آماده سازی لیگاند برای داکینگ مولکولی توسط Chembiooffice

[@dinaalimi1690]

فوق العاده هستید استاد. چیز هایی که یاد میدید انقدر کامل هست که من در کلاس های پولی نتونستم یاد بگیرم. ممنون که این ها رو به رایگان در اختیار ما میذارید. سلامت و سرزنده باشید.

[@Bioskill]

ممنون از محبتتون 🙏

[@yasna190]

بسیار کامل و عالی ممنون از توضیحاتتون 🙏

[@Bioskill]

ممنونم 🙏

[@shervinmoradi6556]

فوق العاده بود مرسی

[@Bioskill]

ممنونم

[@hossein37]

ممنون عالی بود

[@Bioskill]

🙏🙏🙏

[@artaghva2245]

ممنون از ویدیوی کاملی که گذاشتید.🙏🙏

[@Bioskill]

تشکر از توجهتون 🙏🙏🙏

[@alirajaeetabar4577]

بسیار کامل و جامع ممنونم از وقتی که میگذارید امیدوارم تولید این ویدیو هارو ادامه بدید

[@Bioskill]

ممنون. ایشالا حتما.

[@niloofaralikhani6577]

ممنونم از آموزش های خوبتون

[@Bioskill]

ممنون از همراهی شما

[@shamimshh785]

great💛

[@Bioskill]

🙏🙏🙏

[@annazakaria1972]

درود بر شما ☘️

[@Bioskill]

ممنونم از همراهی شما 🙏

[@azizehshadi7605]

❤❤❤❤❤excellent

[@Bioskill]

Many many thanks

[@elhammirverdi226]

ویدیو کامل و مفید و البتهههه کاربری،سپااااس🌹

[@Bioskill]

تشکر 😊🙏

[@maryamshahbazi152]

🙏🙏🙏

[@Bioskill]

🙏

[@nedamokhtari940]

Khili khob bod

[@Bioskill]

ممنونم

[@simazr3050]

خیلی عالی 👌👌ممنون

[@Bioskill]

تشکر از توجه شما

[@zahraahmadi4161]

ممنون برای ویدیو های خوبتون

[@Bioskill]

ممنون از حسن نظرتون 🙏🙏🙏

[@mahtabsalimi8138]

خیلی عالی بود . ممنون از زحماتتون

[@Bioskill]

ممنون از توجهتون 🙏🙏🙏

[@samiramehrang814]

Thanks a lot Dr your channel is amazing.

[@Bioskill]

You are very welcome 🙏

[@matinbiabanaki8099]

عالی عالی

[@Bioskill]

ممنون

[@faranakshiassiarani2827]

🙏👌👌👌👌واقعا عالی بود

[@Bioskill]

ممنونم 🙏🙏🙏

[@ZahraSanaei-d3f]

excellent 🤩

[@Bioskill]

Thank you! Cheers!

[@mgh832]

So informative .. tnx 🙏

[@Bioskill]

Thanks

[@miladpic3292]

Very practical 👏👏👏

[@Bioskill]

Thank you 😊

[@baharkh4982]

Very excellent 👍

[@Bioskill]

Thanks 🙏

[@cryptomarketandswap2517]

عالی بود من که منتظر بقیه ویدئوهاتون هستم

[@Bioskill]

ممنونم. به زودی ایشالا

[@seyedtalebhouseini3360]

سلام یه سوال دارم : اگر یک ژن داشته باشیم که بدونیم توی سرطان نقش داره و افزایش بیان چند برابری داشته در بافت توموری نسبت به نرمال و بدونیم که چه پروتئینی رو کد میکنه ، برای اینکه عملکرد اون پروتئین رو مختل کنیم باید طراحی لیگاند انجام بدیم ، و برای اینکه بفهمیم چه لیگاندی مناسب تر هست باید چیکار کنیم دقیقا ؟ اینو توی ویدئو متوجه نشدم که شما مثلا کورکومین رو مثال زدین . ممنون میشم راهنمایی بفرمایید

[@Bioskill]

سلام. دو تا راه عمده هست که برای شروع میتونین انجام بدین: 1) بررسی و پیدا کردین مولکول های مشابه با مولکول هایی که اثرشون قبلا روی این پروتئین ثابت شده (ویدوی CADD رو تماشا کنید). 2) داکینگ لیگاندهای متعدد برای پیدا کردن مهار کننده مناسب.

[@elyasesmaily1355]

سلام ایا امکان دارد که بهینه سازی لیگاند رو علاوه بر از نرم افزاری Chem office با گوسین هم این کار را انجام داد

[@Bioskill]

سلام. بله

[@Famtan]

سلام تشکر بابت آموزش خوب شما. یه سوال داشتم

[@Bioskill]

تشکر از شما

[@shamimganji8309]

👏👏🙏🙏

[@yasaminsaadati7058]

مرسی از شما ,ببخشید یک سوال دارم ,من فوق لیسانس شیمی آلی دارم و در کارخانه داروسازی در ایران کار کردم و الان ساکن المان هستم میخواستم بدونم که ارتباطی با شعل من میتونه این برنامه داشته باشه ؟ به نظر شما این برنامه داکینگ رو یاد بگیرم ؟

[@Bioskill]

اگر واقعا به انجام کارهای تحقیقاتی علاقه دارین بله.

[@yasaminsaadati7058]

مرسی از پاسختون

[@Bioskill]

@@yasaminsaadati7058 🙏

[@Famtan]

من در رسم همانند نمونه انجام دادم اما خیلی به زوایا دقت نکردم ممکن هست بخاز این باشه؟

[@Bioskill]

نه. توی نرم افزار biochem 3D اصلاح میشه. مشکل چیه؟

[@shafaghch3769]

من یه سوال دارم برای لیگاند من با مولکولار دینامیک ارور میده و پیامشم اینه کهmolecular مدل is too far from equilibrium. اما وقتی اول انرزی مینیمایز میکنم و دوباره ران مولکولار دینامیک رو میزنم اون ارور رو نمیده، سوالم اینه که مشکلی نداره من اول انرزی مینیمایز کنم بعد ران مولکولار دینامیک رو بزنم،؟ لیگاند سئو شده به این شکل برای داکینگ مشکلی نداره؟؟؟

[@Bioskill]

ببینین اگر ساختارتون به هم نخورده و چیز عجیبی مشاهده نمیکنین اوکی هست. ما یه گروه تلگرام هم داریم که بچه ها سوالاتشون رو میپرسن. به دایرکت اینستا پیغام بدین تا لینک رو براتون ارسال کنم.

[@m.neiband7935]

ممنونم از توضیحات کامل و واضح تون🙏🙏🙏

[@Famtan]

من مطابق آموزش شما کروکومین رسم کردم و بردم توی نرم افزار 3دی اما شکل نهایی که نر افزار به من داد کاملا خمیده بود و مانند شما شبیه به کروکومین اصلی نشد اشکال کار میتونه کجا باشه؟

[@Bioskill]

برای بار دوم کاهش انرژی رو انجام بدین. ببینین اوکی میشه یا نه.

[@simazr3050]

وقتی که لیگاند و یا مولکول توی پایگاه داده ای نیست و خودمون طراحیش میکنیم چطور میتونیم در pymol متوجه بشیم در مقایسه با شکل اصلیش خوبه؟ما که شکل سه بعدی و اصلش نداریم!؟

[@Bioskill]

دوست عزیز، من فقط این مقایسه رو انجام دادم که میزان دقت نرم افزار رو ببینین. در حالتی که شما ساختار رو در بانک داده مولکولی ندارین طبیعتا باید به پیش بینی انجام شده اطمینان کنین. کلا دنیای داکینگ، دنیای پیش بینی هست تا زمانی که اون موضوع توسط یک ازمایش قطعی بشه.

[@simazr3050]

@@Bioskill بله بله متوجه شدم کاملا،ممنون از توصیحاتتون🙂

[@Bioskill]

@@simazr3050 🙏

[@elyasesmaily1355]

سلام ببخشید سوالی داشت من نرم افزار Chem office را دانلود کردم و در قسمت بهینه سازی ساختار مشکلی داشتم من ساختار را در Chem draw رسم میکرم و وارد Chem 3d میکردم و وقتی مولکول را از قسمت Molecular dynamics و Minimize Energy بهینه میکردم شکل متفاوتی نسبت به مولکول های سایت pubchem از لحاظ سه بعدی دارد به نظر شما علت تفاوت این ساختار ها چیست مسیری که میرفتم Calculations MM2 Molecular dynamics Calculations MM2 Minimize Energy چند مرتبه امتحان کردم اما نشد ایا نرم افزار دیگر وجود دارد که بتوان همین عمل را در ان انجام داد که دقت بالا داشته باشد

[@Bioskill]

سلام. اگر ساختارتون در پابکم موجود هست از همونجا بگیرین و نیاز به انرژی مینیمایزیشن نیست. ضمنا لزوما ساختاری که انرژی مینیمایز شده شبیه به ساختار بلوری ماده نیست. پس اگر متفاوته جای تعجب نیست

[@elyasesmaily1355]

@@Bioskill خیلی ممنونم از راهنمایی شما ولی من برای تست این کار را انجام دادم برای مثال در این تمرین کورکومین ساختاری مثل ساختار سایت pubchem داد ولی ترکیبی که خودم انجام دادم ساختار فرورفته و پیچ خورده ایجاد میشه و در قسمت اخر مینویسه Dynamics terminated because the molecular model is too far from equilibrium البته این ارور را بعد از تکرار محاسبات میده

[@Bioskill]

@@elyasesmaily1355 پس احتمالا مشکل از رسم ساختار هست.

[@sheydatehran6399]

ممنون از آموزش های کاربردیتون. یک سوالی داشتم زمان هایی هست که وقتی ساختار دو بعدی را وارد ChemBioUltera3D میکنم، بدلیل وجود یک پیوند نمیتواند molecular dynamics را برایش محاسبه کند و بدون حرکت مولکول باقی میماند.در این صورت میشه ابتدا انرژی اش را مینیمایز کرد و سپس molecular dynamics را run کرد؟در این حالت دوباره انرژی را مینیمایز باید کرد یا دیگر لازم نیست؟

[@Bioskill]

سلام. ممنونم. اول اینکه گفتن کاری که انجام میشه شبیه دینامیک مولکولی هست نه خود اون. پس اشتباه نکنین این دو تا بحث رو. اینجا فقط بهینه سازی انرژی انجام میشه. سوالم اینه که آیا پیوند خاصی توی مولکولتون هست که مانع از انجام بهینه سازی انرژی میشه؟

[@MashiDani]

receptori ke baraye curcumin dar nazar gereftin chi bud?

[@Bioskill]

یه رسپتور رندم برای ساخت ویدیوی آموزشی که اسمش رو هم توی ویدیو گفتم

[@fatemehsabzian6732]

👌🏻👌🏻👌🏻👌🏻

[@Bioskill]

🙏🙏🙏

[@ArastooVogdani]

توضیحات کامل و عالی بود ممنونم ازتون

[@Bioskill]

تشکر