Análisis de Riqueza, indices de biodiversidad & Curva de Acumulación de especies, en R (MAC)

[@joshbruks]

excelente información! Todos deberíamos conocer estos datos como ciudadanos.

[@valeriaog8004]

Gracias por el vídeo y la ayuda. Excelente información

[@CELTIC_764]

GRACIAS POR TODA LA INFORMACION!! me va a servir bastante para trabajar con los datos de mi tesis

[@Solo_Albuja]

Mucha suerte! con tu tesis alcanza ese logro

[@Adventurous-Hermit]

Información genial, sencilla y completa para entender, alguna vez hiciste una evaluación de diversidad Beta? o bibliografía que recomiendes para realizar ese análisis en R.

[@Solo_Albuja]

Hola,para calcular la diversidad beta se usa el índice de similitud de Jaccard , primero debemos tener una matriz de presencia/ausencia de especies para cada sitio. Si tienes datos puedo hacer un video de este análisis en R me los puedes enviar si gustas, yo lo use para un trabajo hace mucho tiempo para comparar la flora del campus de mi universidad. No olvides de seguirme y compartir este video… pdta: si encuentro esos datos puedo hacer el analis y explicar de que trata este análisis

[@Solo_Albuja]

Si te interesa hice un video explicando el análisis de diversidad beta

[@monsesantillan3012]

Hola, una pregunta, ¿cómo hiciste que te salga definido los sitios como la columna en la que generalmente va la numeración. No se si me hago entender. Voy a que cuando se hace que R studio lea la tabla, en mi caso en csv, esa columna definida se pone numeración de 1, 2, 3 a lo que tenga uno de datos en cambio tú la tienes como los sitios. Gracias por tu respuesta

[@Solo_Albuja]

@@monsesantillan3012 hola en el Excel o base de datos le defines el nombre en este caso sitio

[@monsesantillan3012]

​@@Solo_Albuja perdón sino te entiendo, cómo la defines?

[@Solo_Albuja]

@@monsesantillan3012 yo la defino dentro del Excel a los sitios

[@ignacioberon6828]

como podría hacerse para agregar la línea de la asíntota al gráfico? muy buen video

[@Solo_Albuja]

Hola reviso el código y te doy una solución

[@Solo_Albuja]

plot(curva, ci.type = "poly", col = "blue", lwd = 2, ci.lty = 0, ci.col = "grey90") # Agregar la línea de asíntota (por ejemplo, una línea horizontal en y = 0) abline(h = 0, col = "red", lty = 2). …….. espero eso sea lo que necesitas

[@ignacioberon6828]

GRACIAS! tú sí que eres el rey de reyes. uso esto para hacer una curva de acumulación de interacciones frugívoro-planta. lo que no puedo encontrar es como calcular luego, los estimadores de chao1 y/o chao2, lo cual me daría el valor esperado de la asíntota, sabes cómo se hace?@@Solo_Albuja

[@Solo_Albuja]

@@ignacioberon6828 de revisar los datos

[@mariajosegarzonguiral8809]

por favor explica por acá en comentarios cómo hiciste para que la columna de sitios no fuera una variable más, si no que apareciera reemplazando los niveles de las filas (1,2,3,4,5...)

[@Solo_Albuja]

Poniéndole el nombre de sitios el R ya le capta que no se trata de una variable

[@Solo_Albuja]

Si le dejas con número no funcionará

[@sparkvalkov]

Gracias! Tenía la misma duda

[@PAULAFERNANDARODRIGUEZGONZALEZ]

Hola, como hago para cambiarle de nombre a los ejes x y y?

[@christianangulo9215]

buena video e información, podrías hacer un video explicando sobre vegan y cómo sacar el índice de valor de importancia? me ayudarías muchísimo.

[@Solo_Albuja]

Claro lo tendré pendiente

[@LuisAlbertoCano]

GENIAL LOS INDICES DE SHANON Y DE DOMINANCIA SON PACKETES EN R ?

[@Solo_Albuja]

No, son funciones del paquete Vegan

[@conlosjuguetesdemihijo6310]

con respecto a la abundancia la primera familia en el boxplot tiene un media mas alta, indicando que es la mas representativa... o no?

[@Solo_Albuja]

Si es la mayor número de veces apareció en los muestreos realizados

[@ChulyNaty]

Hola! Tengo una Mac y no logro cargar el paquete BiodiversityR. alguna idea de como solucionarlo?

[@Solo_Albuja]

@@ChulyNaty tal vez puedes ver mi otro video de otras maneras de instalar paquetes en R, hay otras formas puedes buscarlas en internet o KZbin… avísame si puedes

[@aniamc408]

Hola una pregunta los sitios que utilizan son replicas. Por ejemplo yo quiero hacer un estudio bosques y cultivos, para cada uno de ellos tengo 3 replicas. Entonces mis sitios son las replicas tendria 6 o solo tendria 2 sitios sumando la abundancia de las replicas para cada tratamiento. Por favor no entiendo esto

[@Solo_Albuja]

No son sitios diferentes cada uno de ellos

[@Solo_Albuja]

Lo que tú estarías haciendo es aumentar tu esfuerzo de muestreo, pero en el mismo sitio no lo puedes tomar como réplicas, réplicas solo en experimentos no en muestreos

[@aniamc408]

​@@Solo_Albuja Muchas gracias por responder, entonces por lo que entendí. Tengo dos zonas de estudio Bosque y Cultivo. En cada zona pienso tomar muestras de tres diferentes sitios Bosq1, Bosq2 y Bosq3 (están separados por mas de 1000m entre si) y si en cada sitio por ejemplo en el Bosq1 instalo 5 redes nieblas (estas serian como mis replicas) y así en todos?

[@Solo_Albuja]

@@aniamc408 mmm sesos serían tus sitios digamos tienes 6 sitios en total 3 tomados en bosque y tres en cultivo yo los trataría como sitios diferentes… eso si estarían en 2 condiciones distintas coedición bosque condición cultivo… y podrías sacar diversidad por sitio o por condición ya depende de cada quien y la metodología aplicada

[@JOHANNEMILIANOOYOLAMASLUCAN]

Los datos están en Excel?

[@Solo_Albuja]

Si

[@ScarlethSalazar-b7v]

Necesito ayuda, no me carga el spcenumber tengo la version 4.4.1 y para el indice de shannon no me carga el density ocupe una parecida pero me dice que los argumentos de x deben ser numericos :(

[@Solo_Albuja]

@@ScarlethSalazar-b7v transforma tus datos a numéricos seguramente estás usando comas en decimales

[@tusalchipapasplayu9172]

creo que solo hace falta un video de como organizar los datos de la base de datos, ya sea para todos los indices o para cada indice

[@Solo_Albuja]

Se tendrá pensado

[@analibello9490]

Hola, ¿disculpa podrías hacer por favor un video de como descargar las librerías? gracias

[@Solo_Albuja]

kzbin.info/www/bejne/nKnXYoiYqNx5jKcsi=SUHayASWZPoFXIL2

[@analibello9490]

@@Solo_Albuja gracias

[@kevinhuancazevallos8510]

Tengo una cosulta. Como importas los datos que guardaste en la variable dato1

[@Solo_Albuja]

no entiendo bien tu pregunta la puedes reformular

[@luckasVv16]

como le cambiaste los nombres a los sitios??

[@Solo_Albuja]

Se puede hacer de dos maneras mediante el R o directamente en Excel te recomiendo desde el Excel manera más simple

[@alejandromolina4437]

Hola, que genial video, pero tengo problemas al cargar la base de datos, ¿me podrias ayudar por favor?

[@Solo_Albuja]

te respondi al correo

[@juan_pirod]

Cómo deberían estar acomodados los datos en el excel? ando haciendo un ejercico con unos datos y puse los sitios en filas y las abundancias de especies en columnas pero al abrir el csv en Rstudio y tratar de ejecturar los códigos me sale todo mal jajaja. Cuando pongo el view() de los datos sale mi tabla diferente a la del video

[@Solo_Albuja]

Siempre hay que revisar bien las tablas, por lo general es una matriz de sitios vs especies… pero verifica que tus datos sean homogeneizados eso significa que tengan características que el R pueda Leer. Te puedo ayudar chequeando la tabla, si no hay problema. Te invito a que te suscribas si aún no lo haces y me ayudes a compartir.

[@JOHANNEMILIANOOYOLAMASLUCAN]

Cómo podemos graficar los índices de shannon y simpson en diagrama de cajas en r ? lo intento y no puedo

[@Solo_Albuja]

No se puede el boxplot es cuando tienes muchos datos, los índices son indicadores ya establecidos un solo dato que te indica algo

[@JOHANNEMILIANOOYOLAMASLUCAN]

necesito ayuda con mis datos 🙏

[@Solo_Albuja]

Acabo de ver tu correo 📦

[@estefaniagomez3420]

No me funciona, 😢 me podrías ayudar por favor, te mandé un correo

[@Solo_Albuja]

Te respondí intenta homogeneizar tus datos según lo q observé tus datos

[@hrr7235]

We.. muy bueno tu tutorial, pero como que debes de ser más claros en tus explicaciones, tienes dominios del tema y por eso "creo" que obveas algunos tecnicismos. Excelente, sigue asi

[@PAULAFERNANDARODRIGUEZGONZALEZ]

Hola, como hago para cambiar el nombre de los ejes x y y ?

[@PAULAFERNANDARODRIGUEZGONZALEZ]

Hola, como hago para cambiar el nombre de los ejes x y y ?

[@Solo_Albuja]

Al momento de crear el gráfico hay q agregar una línea de código no recuerdo el comando pero no es difícil de hacerlo hay mucha info en el internet si no encuentras me avisas para ayudarte