「東京オリンピックの開催で、海外から選手や大会関係者、そして観光客がどっと押し寄せることが予想されるので、従来の（千葉上空の）空路だけでは捌ききれない。そこで、米国空軍が握っている東京上空の空路を返還して欲しい」と安倍内閣が米国と粘り強く交渉した結果、今まで米軍機が独占していた空域を日本が利用できるようになった、というのが都心を飛ぶようになった理由です。

@@caribbean-sea3930 そうだったんですね。その後頭上を飛ぶバリエーションや時間も長くなっています。

誤解を生んでるコメントをしている人がいるので訂正させてください。東京の上空は横田が管制しているのは事実ですが、別に飛ぶのは禁止ではありません。そもそも今までだって東京上空はレアですが飛んでいる民間航空機はありました。 この空域を飛ぶには横田に事前にフライトプランを提出しなければいけませんが、それは他の空域もその地域のコントロールに提出しなければいけないのと同じです。ただ他の空域と比べて手間と時間がかかるから使われてなかっただけです。ちなみに有視界飛行方式ならば許可を取る必要すらありませんよ。

追加ですが、横田が管制する空域は日本アルプスや富士山のせいで乱気流が起きやすく、航空会社は昔からこの空域を避けてきました。 今は技術の発達で乱気流の影響を許容範囲に収められるようになったので、民間航路としても一般的に使える空域になったとも言えます。

飛ぶのは自由と表現すると一見すると簡単そうに聞こえますが、横田基地、つまりアメリカ空軍が東京の空域を管制していて、エアライン等が飛びたい場合は事前にフライトプランを提出しなければならないとなると、やはり東京の上空が米国に握られているというのは事実だと思います。　一方、米軍はこの空域内で、いかなる軍事演習も自由に行うことができ、日本政府からその許可を売る必要がありません。　1945年（昭和20年）の敗戦以降、この超法規的（米軍の空域支配に関する日本の国内法の根拠は何もないという意味で）な状況は続いているわけです。　中国やロシア、北朝鮮などに囲まれているこの国にとって、日米安全保障条約は大変に重要なものだと認識していますが、日本が独立国であるならば、横田空域の存在は極めて由々しきものであると言わざるを得ないでしょう。 有視界飛行云々は、そうかもしれませんね。調布飛行場からセスナ機で大島や新島、神津島、三宅島に行けますし、警視庁のヘリコプターは昼夜問わず飛んでいるし、いざ大規模な事件や事故が起きるとマスメディアがチャーターしたヘリコプターが東京上空を飛び交っているのをよく見かけます。