Filogenia Molecular de Fungos: 4- Inferência Bayesiana

Workshop ministrado pelo Professor Willie Vieira (Dpt Fitopatologia da Universidade de Brasília - UnB) em fevereiro de 2024 para o Canal #MicroIntra.
O Workshop Filogenia Molecular de Fungos foi idealizado para a utilização de dados com sequências de DNA de fungos para estudos filogenéticos, com demonstrações para os métodos de Máxima Verossimilhança e de Inferência Bayesiana, e foi dividido em quatro partes (vídeos):
1- Organização de Arquivos (Pré-Alinhamento)
2- Alinhamento de Sequencias
3- Filogenia: Máxima Verossimilhança
4- Filogenia: Inferência Bayesiana
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Contato (e-mail) do Prof. Willie: [e-mail]
Dr. Willie Anderson dos Santos Vieira - Lattes: lattes.cnpq.br/...
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PODE SER ÚTIL: Descomplicando a Filogenia Molecular: Análise Filogenética - Guia Teórico-Prático (Dra. Sarah da Silva Costa Guimarães)
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[@ceciliasochiarelli9489]

Bloco de comandos: Individual: BEGIN MRBAYES; Lset nst=2 rates=propinv; Prset statefreqpr=dirichlet(1,1,1,1); MCMCP NGEN=1000000 PRINTFREQ=1000 SAMPLEFREQ=1000 NCHAINS=4 NRUNS=2 SWAPFREQ=2 FILENAME=act; MCMC; SUMP BURNINFRAC=0.25; SUMT BURNINFRAC=0.25 FILENAME=act CONTYPE=HALFCOMPAT; END; Concatenado BEGIN MRBAYES; CHARSET act = 1-295; CHARSET apmat = 296-1283; PARTITION FAVORED =2: act,apmat; SET PARTITION = FAVORED; UNLINK STATEFREQ=(ALL) REVMAT=(ALL) SHAPE=(ALL) PINVAR=(ALL); Lset applyto=(1) nst=2 rates=propinv; Prset applyto=(1) statefreqpr=dirichlet(1,1,1,1); Lset applyto=(2) nst=2 rates=gamma; Prset applyto=(2) statefreqpr=dirichlet(1,1,1,1); MCMCP NGEN=1000000 PRINTFREQ=1000 SAMPLEFREQ=1000 NCHAINS=4 NRUNS=2 SWAPFREQ=2 FILENAME=2genes; MCMC; SUMP BURNINFRAC=0.25; SUMT BURNINFRAC=0.25 FILENAME=2genes CONTYPE=HALFCOMPAT; END;