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Пікірлер
@モグリ-e1m 29 күн бұрын
動画を拝見し､ツールを使用させていただいております。質問なのですが､2つの実験の異なるRNAseqデータ(シーケンスに使用した機器も違う)をDEG解析する際､バッチ補正が必要であると思うのですが､pairwiseDEGの場合､生のリードカウントをメタデータを一緒に入れることでバッチ補正されているのでしょうか？ またシーケンスの機器が違う実験データのDEG解析は可能なのでしょうか？ また､自分が調べたいRNA-seqのメタデータをGREINから取ってきて入れたとき､「列名より多い」とエラーが出て､困っております。こういった場合どうすればエラーを回避できますでしょうか？ 大変お手数をおかけします。お時間あるときにご教授いただけると幸いです。
@Kan-E 24 күн бұрын
コメントを有難うございます。 ・バッチ補正に関して 現行のバージョンではバッチ補正は適用していません。 Combat-seqなどのバッチ補正を行ったカウントデータをインプットとして解析することは可能です。 ただ、基本的には、異なる実験由来のデータを混ぜてDEG解析を行うことは推奨されておりません。 異なる実験由来のデータを比較したいときは、それぞれのデータでDEG解析を行った後、Venn diagramを用いてDEGのオーバーラップを評価するという方法が良いと思います。 ・GREIN由来のデータのエラーについて 実際のデータがないのでエラーの原因はわかりませんが、以下のいずれかの方法でエラーを回避できると思います。 1. メタデータを使わずに、カウントデータの列名をRNAseqChefに適した形に編集して、カウントデータのみをアップロードする。 2. メタデータをRNAseqChefに適した形に編集する。 (GREINのメタデータはRNAseqChefにそのままアップロードできない場合があります) 詳しくは日本語マニュアルをご参照ください。kan-e.github.io/RNAseqChef_manual_japanese/#Input_format 参考になれば幸いです。
@takku4839 Ай бұрын
この動画の最後までできたのですが書き始める方法がわかりません、書き始める方法を教えてもらえませんか？
@ay7922 Ай бұрын
バイオインフォマティクス試験の勉強として、とっても役立ちました。。ありがとうございます😿
@VincentEdwardCastro 2 ай бұрын
Great work! Really good stuff, glad R is reaching out more to the web. By the way, the doi paper link doesnt work.
@togotv 2 ай бұрын
Thanks for your comment! The DOI was under registration but is now functional!
@dennisalego6548 3 ай бұрын
Thank you for this excellent video. I just have one question: after extracting 353 low-copy genes, do we combine all related genes from all samples? Please assist.
@togotv 2 ай бұрын
Thank you for your kind feedback about the video! We believe you're asking about handling multiple NGS samples and combining their single-copy genes. If this is the case, we'd like to point out that GeneMiner2 has a batch mode feature that allows you to process multiple samples simultaneously - this would be the recommended approach rather than combining genes after individual extractions. However, if you're asking about something different (such as handling multi-copy genes), we'd recommend consulting the official GeneMiner2 documentation on GitHub for detailed guidance specific to your use case. github.com/sculab/GeneMiner2/blob/master/manual/EN_US/readme_detailed. github.com/sculab/GeneMiner2/blob/master/DEMO/DEMO4/DEMO4.md
@Hrkkbr 3 ай бұрын
声が聞き取りにくいのが残念です。
@togotv 3 ай бұрын
撮影時に機材不調がありご迷惑をおかけしております。後日に字幕を付与予定です。
@夢と希望-d8y 4 ай бұрын
神だ
@はな金シジ味唐辛子 4 ай бұрын
ふゎあぁ…あぁ…、 できたァアｱｱｧｧ(´；ω；｀)ｧｧｱｱア!!! いろんなサイトを見ても、出来ない分からないだったのに、やっと、、できた(T^T)。 ありがとうございます！これで夏休みの課題レポートが書けます！
@成子田中-r6l 6 ай бұрын
❤
@成子田中-r6l 6 ай бұрын
今研究をAIがしてると知りました。今度の万博が楽しみです❤❤❤🎉🎉🎉
@salut262 6 ай бұрын
pipxはコマンドのインストールがメインの用途とどこかのウェブサイトに書いてありました。(例えばpycowsayコマンドをインストールするなど)。 有用な動画ありがとうございます。
@つるかめ-y7p 6 ай бұрын
独学で系統解析に挑戦していたので、大変助かります
@user-GreenFc 6 ай бұрын
環状dnaをテンプレート配列とする場合は、どのように配列情報を入力すればよいのでしょうか？また、10,000 bpを超えるとエラーが表示されますが、回避する方法はありますでしょうか？(現状はいくつかに分割してプライマーの作成と特異性の確認を行っていますが、かなり煩雑です...)
@中根茂樹-b1p 8 ай бұрын
種の起源では何一つ科学的な証明はなされていません。 逆に自然選択論に反しそうな事実を列挙して見せ、しかしこう考えれば説明できる、と言う言い訳をひたすら繰り返します。 そんな科学とは程遠いダーウィンの空想は当時も受け入れる人がいる一方で相当な批判にも曝されました。 それを科学であるかのような装いを与えて完全に復活させたのがその後の1930年代の集団遺伝学者たちですが、勿論彼らの主張もただ単に突然変異と自然選択を無理やり接合しただけの事実による証明を伴わない空想に過ぎません。 自然選択論は事実から乖離した空想の世界です。 ダーウィンが最後まで気にした化石の不存在のみならず、その自然選択の工程自体が実は全く存在しないものです。
@えにむ-j6t 9 ай бұрын
他のサイトを参考にしてもぜんぜんダメで、この動画の通りにしたら初めて成功しました...！！！ 本当にありがとうございます！！！！！！感謝しかない
@atsushisato2 9 ай бұрын
14:54〜
@Longman-r6t Жыл бұрын
本当に助かりました。ありがとうございます。
@rechexid7 Жыл бұрын
手持ちのデータから、RNAseq chefを利用したいのですが、マクロジェンなどで解析で返ってきたExcelファイルからどういう情報が必要で、アップロードすれば良いかご教授いただけますと幸いです。
@Kan-E Жыл бұрын
コメントを有難うございます。「Raw count」,「Normalized count」, 「Gene list」などをインプットとして解析することが可能です。詳しくは日本語マニュアルをご参照ください(動画説明欄にURLがあります)。
@tkpi11 Жыл бұрын
動画拝聴させていただきました。丁寧にわかりやすい説明を頂きありがとうございます。実際に利用させていただきましたがとても使いやすかったです。一点質問にのですが、2群間比較した際、どちらからみてupかdownかを決めることは可能でしょうか？自分が見せたいものと逆になってしまい、変更できたら良いなと思っています。解説やマニュアルで私が確認不足であったら申し訳ございません。
@Kan-E Жыл бұрын
コメントを頂きまして有難うございます。また、実際にご利用頂き有難うございます。二群間解析の基準となる条件の変更に関してですが、動画（4:22）に表示されているように「Select samples」という項目があるので、表示されているサンプルの順番を入れ替えて下さい（textを消す時のようにdeleteで消せます。ドラッグ&ドロップでは編集できないのでご注意ください。）。入れ替えるとカウントデータの順番が入れ替わることが確認できると思います。カウントデータの一番左側の条件が基準となる条件として解析されます。例：「WT_1, WT_2, KO_1, KO_2」の場合はWTが基準、「KO_1, KO_2, WT_1, WT_2」の場合はKOが基準となります。
@iiixxx6497 Жыл бұрын
ありがとうございます。複数のブログにあたりましたが、どれもエラーが出て解決しませんでした。この動画の通りに実行したところうまく行きました。大変参考になりました！
@真夏日でいいのにずっと Жыл бұрын
サンプルファイルと環境設定に用いる設定ファイルのURLが開けないのですが、自分だけですか?
@togotv Жыл бұрын
先ほど、ホスト元のサーバが落ちていたようです。現在は復旧しております。ご迷惑をおかけしました。
@EgonWillighagen Жыл бұрын
Great video!
@yakiniku_bento Жыл бұрын
11:30
@dydydy4819 Жыл бұрын
非常に勉強になりました。ありがとうございます。
@もり-v5y Жыл бұрын
自分用 7:26まで完了 追記 無事成功
@もり-v5y Жыл бұрын
3:20でplatex test.texを行うと ! Undefined control sequence. l.1 opdfcompression ？ と出るのですがこれはどう対処すればいいのですか？
@杉山友貴-c6e Жыл бұрын
15:25からの"FAQ"はすでにページが存在していません。 www.ddbj.nig.ac.jp/biosample/overview.html#granularity を参照
@togotv Жыл бұрын
貴重なご指摘をどうもありがとうございます! 字幕の方を修正しました。
@nurseman1027 Жыл бұрын
学生でも導入しやすい文献管理ソフトを探しています。とてもわかりやすかったです。 さて、質問ですが、医学中央雑誌WEB版を使用する頻度が多いです。ここからも簡単に文献を取り込むことは可能でしょうか。 よろしくお願いします。
@togotv Жыл бұрын
医中誌の場合は、Paperpile を使われると良いかもしれません kzbin.info/www/bejne/rJ-6hJShgtZpr6c
@nurseman1027 Жыл бұрын
@@togotv なるほど！ご提案ありがとうございます。やってみます！
@とはよひねひてなの Жыл бұрын
ちょうど知りたかった内容で助かりました
@とむ-h5r Жыл бұрын
5番最後のlatexmkrcの保存のやり方を詳しく教えて欲しいです
@hausdorffm Жыл бұрын
R-studioでのチャットGPTの使い方をシェアしてくれてありがとうございます。
@ああ-j6n4s Жыл бұрын
Build Latex projectをクリックしても、チェックマークではなくバツマークが表示されます。 対処法はありますか？
@togotv Жыл бұрын
ご質問ありがとうございます。 まず、2:50から3:50までの内容を確認してもらい、コマンドプロンプト上でlatexが使えていることの確認が必要です。 きちんとPDFが作成できているならば、必要なパッケージ（latexmk）のインストール(3:50以降の内容)ができているかの確認が必要です。 具体的には、コマンドプロンプトでlatexmkと入力し、 Rc files read: C:/Users/yuuma/.latexmkrc .latexmkrc Latexmk: This is Latexmk, John Collins, 17 Mar. 2022. Version 4.77, version: 4.77. のように、C:/Users/ユーザー名/.latexmkrc が読まれていることを確認してください。 それが読まれているならば、vscode上の設定がおかしいと考えられるため、 latexworkshopは最新バージョンをインストールできているか settings.jsonがtexファイルのあるディレクトリで上書きされていないか（例えば、以前にlatexの環境構築をしている場合、もしかすると、デフォルトのフォルダ以外にsettings.jsonを作成しており、その設定が読まれている場合がある） などの確認をすると、きちんと動くと思います。 また、恐らく大丈夫だとは思うのですが、ファイルパスに日本語などが含まれているのが原因である場合もあります。 もしくは、.latexmkrcの上から4行目： $latex_silent = 'uplatex -pvc -shell-escape -kanji=utf8 -synctex=1 -halt-on-error -interaction=batchmode %O %S'; 部分にあるuplatexをplatexに変更してみてください。
@礼敖 Жыл бұрын
@杉本佳代-c7b Жыл бұрын
がんゲノム迷路の治療から女神の治療に入る
@ふじりんご-e6p Жыл бұрын
いつも勉強させて頂いています。 現在GEPIAというウェブサーバーが気になっています。GEPIAというRNA-seqなどの遺伝子発現を評価する、もしくは図表化するサーバーがあるんですけど、よろしければその使い方を説明した動画を出していただけると助かります。 本動画と関係ないコメントで大変恐縮ですが、何卒よろしくお願いします🙇♂️
@ADHD-z5q Жыл бұрын
7:45 トランスクリプトーム
@user-d2f9p Жыл бұрын
今まで何度か試してもダメだったのですが、この通りにやったら出来ました！ありがとうございます😭
@くらげちゃん-j8j Жыл бұрын
動画に関係のない質問で申し訳ございません。 NCBIに登録されている遺伝子情報がフォワード表記かリバース表記か知るためにはどこを参照すればいいでしょうか？
@hubgit9556 Жыл бұрын
転移学習でできないということか。もう一つのワシントン大学の人のはどうだろうか
@グライ-q6g 2 жыл бұрын
面白い
@MasakiSuimyeMorioka 2 жыл бұрын
NextStrainを染色（Stain）みたいな言い方してしまいました。いつも気をつけようとしているのに、間違えます。。🥺
@misa2393 2 жыл бұрын
MAFFTを使用して配列をアライメントした際に、遺伝子の転写の向きはどうしたらわかるのでしょうか？
@dhirendradwivedi7081 2 жыл бұрын
Can I get repo of this project.
@中山健二-e3l 2 жыл бұрын
ゴーグル
@中山健二-e3l 2 жыл бұрын
ゴーグルでメールのうちかや
@chanamlee9920 2 жыл бұрын
稀少疾患を悩まず、早く診断に至るすごいツールが出てきました。診断に早くいく手段ができました。歓迎いたします。
@shna2414 2 жыл бұрын
質問です。回答いただけると幸いです。このマークがついた音楽を自分の動画に使いたいときのそのライセンスの表示方法ですが、これは動画の中で表示するべきなのでしょうか？それともその動画を載せているサイトの動画説明欄などに表示するべきなのでしょうか？どこかに表示しておけはそれで条件はクリアしたことになるのでしょうか？よろしくお願いします。
@togotv 2 жыл бұрын
可能であれば、動画中でクレジットするとよいのではないでしょうか。動画説明欄に表示するのも一つの手だとおもいます。
@hamuhamu3625 2 жыл бұрын
勉強になります
@足立先生のYouTube大学医 2 жыл бұрын
自分用メモ 1:15 centOS ( wa3.i-3-i.info/word15502.html より転載 ) OSとしてのLinux、Red Hat Enterprise Linux（RHEL）をもとにして作られている 1:20 バイオLinuxのインストール (・ mdmd.riken.jp/exome/0kara.html#〇解析環境を整えよう (仮想マシンはVMware) ・ bi.biopapyrus.jp/os/win/vm-biolinux.html (仮想マシンはVMware) ・ biosciencedbc.jp/gadget/human/JSLAB2_BioLinux8_iso_win.pdf (仮想マシンはOracle(講義と同じ)) に従って行うが、 bio-linuxのリンクが切れているので、適当に検索して archiveos.org/biolinux/ からダウンロードした。 仮想マシンは、講義では『Oracle VM VirtualBox』を使っているが 上記理研HPおよびbiopapyrusHPに従ったところVMware Workstation 16 Playerを使用することになった。 途中Erase disk and install Bio-Linux Warning: This will delete all your programs, .... in all a\operating systems. と出てくるがラジオボタンの選択そのままでcontinueとして大丈夫であった。 Your name は username, Your computer's name は userpc で大丈夫) 14:02 pwdコマンドは、現在の作業ディレクトリを表示するコマンド。 「Print Working Directory」または「Present Working Directory」の略。 1:35:25 viに関しては eng-entrance.com/linux-command-vi#:~:text=viはLinuxの標準,ケースは非常に多い。 sample.sh+(~/Desktop/sh)-VIMが立ち上がるので、左上にカーソルを合わせてiと打って 左下に-- INSERT --と表示されてから echo HELLOと打ち込む。 Escを押して入力モードからコマンドモードに。 :wと打ち込みenter押下でviの内容(sample.sh)を保存。 コマンドラインに戻ってsh sample.shと打ち込むとHELLOと表示される。 再度、viでiと打ち込み入力モードにしてから WORLDと打ち込み Escを押して入力モードからコマンドモードに。 :wと打ち込みenter押下でviの内容(sample.sh)を保存。 コマンドラインに戻ってsh sample.shと打ち込むとHELLO WORLDと表示される。 1:45:00 exprに関しては www.softel.co.jp/blogs/tech/archives/3418 1:58:50 インストールしないと zsh: command not found: cmatrix と帰ってきて出来ない インストール方法は osakanav.com/cmatrix 2:25:00 BioLinuxのバージョンの問題なのか、私のPCでは 1というファイルと100.txtという2つのファイルが出来るだけな挙動。。。 2:51:30 同様に seq 1 10 duh.sh: 3: [: seq: unexpected operator とエラーメッセージが吐き出され、故人の掛け声かからず。。。 3:14:50 chmod a+x が働かない。何も起きない。。。 3:48:30 やはり私のPCはseqコマンドを認識していないようで1回しか走らない。。。
@freestylekayaker9825 2 жыл бұрын
visidata 数年前から愛用しています。 数100万行のデータもサクサク弄れるしExcelのような使い方、マクロ的な自動化、他のコマンドとパイプで繋いだり…凄く使いやすいですよね。 動画で文字がズレてるようでしたがターミナルによってはズレます。 私は terminator で visidata 使ってます。
@user-mioplosus 2 жыл бұрын
分子量だけで絞り込みというのはできますか？