NCBI Datasetsを使ってゲノムデータを検索、閲覧、取得する

doi.org/10.7875/togotv.2024.029
NCBI Datasets はNCBIが提供・維持管理しているゲノムデータに関するデータベースです。ゲノムデータの検索、閲覧、取得をワンストップで行うことができます。また、ゲノムデータに付随するアノテーション情報へのアクセスも容易で、配列データを用いて直接BLAST検索することもできます。今回は、Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)のゲノム情報を検索することを例に、NCBI Datasetsの基本的な使い方について紹介します。
0:00 NCBI Datasetsを使ってゲノムデータを検索、閲覧、取得する
00:35 1. NCBI Datasetsの概要
00:52 2. 「Arabidopsis thaliana」を検索
01:26 3. Browse taxonomyから生物学的分類を確認
01:52 4. シロイヌナズナのゲノムデータの閲覧
01:59 5. リファレンスゲノムTAIR10.1
02:28 6. リファレンスゲノムのダウンロード
05:24 7. フィルター検索の使い方
06:20 8. リファレンスゲノム以外のデータを閲覧
07:59 9. View annotated genesからアノテーションされた遺伝子を確認
08:20 10. 遺伝子塩基配列をダウンロード
09:34 11. 配列類似性検索
10:49 12. Annotation reportを確認
#togotv#DBCLS#bioinformatics