MEGAを使って配列アラインメントおよび系統解析をする

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スライドショーでは、DNAでアラインメント->開始コドン検索->開始コドン以前の部分を削除->アミノ酸に翻訳->ギャップやストップコドンを含んだままのアミノ酸をアラインメント、という流れになっていますが、この手順でいくなら開始コドンで揃えたあと塩基配列のギャップを除いてからアミノ酸に翻訳してアラインメントするか、DNAアラインメントする前の段階で開始コドンで揃える->アミノ酸に翻訳->アミノ酸でアラインメント->DNAに戻す、方がよいのでは。