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Dentro del Área de Conservación Tempisque se encuentra el Refugio de vida Silvestre Cipancí que se ubica a ambos márgenes del Río Tempisque. Este refugio protege los espejos de agua y los ecosistemas alrededor de la zona incluyendo aves y humedales.
Una de las prioridades del proyecto de Manejo de Recursos Naturales es el monitoreo de la calidad del agua en el río, esto es vital para definir acciones de conservación y uso sostenible.