The Cancer Genome Atlas (TCGA) を使って各癌種の公開データを解析する

doi.org/10.7875/togotv.2024.030
The Cancer Genome Atlas (TCGA)は、National Cancer Institute (NCI)(米国国立がん研究所) と National Human Genome Research Institute (NHGRI)(米国国立ヒトゲノム研究所)によるプロジェクトで、さまざまな組織におけるがんのゲノムやエピゲノム、トランスクリプトーム、バリアント情報などのデータを集約し、公開しています。
TCGAのデータにアクセスするためのGDC (Genomic Data Commons) Data portalは2024年2月に大規模更新され、この最新バージョンでは、「コホート(対象集団)中心」のワークフローが採用され、ユーザーが独自のケースセットを構築して分析を行うことができます。また、新しい分析ツールも導入されています。
0:00 The Cancer Genome Altas(TCGA)を使って各癌種の公開データを解析する
0:10 1.TCGAの解析ツールの紹介
1:46 2.コホートを作成する
4:32 3.“Clinical Data Analysis”を使用する
5:02 4.“Cohort Comparison”を使用する
5:58 5.“Set Operations”を使用する
#togotv#DBCLS#bioinformatics