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Пікірлер
@juanc.7814 2 күн бұрын
Realmente esta estrategia de buscar potenciales targets a partir de docking parece un poco utópica, mas prometedoras serían las estrategias que se basan en modelos QSAR.
@KelvinEM Күн бұрын
Las dos son utopicas. Personalmente, las veo como el equivalente de leer unos cuantos papers para el marco teorico. No mucho mas.
@GaelOrtegaCenteno 9 күн бұрын
Doc una pregunta es necesario ser qfb para hacer investigación en nanoproteinas encontradas en la sangre de camello?
@KelvinEM 9 күн бұрын
Primero, esta hablando de nanobodies? Segundo, no, hay muchas disciplinas (química, física, QFB, medicina, biomedicina) que podrían hacer ciencia básica en el campo.
@allynajairamendoza4098 13 күн бұрын
Good day! I just want to ask what softwares did you use in this video? UCSF and? where did you get the kelvin? Thank you!
@KelvinEM 12 күн бұрын
In the description
@allynajairamendoza4098 11 күн бұрын
@@KelvinEM Thank you for this! however, if it's possible can we have a full screen video. as you may have cover some parts in the video. Thank you sooo much
@victorcarballo2552 14 күн бұрын
Es Mac con M1 (arm)?
@KelvinEM 13 күн бұрын
No, pero hay binarios para eso en github
@pankulwong9347 23 күн бұрын
I can only open Auto Dock. Could you give me some advice? The problem is I can open it, but its loading screen is about 7-10%, then it turns off itself. i really do not know what i do wrong.
@KelvinEM 23 күн бұрын
I've hear about this problem but I haven't face it. Can you give me some details about your system suchs CPU, GPU, operating system, RAM.
@ritikmishra491 24 күн бұрын
Can i get your Emai. I have some questions regarding that
@KelvinEM 23 күн бұрын
No private consults, only through this comments. Cheers.
@aguilaraguilarzulamitanoem6611 28 күн бұрын
¿Dusculpe. Cual es el artículo que usted leyó?
@KelvinEM 28 күн бұрын
An overview on D_aminoacids, DOI: 10.1007/s00726-017-2459-5
@KelvinEM 28 күн бұрын
Y el otro es Effect of microorganism on free amino acid and free D-amino acid content of various products.
@WillieMaurer-x5z Ай бұрын
Gaston Road
@dennissheldon6503 Ай бұрын
Cleve Cape
@GreenTomlinson-z6o Ай бұрын
Price Spring
@PeggyJonas-n8b Ай бұрын
Bruen Canyon
@erickmanuelrayamorquecho6844 Ай бұрын
Holaa, estoy batallando para encontrar los archivos autogrid4 y el autodock4, me podría ayudar o mencionar como los puedo encontrar?
@KelvinEM Ай бұрын
github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina o ccsb.scripps.edu/adfr/downloads/
@KelvinEM Ай бұрын
o, si te refieres donde las instalan los instaladores, lo debe indicar el sistema cuando se realiza la instalacion. En windows o mac, usa los buscadores respectivos.
@erickmanuelrayamorquecho6844 Ай бұрын
@@KelvinEM muchas gracias!
@JuliaChrist-q5j Ай бұрын
Emard Fork
@HariharanAnnadurai 2 ай бұрын
Hello, do you have the video in English?
@KelvinEM 2 ай бұрын
Sorry, no.
@Nipah-0901 2 ай бұрын
Eres un crack
@abubakarraja7605 3 ай бұрын
By following this tutorial can we remove any kind of chimera ? Actually there are certain commands for chimera removal that you are following are they useful for any kind of structure or these commands vary from structure to structure?
@KelvinEM 3 ай бұрын
Several commands will be common; for example, ligand. Other cases are the secondary structures, chains, and heteroatoms. But, anything the is sequence dependent will need to be adjusted
@abubakarraja7605 3 ай бұрын
@@KelvinEM Thank you so much
@Nipah-0901 3 ай бұрын
Ya lo espero 😎
@ShawArizona 3 ай бұрын
How do you view the binding energies using this method?
@toniodivichi5749 4 ай бұрын
Thanks for the video. I was wondering though, instead of using Autodock tools, can I use PyRx as a set up instead?
@KelvinEM 3 ай бұрын
I think so; I haven't use autodock for virtual screening. However, the new version 1.2.5 should make it easy enough. You still have to create your maps but the docking step runs like in vina. This would be the crucial step as you have to create all the maps for the atoms present in your dataset. And this is not automated.
@lizandroramireztrejo8419 4 ай бұрын
Hola! Me gusto el video, mucha calidad! Para el docking metal-proteína, el resultado en autodock4 puede dar enlaces coordinados del metal (ácido de Lewis) con alguna base de Lewis de la proteína? o solo da las interacciones polares con el metal y los aminoácidos? Gracias por compartir su clase!
@KelvinEM 4 ай бұрын
No tengo idea, no he hecho ese docking con autodock. En el autodock más moderno, lo he intentado con un par de proteínas y no funcionó.
@juliangrandvallet5359 4 ай бұрын
Hola Dr., estoy viendo todos sus fascinantes videos. En breve vuelvo con dudas. La primera es: cual es el programa que usa para acomodar las ventanas en mac? como tiling manager
@KelvinEM 4 ай бұрын
arrange de trifle software
@jc890917 4 ай бұрын
Doc, haga un video de docking en asmr susurrando
@KelvinEM 4 ай бұрын
🤨
@NadiaMathew-mq2kx 4 ай бұрын
can i run this on my microsoft surface laptop? i tried but it keeps closing when i open my ligand PDB file
@KelvinEM 4 ай бұрын
If it has an intel CPU, it should run. Otherwise, no. Sorry.
@rinkidsgpt 5 ай бұрын
What is your mapping results shown in this video? I am curious to see that
@KelvinEM 5 ай бұрын
Well, not exactly this docking method but here: journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0079530
@nayharaenf 6 ай бұрын
minha versao do cuda é a 12.4, e o amber é incompativel com ela, voce saberia como eu poderia resolver?
@KelvinEM 6 ай бұрын
Voce tem que instala versao 11. 6
@nayharaenf 6 ай бұрын
@@KelvinEM eu fiz isso, mas por algum motivo, quando rodo os comandos, ele puxa a versao atual da biblioteca do linux, ja tentei ate remover a versao atual e mesmo assim ele puxa ela, vou ver se encontro o erro e mando aqui
@KelvinEM 6 ай бұрын
@nayharaenf my Portugese is not enough to explain this. If you prefer Spanish, let me know. If CUDA 11.6 instalation is succesful you may still have to run a command like this: export CUDA_HOME='/usr/local/cuda-11' and then try to install amber
@brandonusuga6016 7 ай бұрын
Gracias por subir los videos. Lo animo a seguir subiendo material en diseño de fármacos y de bioinformática.
@bnratha 7 ай бұрын
Can we make multimer of a protein using ChimeraX? If yes, what all information I need to prepare the multimer?
@alien2883 7 ай бұрын
Can you please send me the pyrx app that you are using right now. Because it allows us to edit the grid box
@KelvinEM 7 ай бұрын
Sorry, but I cannot do that. The vesion I am using is an academic license that I am not allowed to distribute. But, if you watch this video kzbin.info/www/bejne/moGVn3mefd-pfaM to see how to get a version that would let you grid adjusting. Good luck.
@ES-yd1ze 7 ай бұрын
Can I prepare system with covalent bond by charm gui for MD simulation ?
@KelvinEM 7 ай бұрын
I don't know. Seemingly so: twitter.com/CharmmGui/status/1726998028194894329
@Tejasrimanne-mt2uj 7 ай бұрын
Hello Kevin , Im installing Amber22 in Fedora oracle Linux 8.9 server. Im using python 3.12 version and Cmkae version of 3.29. Im facing issue when i run make install im getting below error. Can you please give any inputs for this pytraj/topology/topology.cpp:212:12: fatal error: longintrepr.h: No such file or directory #include "longintrepr.h" Thanks
@KelvinEM 7 ай бұрын
Well, it looks like it has to do with your python version. Do you think that you could go to 3.10 and try again. Good luck.
@Tejasrimanne-mt2uj 7 ай бұрын
@@KelvinEM sure i will try thankyou so much for your reply
@Tejasrimanne-mt2uj 7 ай бұрын
Hello Kevin , even when I tried with python 3.10 i setup the path. But amber is taking python 3.12 from miniconda and it’s failing .
@Tejasrimanne-mt2uj 7 ай бұрын
@@KelvinEM hello Kevin , it worked for me after debugging with Python 3.10.8 . I’m trying parallel amber build I will reach out to you if I struck 🙂
@KelvinEM 7 ай бұрын
Awesome, good luck with building for parallel.
@MrAnders88a 7 ай бұрын
thanks a lot, your instructions were waaaay better than my professor's instructions
@KelvinEM 7 ай бұрын
Glad I could help!
@suraabbood3599 7 ай бұрын
Thank you very much for your explanation and help
@KelvinEM 7 ай бұрын
You are welcome!
@vampirezagothic 7 ай бұрын
hola estoy incursionando en chimera que tan confiable es usar el comando swappa para que asigne los rotameros respectivos sin mutar? mi cristal tiene una resolucion de 4 y algo hay algun problema se esta preparando para ser usado en PISA o AMBER para obtener las energias de enlace.
@KelvinEM 7 ай бұрын
Bueno, que pregunta tan complicada me haces. Y no tengo una respuesta precisa. Si no tienes estructuras de mejor resolución, no hay más. Si yo estuvieraen tu lugar, haría también un modelo de Alphafold2 y los usaría en paralelo. Hay una métrica qué no esta publicada aun pero que además requiere un control positivo. Saludos.
@christopherhagan2797 7 ай бұрын
You are a real expert at mastering complexity (and explaining it - another great skill) -thanks very much for your help on setting up these useful tools
@KelvinEM 7 ай бұрын
Much appreciated!
@pingupollo19 8 ай бұрын
Hi kevin thx for the very usefull video ! I m currently tring to perform a virtual screening of peptides but i m stuck with an error of AGFRgui when i m tring to compute the pockets. The program doesn t work even with the tutorial structure. The error message referes to a "list out of range " error. If you have some advice i can post the full traceback. Thanks again for the tutorial
@KelvinEM 7 ай бұрын
Yes, please, post the command you use, the traceback, any relevant info.
@TTProgressive 8 ай бұрын
Que pocos vídeos hay en Español. Independientemente, me sirvió de mucho.
@charbelraad5939 9 ай бұрын
Very good explanation! Thank you very much. I have two small questions if you don't mind. I was wondering how to choose the parameters for energy minimization. I see that you have used standard parameters, but I suppose different settings will lead to slightly different results. How do I know that the settings I chose are sufficient and good enough for my purpose? Also, is there any reason you use Chimera over other energy minimization softwares?
@KelvinEM 9 ай бұрын
Keyword in your question is "slightly". Back when I tried different parameters for energy minimization, I compared the structures I minimized using molprobity. The settings I've selected were those that more often improved the structures and make them worse less often. More cycles or conjugated gradients often made structures worse. Why Chimera? I can minimize proteins and ligands to with little user intervention. I hope that answers your questions.
@charbelraad5939 9 ай бұрын
@@KelvinEM Thank you very much for the answer! It makes perfect sense :) Looking forward to continuing learning more about protein interactions and modeling
@Tu-vd1ed 9 ай бұрын
Muchas gracias!
@erikfernando7314 9 ай бұрын
Excelentes videos, soy nuevo en este mundo de los acoplamientos moleculares y me acabo de encontrar con sus videos, muchas gracias... :):):); algún video o recurso que recomiende para saber o iniciarse a la interpretación de resultados de los dockings???
@KelvinEM 9 ай бұрын
Un video así como este: kzbin.info/www/bejne/mWbcoWNodtSMnKs O más avanzado?
@bryanrodriguez5667 9 ай бұрын
Buen video como, puedo sacar la ruta para ejecutar en el powershell ?
@KelvinEM 7 ай бұрын
No estoy seguro de entender la pregunta. Las rutas y accesos directos se mencionan en la terminal al finalizar la instalación. Ahí es donde hay que tomar nota.
@pacofrancom 9 ай бұрын
Hola Kevin, acabo de descubrir tu canal y me gusta mucho. Sobre el video, muy interesante y muy didáctico. Comentarte solo que el átomo de Zn en la ACE es fundamental, y el lisinopril (y análogos) se diseñaron para complejarlo. Estaría bien una actualización usando el script para parametrizar el átomo de Zn. De cualquier forma el video es muy instructivo y he aprendido mucho. Gracias y te animo a que sigas subiendo videos. Un saludo
@KelvinEM 9 ай бұрын
@pacofrancom hay un método para hacer eso en vina pero no he tenido éxito implementandolo. Si lo logro, lo publico.
@KelvinEM 8 ай бұрын
Podrías sugerir un PDB que tenga exactamente lo que estás buscando?
@pacofrancom 8 ай бұрын
@@KelvinEM cualquiera de HDAC podría servir. Por otro lado, quisiera preguntarte por formas para preparar una proteína del pdb para hacer docking sobre ella. Me refiero sobre todo al proceso de añadir Hs, cargas y, quizás lo más complicado, hacer una pequeña minimizacion. Se que se puede usar DockPrep para la dos primeras, pero no para lo último, sobre todo si la proteína tiene metales. El FF de GAFF que usa chimera no tiene parámetrizados muchos metales, ej: Mn, y en muchos casos es necesario minimizar la proteína por la mala calidad de su estructura cristalina. Yo particularmente agradecería mucho tutoriales (os tuyos son de 10) que aborden estos aspectos, particularmente con software gratuito. Un saludo Kelvin y muy agradecido.
@carolynabe8916 10 ай бұрын
😞 Promo-SM
@martinrivarola7504 10 ай бұрын
Adivinare, estás jugando half life sourse no? Jaja na por lo que mas quieras ni juegues la versión sourse, se que suena bien pero no lo vale, mejor jueva la versión original con un pack de texturas en HD y listo, la versión sourse tiene muchísimos bugs que no existen en la versión original
@KelvinEM 10 ай бұрын
Es la edición 20 aniversario. Xd
@lautarovicente6184 10 ай бұрын
Half life?? Ya te estoy siguiendo bro
@KelvinEM 10 ай бұрын
Gracias!
@Lario_bros 10 ай бұрын
Yo tambien@@KelvinEM
@righunter2164 10 ай бұрын
"Ok, lo arreglamos" jjajajaja
@cihaninan2224 10 ай бұрын
I am getting "zsh: segmentation fault" when I am trying to open agfrgui on M2 macbook air. do you have any suggestions?
@KelvinEM 10 ай бұрын
Yes. First, check if ADFR is M2 compatible. Second, if it is now compatible, get and Intel- or AMD-based computer and run ADFR there. Third, configure the ssh server on that machine. Fourth, connect from you2 M2 MacBook Air to the remote computer and run your docking.
@gonzalolopez283 11 ай бұрын
Estimado, muy buenos y útiles los videos para la compilación de AMBER. En el caso de la compilación para ejecución en paralelo en ubuntu 20.04 llega un punto luego de correr el make install en el cual me da el siguiente error: In file included from src/MPI.c:4: src/mpi4py.MPI.c:198:12: fatal error: longintrepr.h: No such file or directory 198 | #include "longintrepr.h" | ^~~~~~~~~~~~~~~ compilation terminated. error: command '/usr/bin/gcc' failed with exit code 1 make[2]: *** [AmberTools/src/mpi4py-3.1.3/CMakeFiles/mpi4py.dir/build.make:202: AmberTools/src/mpi4py-3.1.3/CMakeFiles/mpi4py-build/mpi4py-build.stamp] Error 1 make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:4636: AmberTools/src/mpi4py-3.1.3/CMakeFiles/mpi4py.dir/all] Error 2 make: *** [Makefile:156: all] Error 2 Queria saber si le ha pasado, encontre una persona que le paso lo mismo y lo comento en el foro de AMBER pero no obtuvo respuesta.Ya he intentado re-instalar openMPI, mpi4py, y cosas de ese estilo, estuve buscando por otro lado y según personas que han tenido el mismo error en la compilación de otros programas (longintrep.h no such file or directory) pareciera que viene por el lado de python3.11. He pensado en sacar la opción de que instale miniconda dado que según el manual sin esa opción utilizaría el paquete de python que tenga ubuntu por defecto, en mi caso 3.10. Quería saber su opinión al respecto. Muchas gracias de antemano, Saludos
@KelvinEM 11 ай бұрын
Tengo solo una instalacion en ubuntu 20.04.6 LTS y no me dio ese problema. Voy a tratar de reproducirlo, pero: Instalaste el serial sin problema? Saludos.
@KelvinEM 11 ай бұрын
Mi ubuntu tiene python 2.7.18. Por que tienes 3.11?
@gonzalolopez283 11 ай бұрын
@@KelvinEM Al compilar AMBER el run_cmake vienen con la opción ya activada de descargar miniconda y usar su propio python, con el cual me daba este problema, dado que baja el ultimo me estaba intentando utilizar el python 3.11. Lo que hice, fue instalar Anaconda por fuera, borrar AMBER y volver a compilar primero en serie y luego en paralelo siempre con la opción desactivada de que instale miniconda en su propia carpeta. Con esto logre solucionar el problema, dado que cuando no tiene la opción activada, utiliza el python que tengas en tu path (en mi casa el de Anaconda)
@adrianponce5239 11 ай бұрын
Sabrias cono se actualiza un ¡mac OS X 10.5.8?
@KelvinEM 11 ай бұрын
En system settings, en software updates, eso deberia funcionar. Dependiendo de tu hardware, deberias poder llegar a 10.12 asi.
@adrianponce5239 11 ай бұрын
@@KelvinEM gracias, luego lo vere
@PEPSI90-ts9uo 11 ай бұрын
Xd bro😮
@FORBRID2.0 11 ай бұрын
Accidentes laborales 😂