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Una vez inyectado en la cámara de volatilización el alcano pasa a la cámara de ionización donde pierde un electrón por impacto con el haz de electrones de 70 eV. Los platos aceleradores aceleran los cationes-radicales pasando al analizador que consta de un sector magnético.
Un barrido en el campo magnético permite separar los diferentes fragmentos formados según su relación masa carga.
Los espectros de masas de los alcanos presentan una serie de picos intensa que corresponde con cationes de fórmula CnH2n+1 y dos series de picos de menor intensidad con cationes CnH2n y CnH2n-1