¡ Nunca fue tan fácil !: AlphaFold2 + Dinámica Molecular en GoogleColab

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PiscoScience

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Күн бұрын

Пікірлер: 12
@piscoscience
@piscoscience Жыл бұрын
Disculpen que el audio me quedó muy bajo 🥲
@SunGuardians
@SunGuardians Жыл бұрын
Justo lo que necesitaba !!!!. Soy peruano y participo en la competencia de biología sintética IGEM Design League 2023, ya tenía cubierto el docking y la predicción de proteína pero me faltaba la dinámica molecular, muchas gracias por subir estos videos
@piscoscience
@piscoscience Жыл бұрын
Que chevere que les sirva! Mucha suerte en la competencia y dejen el nombre de Perú en alto 🎉. Hay una versión específica para dinámica molecular proteína - ligando. Pronto tendremos el video también.
@JoakoGonzalez-w3o
@JoakoGonzalez-w3o 6 ай бұрын
Hola como podria agregar por ejemplo sacarosa a mi dinámica usando colab?
@juliangrandvallet5359
@juliangrandvallet5359 Жыл бұрын
Muchas gracias por compartir esto!!!
@jj1064
@jj1064 6 ай бұрын
Sacaron el colab? ya no funciona?
@HRRYNZNS
@HRRYNZNS Жыл бұрын
necesito hacer una dinámica de un complejo ligando receptor en google colab, no importa si es amber , gormacs o namd, sabrás si hya un link de ese colab?
@piscoscience
@piscoscience Жыл бұрын
Hola, disculpa porque aún no pude actualizar el canal. Te dejo el link: colab.research.google.com/github/pablo-arantes/making-it-rain/blob/main/Protein_ligand.ipynb#scrollTo=oZReYQjmBLbG
@HRRYNZNS
@HRRYNZNS Жыл бұрын
@@piscoscience muchas gracias, me sirvió mucho ... cómo puedo yo encontrar esos colab?
@dianaramirez4994
@dianaramirez4994 Жыл бұрын
Hola, disculpa sabes por que cuadno corro proteínas algunas no me deja descargarlas? tiene alguna limitarte? Me hace toda la predicción pero al momento de descargar se tarda un buen hasta que se desconecta y no me deja descargarla.
@HRRYNZNS
@HRRYNZNS Жыл бұрын
Espero te encuentres increíble... Estuve corriendo un colab para dinámica molecular proteins ligando pero no muestra el RMSD entre la proteína y el ligando... Sabes algo para eso? Saludos
@piscoscience
@piscoscience Жыл бұрын
Hola, muchas gracias. En el colab proteína-ligando solo tendrás el rmsd de la proteína y el análisis de afinidad. La opción que tendrías seria bajarte lo datos y hacer el análisis en tu pc con algún programa como amber o gromacs
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