目前的研究來說,黑死病應該源自中亞的地鼠(宿主),在蒙古人征戰的同時,征戰會造成草原的破壞,而黑死病的自然宿主地鼠的難以生存,地鼠身上的跳蚤便放棄地鼠跳到人類身上,當然帶著黑死病細菌。(Climate and Disease in Medieval Eurasia, Monica M. Green)黑死病通往歐洲的路徑因為紀錄完整比較明確,黑死病從內亞的察合台汗國到中東的伊兒汗國再往北傳到金帳汗國。1344年金帳汗國因為一起蒙古貴族和義大利商人之間的糾紛,包圍卡法(今天的克里米亞南方),因為卡法是港口城,而蒙古人一直未能切斷卡法的海上補給,導致圍城戰持續了兩年。1346年圍城的蒙古軍開始死於黑死病,蒙古人撤退,但在撤退之前,蒙古人用從中國學來的投石器將因病死亡的遺體投入卡法。卡法陷入黑死病之時,義大利商人紛紛逃回義大利,帶著黑死病的鼠疫桿菌。 黑死病在中國的紀錄就很不明確,歷史學家Robert Hymes認為,1232年的開封被蒙古人圍城,也在同時間陷入瘟疫之中,這和卡法的情況非常相似。不過這也只是假說。現在科學家為鼠疫桿菌做基因定序,發現19世紀末20世紀初在中國不同地方爆發的幾場鼠疫分屬同一病菌的個別分支(1894香港的Branch1和1910滿州的branch2),顯示黑死病可能早來過亞洲,而且直到20世紀都沒有離開過,不過缺乏branch0的證據,很難確認黑死病究竟是何時到過中國。