Método Illumina de secuenciación masiva de DNA

Esta aproximación de “next generation sequencing” es una de las indispensables en la era postgenómica
Para saber más:
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www.nature.com...
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[@maxfarmacox]

La mejor explicación que vi hasta ahora

[@melquicedecescalantevargas7126]

¡Excelente ilustración y explicación! Gracias.

[@lizromero1403]

Muy bien explicado, muchas gracias! 💗

[@joazul2302]

Mejor explicado o mejor explicado!! muchas gracias!!

[@Andrea-sh9sn]

Muchas gracias por la explicación.

[@robertocampos6291]

Excelente explicación. Nuevo sub

[@Eugenia01234Cdmx]

Súper claro!!!

[@silviatamborerocapilla5663]

Muchas gracias, muy claro todo!!

[@RebecaManrique-nl4nz]

Excente video!

[@elianapd2980]

Que buena explicación, felicitaciones.

[@yoonoh4641]

muy buena explicacion!! :D

[@JordyRamiroGaonaJimenez]

Buen video, un poco lento pero la explicación es buena

[@KarlaGarcia-jz8hn]

Me ayudo mucho, gracias.

[@topicosnucleicos4499]

Con mucho gusto

[@marcosacosta5138]

Gracias! Buen video

[@andresfelipetabaresgerena9621]

graciassssssss

[@hominidomutante7672]

buen vídeo le agradezco

[@facundomuniz8665]

Gracias por la explicación. Una duda: ¿cómo logran que solo un fragmento se una por cada nano well?

[@topicosnucleicos4499]

Que buena pregunta. No sé la respuesta. Supongo que por el espacio tan limitado solo puede hibridar una cadena antes del "bridge amplification"

[@matsen5]

Buen video, podrias explicarme cual seria la diferencia entre esta secuenciacion y la de sanger?

[@topicosnucleicos4499]

Hola. La diferencia principal es la cantidad de DNA que puedes secuenciar con una reacción Illumina (millones de pb), a diferencia de la Sanger que cada secuenciación te resulta en 800 pn cuando mucho kzbin.info/www/bejne/ap3bqZuJgMx9iqs

[@crisalida9810]

También que puedes secuenciar ADN de diferentes organismos al mismo tiempo (tanto a nivel de gen como genoma completo). Mientras que en sanger se necesita que los fragmentos de ADN sean identicos.

[@Andrea-sh9sn]

¿Por qué los fragmentos tienen que ser menores a 600 pb?

[@Andrea-sh9sn]

¿qué son los adaptadores, para qué sirven, etc? Los índices son los identificadores, pero , para qué son los adaptadores?

[@topicosnucleicos4499]

Hola, los adaptadores están pegados en el DNA que se quiere secuenciar, y por lo tanto permiten que los fragmentos se copien durante el "bridge amplification" (ya que tenemos la secuencua complementaria "impresa" en la celda), además son punto de partida para la secuenciación.

[@Andrea-sh9sn]

@@topicosnucleicos4499 ¿Pero cómo se pegan los adaptadores a nuestro DNA molde? Se supone que uno agrega los adaptadores que supongo que son primers y son complementarios a los oligos que están pegados en la flow cell? O los oligos que están pegados a la flow cell á qué son complementarios, porque se supone qué hay una hibridacion especifica.

[@topicosnucleicos4499]

@@Andrea-sh9sn Los adaptadores los pegas una vez que tienes el DNA que quieres secuenciar. Es una reacción de ligación normal para formar un enlace fosfodiester. Hay kits provistos con la enzima para este fin

[@Andrea-sh9sn]

@@topicosnucleicos4499 ok, perfecto. Entonces los adaptadores son secuencias de ADN que ligas a el DNA que se quiere secuenciar? Esos adaptadores son complementarios a los oligos que están en la celda, supongo. Y los índices que sirven de identificador, también amplifican en las reacciones de PCR?

[@isaiasmejialimones126]

Muchas gracias por la información, qué programa se podría usar en la bioinformática para ensamblar una NGS por Ilumina?

[@topicosnucleicos4499]

Hola, para ensamblar datos de Illumina se puede usar SPAdes (o al menos es el que usamos en un proyecto en el que estoy) también he visto Soapdenovo v2.04

[@isaiasmejialimones126]

Muchas gracias

[@Andrea-sh9sn]

Hola. ¿Cómo saber que se pegaron los adaptadores?

[@omarrafaelgl5204]

Porque y como se elimina la primera hebra sintetizada para formar otra? 9:11

[@topicosnucleicos4499]

Hola, se elimina para que no interfiera con la secuenciación de la 2a hebra, la compañía illumina vende los kits (soluciones) para cada etapa del proceso, una de las soluciones se emplea para cortar y lavar esa hebra, la composición de esas soluciones está patentada, creo que es una enzima de restricción, que luego se va con el lavado fácilmente y sin problemas porque la 2a hebra está unida a la flow cell.