В Сталкера начинать лучше с «Тайных троп-2». Это самое начало истории Стрелка. А вместо оригинальной трилогии лучше проходить моды, куда трилогия интегрирована. Например, «Тени Чернобыля» интегрированы в несколько модов. Конец «Тайных троп» логически стыкуется с началом «OGSR-mod” или «OGSR Gunslinger” (с расширенным оружейным пакетом). Это те же ТЧ, но с расширенной функциональностью и квестами. «Чистое небо» тоже внедрено в несколько модов. «Зов Припяти» аналогично. Оригинальная трилогия сильно устарела.