用途によって発熱量も変わるので、一概にどちらが正解と言うのは難しいところです。フロント付けで吸気にできるなら、トップファンを付けて正圧を避ける方法もあるものの、ファンの数だけそれなりに音もしてしまいます。 発熱して一番困るのは CPU ですから、基本的に CPU が冷えやすいと言うより、熱くなり過ぎない方法を選ぶのが良いです。 吸気・排気どちらにするかはそれぞれの構成で試して、自分の普段使いに合った方を選ぶのが望ましいかと思います。結果、トップでも CPU が冷えてくれるから問題なし!となるかもしれませんので。