Molecular Dynamics simulations for Biomolecules 101 | Theory and Practice

[@meriemalmi8197]

Thank you so much for sharing this video with us, please can you tell me if we can use it for inorganic and organometallic ligands ? I want to study interaction between protein and organometallic compound, I appreciate your help, thank you in advance !!

[@ahmed_ali42]

Tip: you can use pdb2pqr to construct the missing atoms, this will help finding the correct protonation state for different amino acids (e.g. HIE/HID/HIP)

[@MuhammadIsamil]

Hi Ahmed, glad to see your comment. You mean in the protein preparation steps or the PB calculations?

[@MuhammadIsamil]

I believe this step is done in protein preparation by the pdbfixer package.

[@biomedicalscientistmuhammad]

السلام عليكم دكتور لو سمحت ياريت فيديوهات اكتر تكون project based

[@gizachewdiga]

Good lecture.

[@MuhammadIsamil]

Many thanks!

[@biomedicalscientistmuhammad]

السلام عليكم دكتور بحاول بيطلع error فالسطر رقم ٢١ في كود ال dependencies بيوقف كل حاجة بيقول no openff module

[@MuhammadIsamil]

وعليكم السلام First: make sure you are using the latest version of the notebook colab.research.google.com/github/pablo-arantes/making-it-rain/blob/main/Protein_ligand.ipynb Second: under the cell of "Install dependencies" change (mamba) in line 12 into (conda)

[@biomedicalscientistmuhammad]

بجد مش عارف اشكرك ازاي ، والله حضرتك حليت عليا دوخه انا واقع فيها بقالي شهر ربنا يبارك فيك اسمحلي لو ممكن نكون على تواصل للاستشارة .... اخوكم محمد ياسر الصدفي مدرس مساعد البايوفزكس

[@biomedicalscientistmuhammad]

الفرحة مكملتش ، طلع ٣ ايرور بعد ما الخطوة دي تمت على خير ف الكود اللي بيعمل الطوبولوجي File not found errors Line 103 Line 316

[@MuhammadIsamil]

​@@biomedicalscientistmuhammad ابعت لي صورة ال error

[@biomedicalscientistmuhammad]

هرسله لحضرتك ، بإذن الله خلال اليوم

[@shahadseedahmed2891]

شكرا ع المعلومات المفيدة.. بسال اذا كان البروتين عليه مشاكل missed atoms ... السيرفر يقدر عليهاا ... ولا اعمل بريبريشن لل protien قبل ما اعمل submission على ال drive??

[@MuhammadIsamil]

العفو .. لو atoms غير موجودة في بعض ال residues مش محتاج تبنيها لأنه بيبنيها .. لكن لو ال amino acid residues غير موجودة هتحتاج تعمل homology modeling

[@shahadseedahmed2891]

@@MuhammadIsamil فهمت👍.. هل يمديني عن طريق ال colab اشتغل ع protein cofactor ligand simulation?? اذا شغاالة ع gromacs ع ال ubunto... هل في script للكوماند متوفرة لل protein cofactor ligand dynamic simulation ?? يمديني اتحصل عليهاا..

[@alyaabeed9662]

👏🏻👏🏻👏🏻👏🏻👏🏻👏🏻👏🏻

[@almche8978]

شكرا دكتور بارك الله فيك. ممكن لو في مجال شرح عملي لكيفية ضبط او اختيار grid box autodock vina كيفية ضبط x,y,z عل اي اساس

[@karenlow9728]

Hi, Sorry do you have subtitle in English?

[@alisalem1899]

Grid Parameter شكرا جزيلا ممكن شرح كيفية اختيار الابعاد (اكس واي زد)

[@MuhammadIsamil]

github.com/MengwuXiao/GetBox-PyMOL-Plugin

[@dockinglovers6231]

ممكن طريقة تجميع فايلات ال csv ف شارت واحد وباقي طريقة ال analysis

[@MuhammadIsamil]

ممكن تجمعي كل فايلات ال rmsd مثلا في فايل csv واحد باستخدام excel وترسمي ال chart أيضا باستخدامه

[@alisalem1899]

SwissDock ممكن شرح هذا ولك جزيل الشكر

[@kunchat1989]

It would be helpful if in English.