A história da Igreja de São Francisco de Assis remonta a 8 de março de 1749, quando foi fundada a Venerável Ordem Terceira de São Francisco de Assis, ou ainda Venerável Ordem Terceira da Penitência de São Francisco de Assis. A ordem foi canonicamente ereta pelo então Bispo de Mariana Dom Frei Manoel da Cruz. A Ordem ergueu uma capela para seu culto, mas com o tempo ela se deteriorou. Em 1772 foi decidida a construção de uma igreja nova e maior. Os preparativos iniciaram imediatamente. O Aleijadinho foi contratado para elaborar o projeto da estrutura e da decoração, e em 1774 Francisco de Lima Cerqueira foi encarregado de iniciar os trabalhos de alvenaria, mas ele introduziu modificações nas torres, nas pilastras do arco do cruzeiro, nos óculos da nave e na disposição da sacristia. Em 1781 a capela-mor estava essencialmente pronta, tendo contado com a colaboração do mestre Francisco de Lima e Silva. O altar-mor foi construído a partir de um projeto de Aleijadinho, modificado por Cerqueira e executado por Luís Pinheiro de Souza. Cerqueira responsabilizou-se também pela execução de quase todas as esculturas e obras de talha, mas os dois altares do arco cruzeiro são considerados fruto direto do Aleijadinho. Até 1804 haviam sido terminados a nave e os demais trabalhos no corpo da igreja. Em 1809 Aniceto de Souza Lopes concluiu as torres e o coro, além de executar, segundo o IPHAN, os relevos do frontão e do frontispício da portada. Alguns estudiosos pensam, porém, que os relevos da portada são realização pessoal de Aleijadinho. Ao contrário da capela-mor, os altares da nave aparentemente nunca foram dourados, e em algum momento foram pintados de branco. O forro da nave também não foi decorado, e só apresenta um medalhão central em relevo de onde pende uma luminária. No início do século XX a igreja passou por várias obras de restauro, realizadas pelo Serviço do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (SPHAN, atual IPHAN), incluindo a recuperação do coro e do trono do altar-mor. Em 1954 foi instalada iluminação elétrica, em 1956 a escadaria de acesso foi estabilizada e em 1959 o altar foi outra vez restaurado. Mais tarde foi removida a tinta branca que recobria os altares da nave, considerada um acréscimo tardio, deixando-os com a madeira aparente. Fonte: Wikipédia