ADS1: De Bruijn graphs and Eulerian walks

  Рет қаралды 67,002

Ben Langmead

Ben Langmead

Күн бұрын

Пікірлер: 21
@xinking2644
@xinking2644 2 жыл бұрын
i can't believe my eyes, you are the author of bowtie! good job, i learned a lot from your code!
@zoltanbulletproof
@zoltanbulletproof 8 жыл бұрын
Thank you so much, and congratulations you did a great job explaining this!
@USA-iw6ck
@USA-iw6ck 7 ай бұрын
The best explaination for De Brujin😃
@davide1913
@davide1913 8 жыл бұрын
Clear and welcoming videos, thank you!
@carolinadiaz7058
@carolinadiaz7058 4 жыл бұрын
Excellent explanation. Thank you very much!
@choijhkorea
@choijhkorea 4 жыл бұрын
shouldn't there be another self-directed edge for BB?
@WIN_1306
@WIN_1306 3 ай бұрын
best explanation ever
@JoeTaber
@JoeTaber 3 жыл бұрын
If you add an A at the end of the genome string, then the eulerian walk is no longer unique; i.e. you can start from any node and still walk each edge once.
@Totema.
@Totema. 2 жыл бұрын
What would represent an "eulerian CYCLE" (is an eulerian walk but start node, of the walk, is the same as the end) in a "De Bruijn" graphe, for a genome sequence ?
@niloufaraminian511
@niloufaraminian511 4 жыл бұрын
you just saved my life!
@Caroline-vy1co
@Caroline-vy1co 8 жыл бұрын
Thanks, great explanation.
@고양이맛고양이
@고양이맛고양이 5 жыл бұрын
Oh.....thank you so much!!!
@healthy_madness
@healthy_madness 2 жыл бұрын
Thanks!
@콘충이
@콘충이 5 жыл бұрын
Thank you!!
@treebeardization
@treebeardization 3 жыл бұрын
Doesn't this just reconstruct the initial read that we already have? I don't see how this tells us anything we don't already know.
@ryandikdan
@ryandikdan 4 жыл бұрын
Anyone else hearing Tumor?
@Grassmpl
@Grassmpl 9 жыл бұрын
Wrong definition! Digraph is eulerian iff it has an eulerian cycle. That is, iff every vertex has in degree= out degree.
@rob6129
@rob6129 5 жыл бұрын
94mathdude for an eulerian path one vertex can have in=out-1 and another out=in-1 and for the rest in=out
@thelazybusycoder4861
@thelazybusycoder4861 Жыл бұрын
oomg mark zuk
@bradgaragan4848
@bradgaragan4848 3 жыл бұрын
Russ Cox vibes
ADS1: Practical: Building a De Bruijn graph
4:48
Ben Langmead
Рет қаралды 12 М.
ADS1: When Eulerian walks go wrong
9:51
Ben Langmead
Рет қаралды 11 М.
IL'HAN - Qalqam | Official Music Video
03:17
Ilhan Ihsanov
Рет қаралды 700 М.
Quando A Diferença De Altura É Muito Grande 😲😂
00:12
Mari Maria
Рет қаралды 45 МЛН
Genome Assembly - Overview Part 1
9:29
Loren Launen
Рет қаралды 29 М.
Eulerian Path to DNA Fragment Assembly
9:00
math et al
Рет қаралды 464
ADS1: Greedy shortest common superstring
7:58
Ben Langmead
Рет қаралды 14 М.
Sequence Alignment using a "de Bruijn" Graph assembly
3:39
Michael Buoni
Рет қаралды 1,1 М.
de Bruijn graph assembly for DNA sequences
3:49
RobEdwards
Рет қаралды 47 М.
The hidden beauty of the A* algorithm
19:22
Polylog
Рет қаралды 915 М.
Hamilton, Euler and Genome Sequencing
9:51
Phillip Compeau
Рет қаралды 6 М.
Neural Networks 6 Computation Graphs and Backward Differentiation
10:31
From Languages to Information
Рет қаралды 31 М.