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スペインのアンダルシア州セビリア県ロス・パラシオス・イ・ビジャフランカで生まれたファビアン・ルイスは地元のサッカークラブでサッカーを始め、8歳の時にレアル・ベティスの下部組織へ加入した。そこで順調に才能を伸ばしていき、2014年にベティスのBチームへ昇格し、同年にデビューを果たした。彼の勢いはBチームデビューだけにとどまらず、同年12月16日のCDルーゴ戦にてトップチームデビューも果たした。この年はBチームでは19試合、トップチームでは6試合に出場し、当時2部所属だったトップチームのラ・リーガ昇格に貢献した。
その後も2015年8月23日のビジャレアル戦でラ・リーガのデビューを果たすものの、スタメンを奪取することは出来ず出場機会が限られたままのシーズンが続いてしまう。そんな状況を打開するために2017年12月23日にベティスとの契約を延長すると同時にエルチェCFへの半年間のレンタル移籍が発表される。そのエルチェではプロ初ゴールを決め、さらに18試合に出場し自身の存在感を示した。半年間のレンタル移籍が終わり、2017-2018シーズンではベティスに復帰するとこの年からチームへやってきたキケ・セティエン監督の下レギュラーの座をつかみ取り、公式戦35試合に出場し3ゴール6アシストと結果を残し、チームをUEFAヨーロッパリーグの出場権獲得に貢献した。
翌年2018年7月5日、ナポリに5年契約で加入した。加入初年度から中盤のレギュラーとして活躍し、2021-2022シーズンまで通算公式戦166試合に出場し22ゴール15アシストと結果を残しており、チームの上位進出やタイトル獲得へ貢献している。スペイン代表においてもU-19、U-21の世代で出場経験があり、2019年6月7日のユーロ2020のフェロー諸島戦でA代表デビューを果たした。さらには同年11月のハンガリー戦で代表初ゴールも決めている。
2022年8月31日、PSGへの完全移籍が発表された。