRYNZNS Жыл бұрын

Espero te encuentres increíble... Estuve corriendo un colab para dinámica molecular proteins ligando pero no muestra el RMSD entre la proteína y el ligando... Sabes algo para eso? Saludos

@piscoscience Жыл бұрын

Hola, muchas gracias. En el colab proteína-ligando solo tendrás el rmsd de la proteína y el análisis de afinidad. La opción que tendrías seria bajarte lo datos y hacer el análisis en tu pc con algún programa como amber o gromacs

@pablo-jc2qs Жыл бұрын

Me encanto , gran video.

@pablo-jc2qs Жыл бұрын

Exelente, amigo.

@JesusContrerasRomero-p3g Жыл бұрын

Gran vídeo, sigan así, todo claro tanto teóricamente y en la practica. 😁

@studybooks3395 Жыл бұрын

Se puede hacer todo esto pero en Python?

@piscoscience Жыл бұрын

Hola. Sí, puedes comenzar por revisar Biopython.

@HRRYNZNS Жыл бұрын

necesito hacer una dinámica de un complejo ligando receptor en google colab, no importa si es amber , gormacs o namd, sabrás si hya un link de ese colab?

@piscoscience Жыл бұрын

Hola, disculpa porque aún no pude actualizar el canal. Te dejo el link: colab.research.google.com/github/pablo-arantes/making-it-rain/blob/main/Protein_ligand.ipynb#scrollTo=oZReYQjmBLbG

@HRRYNZNS Жыл бұрын

@@piscoscience muchas gracias, me sirvió mucho ... cómo puedo yo encontrar esos colab?

@dianaramirez4994 Жыл бұрын

Hola, disculpa sabes por que cuadno corro proteínas algunas no me deja descargarlas? tiene alguna limitarte? Me hace toda la predicción pero al momento de descargar se tarda un buen hasta que se desconecta y no me deja descargarla.

@enzopaolozavalacancho259 Жыл бұрын

hola bro me gusto mucho tu video. Tengo una duda. Estoy llevando un curso de Bioinfo y para el modelado por homologia me mandaron a usar Swissmodel y este programa obtiene template para hacer la modelación. Sin embargo despues de ver tu video comprendi que el molde lo sacas de la base del PDB. intente para la proteina que se me asigno y desafortunadamente no existe molde en esa base de datos. Mi duda era: ¿De donde saca swissmodel los template que me recomienda para modelar una proteina, si yo en el PDB no encontre nada?

@piscoscience Жыл бұрын

Hola. Lo que usa es el homólogo más próximo evolutivamente. Te recomiendo usar alphafold mejor.

@enzopaolozavalacancho259 Жыл бұрын

@@piscoscience amigo una actualización, segun swissmodel el template es importado desde alphafold, osea significa que para mi secuencia ya existe una estructura en esa base de datos. Navegue hasta este archivo, descargue el PDB y revise los scores en Verify3D y Procheck y son insactifactorios (si el template no es bueno, el modelo de mi proteina tampoco lo será). En ese escenario que podria hacer para modelar la estructura.

@karlabarron1454 Жыл бұрын

Actualmente el BLAST de proteínas ya no muestra los dominios. ¿Hay manera de verlo?

@piscoscience Жыл бұрын

Hola, tienes que ir a la parte se description, donde se muestra las barras. Si haces click em el gráfico donde se muestra la familia que identificó puedes ver los dominios de tu proteína en una nueva ventana

@jaimerodriguezarmijos375 Жыл бұрын

Realizaron una electroforesis o un western Blot?

@piscoscience Жыл бұрын

Hola, una electroforesis

@SunGuardians Жыл бұрын

Justo lo que necesitaba !!!!. Soy peruano y participo en la competencia de biología sintética IGEM Design League 2023, ya tenía cubierto el docking y la predicción de proteína pero me faltaba la dinámica molecular, muchas gracias por subir estos videos <3

@piscoscience Жыл бұрын

Que chevere que les sirva! Mucha suerte en la competencia y dejen el nombre de Perú en alto 🎉. Hay una versión específica para dinámica molecular proteína - ligando. Pronto tendremos el video también.

@piscoscience Жыл бұрын

Disculpen que el audio me quedó muy bajo 🥲

@juliangrandvallet5359 Жыл бұрын

Muchas gracias por compartir esto!!!

@heinrichharkonen2084 Жыл бұрын

Estos chicos hablan muy raro. Se dice mililitros, no "emeele", se dice vaso de precipitado no "beaker"

@agustinruiz9891 Жыл бұрын

En qué universidad está ese laboratorio

@piscoscience Жыл бұрын

Hola, es en un Lab en Brasil.

@mercedesr9439 Жыл бұрын

Me ha gustado mucho tu vídeo y me ha ayudado a empezar a usar Alphafold. Muchas gracias!!

Ең жақсы KZbin

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