مقدمه ای بر داکینگ مولکولی

Рет қаралды 6,480

Bioskill

Күн бұрын

Пікірлер: 136

@Andromeda.a5 11 ай бұрын

ممنون. آموزش خیلی خوبی بود

@Bioskill 11 ай бұрын

🙏🙏🙏

@atiyeemami8492 3 жыл бұрын

بسیار عالی و جامع

@Bioskill 3 жыл бұрын

خیلی ممنون 🙏

@AlexFarm00 9 ай бұрын

همین که با لحجه هندی, انگلیسی صحبت نمیکنید برام کافیه :)) خیلی ممنون بابت چنل و زحماتتون.

@Bioskill 8 ай бұрын

:-)))))))

@elyasesmaily1355 2 жыл бұрын

خیلی عالی بود ممنونم از شما🌹

@Bioskill 2 жыл бұрын

خواهش میکنم

@atefehnazari6879 Жыл бұрын

Fantastic!

@Bioskill Жыл бұрын

🙏

@samiramehrang814 3 жыл бұрын

خیلی ممنون بابت ویدیوهای عالی تون .بیان و نحوه تدریستون ادم رو مشتاق به یادگیری میکنه من به همه دوستام معرفی میکنم کانال تون رو

@Bioskill 3 жыл бұрын

ممنون از اینکه همراه هستین

@MahdiehRojhan 2 ай бұрын

خیلی ممنون از پخش ویدئوهاتون...ببخشید من تازه با اموزشهای شما اشنا شدم.... و تا الان یک جلسه از داکینگ رو دیدم...توی کلاسهای داکینگ همه اساتید میگن خوب باید پروتئینت رو بشناسی و در موردش مقاله خونده باشی...میشه یک نمونه رو که مثلا خودتون پیدا کردید از سایتها و مقالات، اینجا هم اموزشش رو بذارید...چون من در واقع ، متوجه نمیشم که چه چیزهاییرو دقیقا باید از پروتین بدونیم که بتونیم یک داکینگ و طراحی خوبی داشته باشیم....لطفا اگه امکانش هست یک نمونه مثال بیارید که چجوری ازتو مقالات و سایتها همه چیز پروتئین رو پیدا میکنیم و چه چیزهاییش مهمه که بدش بتونیم یک انتخاب خوب و آگاهانه برای داکینگ و طراحی دارومون داشته باشیم....بسیار سپاسگذارم

@Bioskill Ай бұрын

دوست عزیز پلی لیست آموزش مقاله نویسی رو تماشا کنید. دقیقا همین کاری که گفتید رو انجام دادم

@afshinafshin5975 2 жыл бұрын

ممنون از توضیحات خوب شما

@Bioskill 2 жыл бұрын

خواهش میکنم

@FarzanehN Жыл бұрын

ممنون👌

@Bioskill Жыл бұрын

🙏

@rahanaseri3798 2 жыл бұрын

تازه آشنا شدم و عالی بود وجود شما خیلی ارزشمنده

@Bioskill 2 жыл бұрын

محبت دارین

@shamimshh785 Жыл бұрын

perfect

@Bioskill Жыл бұрын

Thanks 🙏

@azizehshadi7605 Жыл бұрын

❤❤❤❤excellent

@Bioskill Жыл бұрын

Thanks 🤗

@AlexFarm00 4 ай бұрын

دکتر به کمک اموزشی که گزاشتید دارم روی اولین مقاله م کار میکنم. واقعا دوره کاملی هستش خیلی ممنون بابت زحماتتون. میخاستم ازتون خواهش کنم اموزش دینامیک مولکولی و مهندسی پروتئین هم قرار بدید. باز هم متشکرم❤❤❤

@Bioskill 4 ай бұрын

🙏

@azizehshadi7605 Жыл бұрын

Excellent ❤❤❤❤❤❤

@Bioskill Жыл бұрын

Thank you! Cheers!

@hossein37 2 жыл бұрын

ممنونم . لطفا اگر براتون مقدور هست آموزش های استفاده از دیتابیس های مختلف هم برای drug design یا پیدا کردن تارگت برای لیگاند و ... هم قرار بدید .

@Bioskill 2 жыл бұрын

خواهش میکنم. توی همین پلی لیست موجوده

@azinghahremanzade-kp7ex Жыл бұрын

ممنون از شما 🙏🌹

@Bioskill Жыл бұрын

🙏

@SiavashAmiri-l1n Жыл бұрын

بسیار قابل درک و مفید بود. ممنون از شما برای زحماتتون❤👌

@Bioskill Жыл бұрын

ممنون از همراهی شما 🙏

@ArasVoog 10 ай бұрын

Nice ❤

@Bioskill 10 ай бұрын

Glad you like it

@matinbiabanaki8099 4 жыл бұрын

مثل همیشه عالی بود. از شما بسیار ممنونیم

@Bioskill 4 жыл бұрын

تشکر از لطفتون

@rezafazl9024 Жыл бұрын

خیلی عالی🌹👏 کاش این رو هم توضیح میدادین چرا مثلا از MOE استفاده نکردین برای داکینگ و چطور تصمیم بگیریم برای کارمون کدوم نرم افزار برای داک بهتره

@Bioskill Жыл бұрын

ممنونم. واقعا خیلی تفاوت نداره از کدوم نرم افزار استفاده بشه. بیشتر نتایج و تحلیلشون اهمیت داره

@azizehshadi7605 Жыл бұрын

❤❤❤❤❤❤❤❤❤❤❤❤❤❤❤❤❤❤❤❤ دکتر جان ، دیدن ویدئوهای شما برنامه روتین بنده هست ❤❤❤❤❤❤ خیلی خیلی سپاسگزارم ❤❤

@Bioskill Жыл бұрын

محبت دارین

@denizhagi7637 3 жыл бұрын

مثل همیشه عالی و کاربردی بود👍👍👍👍

@Bioskill 3 жыл бұрын

ممنون از محبتتون

@mt-yh5rm Жыл бұрын

ممنونم خیلی مفید بود

@Bioskill Жыл бұрын

ممنونم 🙏

@miladpic3292 4 жыл бұрын

بسیار مفید بود

@Bioskill 4 жыл бұрын

تشکر 🙏

@atiyeemami3473 4 жыл бұрын

ممنون از اموزش خوبتون . منتظر ویدئو های بعدیتون هستیم

@Bioskill 4 жыл бұрын

ممنون از لطفتون. به زودی. پیشنهاد میکنم حتما ویدیوی اماده سازی لیگاند رو ببینین و خودتون رو برای ویدیوی بعدی اماده کنین 😉

@artaghva2245 4 жыл бұрын

بسیار عالی 🙏

@Bioskill 4 жыл бұрын

ممنونم

@zahraahmadi4161 4 жыл бұрын

خیلی عالی بود.

@Bioskill 4 жыл бұрын

ممنونم 🙏

@elahehtavili7964 3 жыл бұрын

عالی بود ممنون

@Bioskill 3 жыл бұрын

ممنون از لطفتون 🙏

@mahsamontazeri9698 3 жыл бұрын

خیلی عالی بود خیلی استفاده کردم ممنون🙋

@Bioskill 3 жыл бұрын

خواهش میکنم 🙏🙏🙏

@mahdiseif6242 4 жыл бұрын

چقدر خوب و زیبا مطالب رو توضیح دادین بسیار سپاسگذارم 🌹

@Bioskill 4 жыл бұрын

این لطف شماست. ممنونم 🙏

@bioland7755 4 жыл бұрын

خیلی ممنون استاد عالی مثل همیشه

@Bioskill 4 жыл бұрын

لطف شماست 🙏🙏🙏

@mahtabsalimi8138 4 жыл бұрын

ممنون واقعا خیلی عالی بود

@Bioskill 4 жыл бұрын

ممنونم 🙏

@alirajaeetabar4577 3 жыл бұрын

عالی👏🏻👏🏻

@Bioskill 3 жыл бұрын

تشکر

@azadehmazaheri6436 2 жыл бұрын

ممنون از ویدیو های خوب و کاربردی تون .من یک سوال دارم شما راجع به hybridization and probes ویدئو ندارید من نتونستم پیدا کنم ممنون میشم اگر راهنمایی کنید

@Bioskill 2 жыл бұрын

خواهش میکنم. قطعا ویدیو بسیار زیاده. فقط به انگلیسی هستن همه.

@amirrezalarki9 4 жыл бұрын

عالی

@Bioskill 4 жыл бұрын

ممنونم 🙏

@alirezavalizadeh9312 4 жыл бұрын

Thanks a lot, I wish the best for you

@Bioskill 4 жыл бұрын

Thanks a lot 🙏

@yasna190 Жыл бұрын

عالی 🙌

@Bioskill Жыл бұрын

تشکر🙏

@hasankarimi1276 3 жыл бұрын

ممنون از وقتی که میذارین آموزش لذت بخشی بود🙏🙏😘😘

@Bioskill 3 жыл бұрын

ممنون از همراهی شما

@ayubasgari3008 2 жыл бұрын

استاد عزیز لطفا توضیحی راجع به انواع ‍‍‍‍پیوند ها مثلا دی سولفیدی هیدروژنی کووالانسی واندروالسی و ... در پروتین و.. بدین ممنون از محتوی فوق العاده ای که ایجاد میکنین

@Bioskill 2 жыл бұрын

برای این موضوع یه سر کانال mcb_lodish بزنین حتما

@mcblodish 4 жыл бұрын

خیلی خیلی عالی بود. من واقعا لذت بردم. ممنون ازتون🌹

@Bioskill 4 жыл бұрын

لطف دارین

@mohammadgolpich3369 4 жыл бұрын

خیلی عالی بود. منتظر ویدیو های بعدی داکینگ هستم. خسته نباشید

@Bioskill 4 жыл бұрын

حتما. به زودی ایشالا

@mgh832 3 жыл бұрын

Perfect 👌

@Bioskill 3 жыл бұрын

Thanks

@masoumehghorbanian3575 3 жыл бұрын

عالی😊😀

@Bioskill 3 жыл бұрын

تشکر 🙏

@saraabbasi7609 4 жыл бұрын

👏🙏💜be successful and victorious

@Bioskill 4 жыл бұрын

🙏🙏🙏

@elhammirverdi226 4 жыл бұрын

بسیاااار عالی،محتوا که مثل همیشه فوق العاده ست و البته گرافیک و نحوه توضیح خیلی جذابه😃👌🏼🌷

@Bioskill 4 жыл бұрын

ممنونم 🙏

@Charleyandme 4 жыл бұрын

هوووورا 🤩🤩🤩👏🏻👏🏻👏🏻👏🏻

@Bioskill 4 жыл бұрын

😊🙌😊

@shervinmoradi6556 2 жыл бұрын

سلام ممنون از بیان خوبتون فقط اینکه فکر میکنم یذره آهنگ پس زمینه باعث حواس پرتی و گاهی نکرار زیادش باعث کلافه شدن میشه

@Bioskill 2 жыл бұрын

تشکر. سعی میکنم کمترش کنم

@arezoomotahari8375 4 жыл бұрын

Mamnoonm awli bood😍😍😍😍

@Bioskill 4 жыл бұрын

ممنونم. لطف دارین

@cryptomarketandswap2517 4 жыл бұрын

سلام دکتر عالی بود راستی از pymol هم میشه برای داکینگ استفاده کرد؟

@Bioskill 4 жыл бұрын

سلام. ممنونم. نه داکینگ به معنی واقعیش اما بعضی وقتا برای superimpose دوتا پروتئین که یکیش لیگاند داره و یکی دیگه نداره استفاده میشه و بعد میبینن شباهت بایندیگ سایت ها چقدره. اما جواب کلی همون خیر هست

@shamimganji8309 3 жыл бұрын

سلام با تشکر از آموزش های عالیتون یه سوال داشتم که برای طراحی دارو چه کامپیوتری لازم هست که نرم افزار های طراحی دارو ساپورت کنه؟چند هسته ای باشه ؟

@Bioskill 3 жыл бұрын

سلام. خواهش میکنم. ببینین در کل یه لب تاپ متوسط به بالا برای شما کافیه اما اگر بخوام دقیق تر بشم جزئیات بسیار بسیار زیاده. مثلا اینطور نیست که لزوما بگم 7 هسته ای بهتر از 3 هسته ای هست به سادگی. برای مثال سی پی یو های 7 هسته ای خودشون تا الان 11 نسل دارن. و همینطور 3 و 5 هسته ای. در نتیجه برای مثال 3 هسته ای نسل 11 بهتر از 7 هسته ای نسل 4 هست. و یا 8 گیگ رم دی دی ار 5 بهتر از 16 گیگ رم دی دی ار 3 هست و همین موارد در مورد کارت گرافیک هم وجود داره. پس بهتره کامل در این مورد تحقیق کنید و از افراد متخصص بپرسین. و اضافه کنم من فکر میکنم یه سی پی یو 7 هسته ای نسل 9 و 16 گیگ رم دی دی آر 3 و یا 4 و یک کارت گرافیک 4 گیگابایت برای شما تا مدت ها کافی خواهد بود.

@shamimganji8309 3 жыл бұрын

🙏🙏

@NasrinDara-o9p 8 ай бұрын

سلام ،برای مقاله م به داکینگ نیاز دارم لطفا چگونه میشه ارتباط با گروه علمی شما برقرار کرد؟ممنون

@Bioskill 8 ай бұрын

ما یه گروه داریم که بچه ها تجربه هاشون رو به اشتراک میزارن. به دایرکت اینستا پیغام بدین لینک رو براتون بفرستم

@muhammadshahab1421 3 жыл бұрын

thank you sir! sir how to visualize allosteric and active site if one pbd bind ligand at allosteric site and another bind small peptide to acitive site .

@maryamshahbazi152 Жыл бұрын

🙏🙏🙏

@Bioskill Жыл бұрын

🙏

@MashiDani 3 жыл бұрын

yani khode narm afzare docking miad MD simulation anjam mide baraye jostojuye conformation ha?!

@Bioskill 3 жыл бұрын

دوست عزیز کجای ویدیو رو میفرمایید؟

@MashiDani 3 жыл бұрын

un ghesmati ke search algoritm ha ro tozih dadin systemic va tasadofi va MD. in akhari ro khode narm afzar yani anjam mide baraye peyda kardane behtarin conformation? sorry keyboard man farsi nadare. Germany hastam.

@Bioskill 3 жыл бұрын

@@MashiDani به صورت خیلی کلی اگر بخوام بگم جواب بله هست. یعنی اینتراکشن ها با توجه به دینامیک مولکولی تعیین میشن. اما واقعا جوابش به این کوتاهی نیست. شاید در اینده یه ویدیو هم در این مورد درست کردم.

@azizehshadi7605 4 ай бұрын

❤❤❤❤❤❤❤❤❤

@Bioskill 2 ай бұрын

🙏🙏🙏

@alisalehi5567 4 жыл бұрын

سلام .میشه دررابطه با تکنیک های بیوفیزیکی مرتبط با بیولوژی ساختاری و استفاده از پایگاه داده های پروتئینی اموزش بذارید

@Bioskill 4 жыл бұрын

سلام دوست عزیز. بله. امکانش هست. اما نکته ای که این ویدیوها رو از اولویت خارج میکنه تقاضای دوستان هست. گرچه این مورد چون رشته خودمه علاقه دارم که زودتر ویدیوش رو بسازم اما خوب به دلیل اینکه بچه ها زیاد نمیتونن به صورت عملی استفاده کنن از این دست ویدیوها، استقبال کمه.

@alisalehi5567 4 жыл бұрын

@@Bioskill قطعا ویدیوهای شما آموزنده است ، حس خوبی که از یادگیری می گیریم به شما بر خواهد گشت ولی در صورت امکان مباحث فوق را هم آموزش دهید .با تشکر

@Bioskill 4 жыл бұрын

حتما. سعی میکنم اون رو هم شروع کنم

@roghayehijabi4707 Жыл бұрын

آفرین از استادم بهتر یاد دادید

@Bioskill Жыл бұрын

لطف دارین

@fatemehsabzian6732 4 жыл бұрын

👌🏻👌🏻👌🏻

@Bioskill 4 жыл бұрын

🙏🙏🙏

@MashiDani 3 жыл бұрын

docking peptide peptide nadarim?

@Bioskill 3 жыл бұрын

چرا دو تا پپتید باید با هم اینتراکشن داشته باشن؟ مورد خاصی مد نظرتونه؟ دوست گرامی ما یه گروه داریم به اسم Bioskillshare. اونجا هم من و هم باقی دوستان به سوالات جواب میدیم. اگر تمایل داشتین عضو بشین.

@MashiDani 3 жыл бұрын

@@Bioskill mamnonam goruh dar telegram hast?

@Bioskill 3 жыл бұрын

@@MashiDani بله. وارد کانال بشین لینک گروه همونجا هست

@marziyehhosseini5615 2 жыл бұрын

سلام، وقت شما بخیر. من یه سوال دارم ممنون میشم راهنمایی کنید. من با نرم افزار PyRx داکینگ گذاشتم و مقدار binding affinity رو به دست آوردم. اما وقتی فایلم رو در سرور ligand protein interaction فراخوانی میکنم، پیغام no interaction میده. میشه بفرمایید مشکل از کجاست؟ ممنون

@Bioskill 2 жыл бұрын

لینک گروه رو توی اینستا فرستادم خدمتتون

@MashiDani 3 жыл бұрын

would you please teach MOE?

@Bioskill 3 жыл бұрын

There are lots of software that can do analysis as same as Molecular Operating Environment. But the priority (at least for this channel) is to teach students to use those results for writing a paper. So, it can happen but not in close future :-)

@MashiDani 3 жыл бұрын

@@Bioskill It is not good for publishing paper? or just because it is not free you mean

@Bioskill 3 жыл бұрын

@@MashiDani I mean does not matter which software do you use to analyse and get data. I is important to know how to use the data for writing a paper...

@raminavossoughi4013 2 жыл бұрын

سلام وقت بخیر.من داکینگ آنتی بادی آنتی ژن میخوام انجام بدم؟ و مشخص شدن پپتید هایی که وارد داکینگ میشن برام مهم هست ....با الفافولد فولیدبنگ کردم و ریفاین هم کردم.با سرور hooddock هم داکینگ کردم.....میخوام مطمئن شم که داکم درست هست میخوام با نرم افزار هم داکینگ کنم که بعد ببینم آنالیز که با لیگ پلات میکنم ایاد اسبد امینه یکی میشه یا نه.....الان نمیدونم با کدوم نرم افزار داکینگ رو انجام بدم

@Bioskill 2 жыл бұрын

سلام و وقت بخیر. چندتا نکته: اولین اینکه هیچ دلیلی نیست که نتایج نرم افزار بخواد بهتر از سرور عمل کنه که شما میخوایین نتایج سرور رو با نرم افزار تایید کنید. دوم اینکه داکینگ پروتیین:پروتیین بسته به ساختارهایی که استفاده می کنین میتونه سنگین باشه و باید سیستم مناسبی داشته باشین که ساپورت کنه کار رو. من از چند باری از نرم افزار HEX استفاده کردم گرچه سرورش هم وجود داره. و من همیشه استفاده از سرور رو ترجیح میدم البته. میتونین نتایجتون رو با سرورهای دیگه هم چک کنین مثل: CABS-dock PatchDock و البته کلی سرور دیگه هم هست. یادتون باشه که سرورهای مختلف ممکنه از الگوریتم های کمی متفاوت استفاده کنن و مقداری تفاوت در نتایج میتونه قابل انتظار باشه.