MOE, (3) Docking, Karmalawy

[@ouidedbenslama783]

بارك الله فيك و يعطيك الصحة على المعلومات القيمىة ربي يجعلها صدقة جارية ليك في ميزان حسناتك. تحيية ليك من الجزائر

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

أعزك الله بالتوفيق إن شاء الله تعالى 💞💐

[@dr.waleedkhaled5268]

@@medicinalchemistrywithkarm5852السلام عليكم ممكن رقم الخاص فيك أستاذ

[@ridhaabusaad2094]

جزاك الله خيرا ونفع بك، اللهم اجعل هذا العمل في ميزان حسناته، أخوك رضا من الجزائر

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

وإياكم اللهم آمين.. جزاكم الله خيرا 💌

[@nadareda2031]

جزاك الله خيرا وجعله في ميزان حسناتك ونفع بك

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

تسلمي يا رب 🌸

[@mohamedmouadhmessaoui2555]

تحفة ما شاء الله، بارك الله فيك أستاذ

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

ربنا يبارك فيك

[@abdelmounaimsafer1540]

الله يجازيك في الدنيا و الأخرة

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

ربنا يعزك ❤️

[@ومضاتمضيئة-م8ك]

جزاك الله الفردوس و نفع بك و زادك علما على هذا الشرح المفصل الوافي

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

وإياكم 🌷🌸

[@almche8978]

بارك الله فيك دكتور ممكن تشرح برنامج كاميرا او الاوتودوك فينا

[@choooo448]

مشكور جزاك الله خيراااا كثيرا

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

وإياكم أن شاء الله 💐

[@imanelseody876]

الف شكر لحضرتك د. كنت بستاذن حضرتك على برامج تسهل علينا نجيب الcompound analogue ل standard drug و نعرف ال specific target protein بتاعه؟؟؟؟؟

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

دي برامج كثيرة لا target.. ولكن analogous ممكن تتعرف من MOE

[@rafeefamir5811]

السلام عليكم يا دكتور تسلم ايدك والله يجعله في ميزان حسناتك ...محتاجين تعمل فيديو عن DNA DOCKING

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

شكرا جزيلا.. هيكون بنفس الطريقة دي

[@almche8978]

شكرا مرة ثانية دكتور. في الدقيقة ٦ تكلمت لو عندي اكثر من ليجاند ...فكيف نعمل لهم الدوكينج مرة واحده وكيفية حساب الاسكور الخ...

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

Through a database. Complete the video to the end.

[@almche8978]

@@medicinalchemistrywithkarm5852 تمام شكرا لحضرتك

[@radwanalnajjar9374]

RMSD تستفيد منها في حالة تقارن بين اللجيند الي تحصلت عليه من الكريستال واللينجد الحالي في حالة تستخدم في لينجد مختلف يهمل الرقم لان عدد ونوع الذرات يختلف

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

ابعتلى حضرتك الدليل على كلامك؟؟!

[@radwanalnajjar9374]

@@medicinalchemistrywithkarm5852 تفضل www.researchgate.net/post/What_is_the_importance_of_the_RMSD_value_in_molecular_docking#:~:text=RMSD%20has%20often%20been%20used,computational%20method%2C%20such%20as%20docking.

[@dr.waleedkhaled5268]

السلام عليكم دكتور شكرا جزيلا على الشرح في طريقه للتواصل مع حضرتك

[@almche8978]

شكرا دكتور ممكن رابط البرنامج ربنا يرضى عليك

[@farzadmolani7435]

Thanks for the wonderful video. I've done docking for a series of GPCR with their native ligands using MOE. Unfortunately, the obtained affinity and rmsd aee not reproducible. I did as below: First I downloaded a pdb file. Removed all unwanted compounds and water molecules. In presence of the native ligand I did a quickprep. Finally docking (by default parameters). Could you please help me with my problem? By the way I saw in some video, some people do minimization before quickprep. Do you suggest it?

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

No, it is better to follow the default procedure. Try to change the PDB code and carry out a normal general docking.

[@filopateernasser7809]

ممكن يا دكتور تعمل فيديوهات تعليم الprotein protein docking

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

ان شاء الله عن قريب 🌷

[@academicstudent2481]

@@medicinalchemistrywithkarm5852 ياريت دكتورنا العزيز تشرح هذا الجزء كما تفضل بالاخ بالتغليق السابق

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

ان شاء الله تعالى

[@almche8978]

استفسار اخر في دا البرنامج ليه مانستخدم (باي مول)مثل برنامج الاوتودوك فينا وشكرا

[@mayarmohamed9848]

دكتور السلام عليكم ورحمة الله تعالي وبركاته ,أنا طالبة في رابعة صيدلة , كنت بدأت أتعلم استخدام MOE ,وبعد بحث كثير الحمد لله استفدت من حضرتك من الشرح المنظم والتفصيلي وفلو ممكن حضرتك تكمل شرح باقي البرنامج؟ ولو ممكن أيضا تعمل حضرتك كورس لشرح ل drug design علي اليوتيوب مفصل لجميع الطلاب؟

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

بالتوفيق ان شاء الله.. قريباً شرح لل drug design بعون الله 🌷

[@بلالجاسر-ج9ذ]

لطيف جداً سلمت الأيادي دكتور ممكن تساعدني في MD SIMULATION في MOE

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

ممكن تبعتلى التفاصيل على Facebook account 🌻🌸

[@aymanhyder4252]

دكتور دروس رائعة وشرح جميل ماشاء الله ...... كيف اقارن بين المركب والليجاند الأصلي ايهما هيربط اكتر وايهما اثبت في الربط بالبروتين .... علما بأنهما يتشابهان كما شرحت فى الربط بنفس الاحماض الأمينية؟

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

Using score value for each and the number of interactions in binding mode

[@ibrahimmayman7814]

شكرا دكتور بارك الله فيكشكرا دكتور بارك الله فيك عندي بعض الاستفسارات على اي اساس في دي البيبر على سبيل المثال فقط تم اختيار البروتين 2VF5 دون غيره من موقع بروتين داتا بنك والتعامل مع دي الانواع من البكتيريا In this work, Escherichia coli, Bacillus subtilis, Salmonella typhimorium, Clostridium profingens and Pseudomonas aeruginosa والبروتين الي اخذوه هو الشيئ الثاني: عاوز اعرف منكم مشكورا على اي اساس يتم التعامل مع جريد بوكس وتحديد القيم دون غيرها يعني ليه ماناخذ اكبر او اصغر من دي القيم The grid box size was set at 70, 64, and 56 Å for x, y and z respectively, and the grid center was set to 30.59, 15.822 and −3.497 for x, y and z respectively, which covered all the 12 amino acid residues in the considered active pocket. والبيبر دي على سبيل المثال لاني اقرا بيبرات بس مااعرف بالضبط جواب للاسئلة السابقة والبيبر دي متاحه مجانا وعنوانها Molecular docking studies of some new imidazole derivatives for antimicrobial properties وشكرا لحضرتك وبارك الله فيك لان الكثير يشرح ده ع اليوتيوب طبعا اجانب بس مانعرف اجابة الاسئلة وخاصة التحكم واختيار المحاور اكس واي زد

[@almche8978]

شكرا دكتور سؤال اخير لو معنا مركبات كليجاندات كثيرة ازاي نعمل الدوكينج لدول؟

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

Through a single database.

[@almche8978]

@@medicinalchemistrywithkarm5852 شكرا دكتور ممكن رابط تحميل البرنامج

[@almche8978]

دكتور بعد اذن حضرتك ممكن رابط تحميل البرنامج مباشرة

[@magicdiamond8767]

هل ممكن العمل على ميتالوانزيم وحذف الميتال من الانزيم عند تنظيفه في هذا البرنامج ام كيف اتعامل معه؟

[@emanwarda7545]

اولا احب اشكر حضرتك ع العلم بجد الغزير الل بتعطيه لينا الله يزيدك علم ع علم ثانيا احب اسال بس حضرتك عملت docking ع نفس الpocket بتاع sorafenib ازااى حضرتك عرفت الpocket هل من خلال الamino acid الل مرتبطه بالمركب ولا من خلال التجربه من site finder

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

بالتجربة من site finder

[@MrXmen0005]

السلام عليكم من فضل حضرتك هل فى اختلاف لو بعمل docking ل metal complex وايه هو؟؟ وجزاكم الله عنا خيرا

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

The complex is not allowed through the MOE alone.

[@islamsameh2722]

السلام عليكم يا دكتور كنت عايز أسأل لو ال RECEPTOR اللى نزلته من ال PROTEIN DATA BANK مكانش موجود فيه LIGAND وكنت عايز أحدد ال POCKET اللى هأعمل فيه DOCKING بال DRUG بتاعى أعمل ايه؟

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

Use the site finder technique

[@islamsameh2722]

@@medicinalchemistrywithkarm5852 شكرا لحضرتك 🌹 طب كان فيه سؤال كمان بعد إذن حضرتك لو البروتين اللى أنا نزلته من ال protein data bank مكون من 3 chains وموجود فيه 3 ligands زى بعض و كل ligand فيهم رابط فى chain لما آجى أحدد بقى المكان اللى هأعمل فيه docking أختار أى site بالظبط؟

[@ElhamAhmed-mj5hy]

السلام عليكم ورحمة الله وبركاته، دكتور ممكن اللينك بتاع تطبيق الدوكينج لانى مش قادرة اوصله

[@زيدالجبوري-ب2ل]

جزاك الله خير.. ماهي مواصفات الحاسوب لكي يشغل البرنامج

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

جزانا وإياكم.. إمكانيات متوسطة.. البرنامج خفيف في شغله ومساحته

[@nouralmassri5396]

دكتور كيف نقدر نحدد key residue الضرورية لارتباط الجزيئة مع الreceptor؟؟؟

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

Based on the interactions of the co-crystallized native inhibitor

[@chemistk2512]

د.24. دكتور كيف اعرف الاماينو اسيد الاساسيين ..من الاماينو اسيد الغير اساسيين في الارتباطط

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

من paper

[@rahulrathore1368]

Sir what is the importance of E_conf & E_Space, in docking result.....??

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

These are different types of energy scores for compounds at different stages.

[@asmaahamouda839]

دكتور ممكن تشرح ligand based pharmacophore om moe 🥺🥺

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

أن شاء الله قريبا

[@asmaahamouda839]

مشروع التخرج بتاعي معتمده على حضرتك 🥺

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

صعب الفترة دى.. بالتوفيق

[@mayarmohamed9848]

دكتور لو سمحت وأنا بعمل docking on ligand pocket المفصول من site finder كيف أخفي الكرات الظاهرة مع ligand التي ظهرت عندما عملت dummies لانها تؤثر في رؤيتي للتفاعل بداخل pocket وحركة المركبات اثناء عملية docking؟

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

After docking, it can be removed.

[@almche8978]

شكرا دكتور .عاوز اعرف من فين تقصد اعرف رقم او الاي دي بتاع الحمض الاميني.... والاستفسار الثاني كما تكرمت في الدقيقة ٢٢ قلت انه معنا حمضين امينيين اساساسين كيف نعرف انهم هم الاساساسيين وشكرا

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

From the interactions of the cocrystallized ligand.

[@mayarmohamed9848]

دكتور لو سمحت هو الان وانا بعمل docking ظهر لي ان pose 3 افضل من 2 لانه مع التفاعل الاساسي عمل تفاعل اضافي فاختار علي اساس الاقل طاقة ام لو فرق الطاقة ليس كبير اختار علي اساس binding؟

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

الاختيار الاخير

[@filopateernasser7809]

لو سمحت يا دكتور ايه هي ال unit بتاعت الscore .... و هل الscore دا ال binding affinity ?

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

Kcal/mol Yes

[@filopateernasser7809]

عندي سؤال يا دكتور لو نتيجة الدوكينج طلعت فيها الRMSD ٢ و كسور و طلع POse واحد بس فيهم 1.2 هل ينفع اخد الpose دا ولا مش هينفع عشان الباقي مش كويسين

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

ينفع أكيد حبيبى

[@mohammedmerzouki5542]

سلام من فضلك كيف يتم تحديد الطاقة S للأريجينال ligand في MOE. شكرا جزيلا

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

من جدول docking

[@misbahnaseem1790]

hey! I made a complex molecule of Berbamine attached with an aptamer. Now I want to do docking of this complex molecule and simple berbamine with c-ABL protein. When I make a database of this complex molecule it separates the complex molecule (show Berbamine and aptamer separately in database). how to make the database for that complex molecule in MOE please let me know.

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

The complex is not allowed through the MOE alone

[@filopateernasser7809]

what is the unit of score? does the score mean or equal binding affinity ?

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

kcal/mol

[@fairyvlog9509]

Please add subtitle in English language, looks so informative , kindly upload a video how to incorporate surfaces to 3d structure for publication purpose

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

Ok. Best wishes.

[@almche8978]

@@medicinalchemistrywithkarm5852 بارك الله فيك ممكن رابط تحميل البرنامج

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

@@almche8978 للأسف غير متاح

[@mostafasayed1277]

السلام عليكم دكتور أحمد كنت حابب استفسر عن حاجه بخصوص ال docking هل ال docking score بيختلف ما بين moe وال autodock لو اشتغلت ع نفس ال ligand وال target protein ؟ لو ال co-crystalized poly Cyclic وليه docking score -9 وال ligand اللي معايا فيه 3 cycle only وليه docking score -6.5 واقل وليهم نفس ال binding مع نفس ال amino acids residues هل ال results دي مقبوله ؟

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

اكيد هيختلف لأن البرنامج مختلف

[@shaymaagamal5614]

دكتور حضرتك قلتلنا ان ممكن نعمل docking في اكتر من pocket في ال protein في الحالة دي هستخدم result بتاعت ايه منهم واختار بناءا علي ايه خاصة لو عايزة اعمل pharmacophore وانا ممكن اكون مش عارفة ايه ال active sites المظبوط وشكرا جدا علي المعلومات القيمة واتمني حضرتك تكمل وتعملنا محاضرات اكتر في مواضيع اكتر فس ال drug design

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

حسب الهدف من docking بنختار pocket

[@amelindarama9721]

Sir what is the docking score range that good for inhibitor ?

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

It is according to the docked co-crystallized inhibitor score, and not a specific range

[@amelindarama9721]

Thank you so much sir 🙏

[@alchemista947]

شكرا استاذ كيف نتواصل معك لو سمحت

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

Facebook account facebook.com/profile.php?id=100014235852624

[@academicstudent2481]

شكرا دكتور بارك الله فيك ، عندي سؤال محيرنا مثلا نجد شخص حضر في المعمل سلسلة مركبات من مستبدلات الاندول ولو عاوز حضرتك ارسل لك مثال من جورنال بابعث لك الاسم ، حيث في البيبر قالوامثلا ان بعض دي المركبات لها فاعلية تجاة بعض انواع من البكتيريا وذكروا بعضها وكمان بعض المركبات لها فاعليه تجاة الفطريات وذكروا بعض انواع الفطريات طبعا وبعض المركبات ضعيفة او عديمة الفاعلية ، فسؤالي هنا كيف قدروا يختاروا هذه السلالات او الانواع من البكتيريا او الفطريات والسؤال الاهم اللي عاوز حضرتك مشكورا توضح لي الما المركبات اللي عملناها وحضرناها فب المعمل ديده كيف قدروا يختاروا البوتين المناسب من بروتين داتا بنك وبعدها تم الدوكينج ، شكرا ليك وشهرمبارك ع الجميع

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

دي أسئلة كتير.. ممكن أوضحهالك ماسنجر إن شاء الله

[@mahmoudel-nouby7402]

سؤال مهم جدا أرجو الاجابه ... لو انا بحاول اعمل Docking على chiral separation فى chromatographic stationary phase as a receptor not protein انا مشيت مع التلت فيديوهات خطوه خطوه ولكن فى النهايه هو اعتبر stationary phase كمان ligand هل من الممكن حلل لهذه المشكله نفع الله بك

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

Contact me on Facebook

[@mahmoudel-nouby7402]

I was contacted you last Friday, but maybe you didn't see the message on messenger @@medicinalchemistrywithkarm5852

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

Ok, I will check.

[@borhanmohamed626]

معلش يا دكتور عندي سؤالين

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

ابعت إللي تحبه على Facebook

[@MinaMina-eq3rv]

ازاي انزل البرنامج ببلاش

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

أتواصل معايا خاص

[@rahulrathore1368]

Sir please dubbed copy in english also....

[@habibanaqash9749]

Kindly bahi translate into urdu....i need now plxxx.

[@BabyDoll-rp4jr]

Kindly, we couldn't understand.. English or Urdu just understood

[@medicinalchemistrywithkarm5852]

Ok, I will upload one in English shortly 🌸

[@BabyDoll-rp4jr]

@@medicinalchemistrywithkarm5852 I need urgently..... In two days.. if possible for you