【陈巍学基因】视频56：10X genomics分析单细胞表达

[@mightbin]

陈老师讲解言简意赅，深入浅出！谢谢

[@wangtimothy8381]

陈老师，UMI的意思是（Unique molecular identifier）

[@JH-mz4uz]

非常受益，感谢

[@KittiesForLife]

感谢您的讲解

[@pinghe9532]

您好，这里read1 代表什么意思？谢谢

[@zhaoningwang4169]

谢谢您的讲解！我一直没有想明白的问题是如何控制细胞在GEM中裂解。请问您可以展开讲讲吗？

[@davidchen4753]

在10X Genomics公司的“Chromium Next GEM Single Cell 3' HT Reagent Kits v3.1”这个版本的试剂中，GEM（Gel Bead-in-Emulsion）与酶的混合物是放在53°C，放45分钟。 53°C是一个较高的温度，这会把细胞烫破掉。 同时，反应中用的酶都是基因工程改造过的，是能一定的耐热能力，可以在53°C下长时间保持活性，可以合成出带标签序列的cDNA链。

[@zhaoningwang4169]

@@davidchen4753 谢谢您的回复，陈老师！同样是10xGenomics的Multiome平台里，当细胞核被包到GEM里以后，进行的是一个37C/45min + 25C/30min的孵育，是否意味着在Multiome平台中不需要将细胞核裂解也可以对核内的mRNA进行逆转录呢？

[@davidchen4753]

我又咨询了我的做10X单细胞测序实验的同事。他告诉我，在GEM中破细胞膜，应该是用了一个弱的表面活性剂，这个表面活性剂，加上53°C加热的作用，破掉细胞膜。但这个表面活性剂是什么，10X公司没公布。 另外，后面破掉油包水乳浊液的，是用DTT（二硫苏糖醇，Dithiothreitol），这一步用DTT，这点是10X公司公开的。

[@zhaoningwang4169]

@@davidchen4753 Thank you!

[@jasonbarker1796]

期待早日发布10x genomics染色体单倍体长片断组装的专题视频

[@wayshawn3775]

感谢您的解释

[@hinslai7033]

research gate said 10X recently release 5' barcoding, what is the difference of only 3' barcoding and combine barcoding

[@ryanlin988]

说一说chromium x吗？谢谢

[@davidchen4753]

1、 Chromium X将可以承载新的应用，例如：Fix应用，也就是用多聚甲醛固定细胞后，做单细胞分析的应用 2、 通量更高 a) 原来的Chromium Controller是一个孔可以分离最多1万个细胞，现在Chromium X的一个孔可以分离最多2万个细胞 b) 原来的Chromium Controller是一次可以处理8个孔的样本，现在Chromium X的一个孔可以处理16个孔的样本 3、 新的Chromium X的内部流程控制进一步加强，可以保证实验结果更加稳定 4、 新的Chromium X的芯片载台加上了25℃的恒温控温功能，这提升了细胞的活率。原来的Chromium Controller没有这个控温功能，细胞的活率不及新的Chromium X的细胞活率高 5、 未来(从2022年开始)，10X公司开发新的试剂，都将会是基于这个新的Chromium X平台了