Aspectos práticos importantes em um Docking Molecular

[@rodrigoqueirozdelima3871]

Ótima aula parabéns pela aula, pelo material e a inspiração que transmite !!!

[@QFQMed]

Obrigada! Que bom que vc gostou! Continue nos acompanhando! :)

[@samiramaria3688]

Seus vídeos têm me ajudado muito. Não deixe de postar. Ótima didática 👏👏. Obrigada pelo conteúdo de qualidade

[@QFQMed]

Obrigada, Samira! Comentários como esses nos fazem querer continuar! :)

[@VanessaLima-wi7ul]

Suas aulas são maravilhosas! 😍😍😍 Estou amando o canal.

[@QFQMed]

Fico feliz em saber! Obrigada pelo elogio! :)

[@luanacaetano82]

Excelente aula. Obrigada ❤️🤗

[@QFQMed]

Obrigada, Luana! Que bom que vc gostou! :)

[@lucianobispo1700]

PARABÉNS AMIGA SAÚDE PAZ

[@QFQMed]

Obrigada! :)

[@jefersongueiros7414]

👏👏👏🥂

[@helosarama]

maravilhosaaaa

[@QFQMed]

Obrigada! :)

[@edumenezesbz]

Excelente aula professora, deu para aprender bastante. obrigado pelo conteúdo. A Professora trabalha com Dinamica Molecular? e se sim, qual programa usa?

[@QFQMed]

Obrigada, Edu! Que bom que está gostando e que tem sido útil! Infelizmente, ainda não trabalho diretamente com dinâmica, embora tenha vontade. Por enquanto, apenas tenho parcerias com outros grupos de pesquisa para realizar essas simulações. :)

[@gabrielbiancosilva7254]

Bom dia, quando se utiliza o Autodock, o que é população??? O que é Análise por Cluster?? O que é análise por RMSD?? Se aumentarmos o número de corridas o que isso influencia no resultado das análises??? Obrigado pela atenção.

[@helosarama]

minha querida, vc poderia dar tutoriais sobre bioinformatica do inicio, tipo ensinar o que alfa helice, folha beta, barril, falar sobre os ligantes, sobre a formação de proteinas na bioinformatica... Te agradeceria imensamente!

[@QFQMed]

Um excelente sugestão! Anotado! Temos um vídeo bem inicial sobre estrutura de proteínas, mas, certamante, não aprofundamos nos tipos de estruturas secundárias, terciárias etc

[@rosana_marques]

Excelente aula! Quando fala que uma simulação de dinâmica molecular é feito por 100ns, esse tempo (ns) é segundos ?

[@QFQMed]

Obrigada, Aleatoriamente! Sim, na Dinâmica Molecular conseguimos avaliar o complexo ligante-macromolécula em diferentes tempos, normalmente, a escala utilizada é nanosegundos. :)

[@lauravendrame2199]

Show

[@gabrielbiancosilva7254]

Boa tarde, o que significa segundo o Docking, a chamada função de pontuação???

[@anagabrielafinamore8124]

Boa noite, eu sou muito iniciante no estudo da modelagem molecular e estou tendo um problema ao adicionar meu ligante. Quando adiciono, ele fica muito longe da proteína e não consigo adicionar a Grid Box. Você tem alguma idéia do que posso estar errando ? Alguma orientação?

[@QFQMed]

Olá, Ana! Vc precisa checar aonde vc está centrando a grid box (checar as coordenadas) e o tamanho dela. Uma outra coisa que pode estar acontecendo é o seu ligante ser muito pequeno pro tamanho da caixa. Espero ter ajudado! :)

[@anagabrielafinamore8124]

@Química Farmacêutica & Medicinal Olá, eu usei o BIOVIA Discovery Studio Visualizer para encontrar as coordenadas do meu ligante. Entretanto, quando eu o adiciono ao arquivo do AutoDock (antes mesmo de preparar-lo o ou de adicionar a Grid Box) ele aparece muito longe da enzima. A partir daí, eu consigo prepara-lo mas a Grid Box não aparece quando tento adicionar as coordenadas (usei um tamanho que encontrei na literatura). Existe alguma forma de coordenar o local do ligante mesmo antes de prepara-lo ? Agradeço o retorno 🙂

[@QFQMed]

@@anagabrielafinamore8124 vc tentou rodar mesmo com ele fora da caixa? Pq as vezes durante a preparação ele parece que está fora, mas qdo vc roda e visualiza os resultados, o ligante fica no local indicado. Veja se funciona pra vc e, se puder, avise por favor! :)

[@anagabrielafinamore8124]

@@QFQMed @Química Farmacêutica & Medicinal deu certo sim ! Eu me precipitei pois a Grid Box não apareceu pra mim e já achei que tinha dado errado. Mas foi só rodar o programa que funcionou ! Muito obrigada !! Entretanto, quando fui calcular o RMSD, apareceu o erro "the order of the atoms has to be same...." E eu não sei como alterar as numerações dos átomos diferentes. Pode me ajudar novamente ? Desde já agradeço 😊

[@QFQMed]

@@anagabrielafinamore8124 vc deve abrir o arquivo pdb do ligante e rearrumar na ordem que aparece no arquivo pdb original. Pex, o C1 no original pode ser o C8 no outro, então vc deve ir alterando a ordem de tds os átomos pesados (não precisa fazer para os Hs). A conectividade será a mesma. Ao final, basta salvar o arquivo pdb e proceder com o cálculo do rmsd. :)