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Aunque suele ser definido de forma simplificada como un robledal, Muniellos se compone de un conjunto de comunidades vegetales, entre las que predominan bosques de distintos tipos (robledales, abedulares, bosques mixtos…), matorrales, flora especializada en roquedos, etc. En los años 90, los profesores Fernández Prieto y Álvaro Bueno investigaron las comunidades vegetales presentes en la reserva, elaborando un mapa de vegetación que ofrece una valiosa información acerca de su distribución, interacciones y sucesiones, así como la naturaleza del límite del bosque en la alta montaña silícea cantábrica.