di_1: Análisis de diversidad, parte 1. Diversidad alpha

[@marcoantoniopuertolasyucra6620]

Interesante explicación

[@pelempito1]

Gracias

[@bjmoreno100]

excelente video muchas gracias por el aporte

[@pelempito1]

Gracias

[@jeanpierrerodriguezmirano5317]

Hola. Tengo un grupo de especies vegetales que muestrié en Lomas Costeras. Quise seguir su proceso, pero obtengo un mensaje que dice: no se encontró la función "alpha_div". Quizá me estoy saltando algunos procesos previos. Solo tengo datos de el número de especies econtradas, y el número de individuos por especie, además del tamaño máximo y mínimo, floración máxima y mínima, unidad fotosintética mínima, clonalidad y forma de crecimiento ¿Qué me recomienda hacer?

[@pelempito1]

Hola. Seguramente, al ejecutar: source('biodata/funciones.R') Aparece un error. El archivo funciones.R de la carpeta "biodata" contiene dicha función. Hay dos opciones para resolverlo: 1. Clonar el repo en localmente en tu PC, colocar tus datos dentro de la carpeta de dicho repo y, al cargar datos, elegir los tuyos. 2. Copiar el archivo funciones.R que se encuentra en la carpeta biodata en algún lugar de tu PC, y llamarlo posteriormente mediante source(rutadelarchivo/funciones.R) Por otra parte, en cuanto a los datos, los mismos debe estar en la forma de una matriz de comunidad, donde las columnas son especies y las filas representan los sitios de muestreo. Si sólo tienes una tabla con número de especies encontradas (indiferenciadas, es decir, riqueza numérica) y número de individuos (indiferenciados, es decir abundancia total), pues no cumple con el criterio de una matriz de comunidad. Explico las matrices de comunidad en este vídeo: kzbin.info/www/bejne/hXnHe2ajaLaIq7M Sin embargo, hay materiales más didácticos sobre matrices de comunidad que ese vídeo mío. El manual del paquete vegan, y sus viñetas, son buenas referencias. Asimismo, la información adicional que me comentas sobre tamaño máximo y mínimo, floración, etc., no debería formar parte de dicha matriz de comunidad.

[@jeanpierrerodriguezmirano5317]

@@pelempito1 GRACIAS :D

[@bjmoreno100]

@@pelempito1 esto tambien ayudo a clarificar mi duda gracias !!

[@pelempito1]

@@bjmoreno100 Me alegro que le haya resultado útil.

[@jesusbrionesmendoza2398]

"alpha_div" en que package está esa función? al igual que "estimacion_riqueza_chao"?

[@pelempito1]

`alpha_div` es una función creada por mí, que usa a su vez el paquete `vegan`. Aquí esta el código de la misma: github.com/biogeografia-master/scripts-de-analisis-BCI/blob/d9cd8e7529d526becc74704e0ba34ff831a8a3e3/biodata/funciones.R#L775 Pero para usar esta y otras funciones (como `estimacion_riquaza_chao`) es más fácil descargar el archivo funciones.R desde aquí ... raw.githubusercontent.com/biogeografia-master/scripts-de-analisis-BCI/master/biodata/funciones.R ... y colocarlo en una carpeta local (el directorio de trabajo de tu sesión de R) y ejecutar esto al inicio del código: `source('funciones.R')` O también, si tienes el paquete devtools instalador, ejecutar esto al inicio del código: source_url('raw.githubusercontent.com/biogeografia-master/scripts-de-analisis-BCI/master/biodata/funciones.R')