Константин Северинов. Введение в молекулярную биологию: О белках (Squirrell Institute форева)

[@Мира-ш8ш]

00:00 Начало 00:21 Вступление. Орг вопросы 02:34 Контроль ошибок в процессе создания ДНК и РНК 05:32 Проблема репликации концов ДНК 08:09 Почему промоторы становятся разной силы 11:44 Гены у эукариот 12:57 Копирование цепи молекул ДНК 15:48 Что определяет, с какой цепи будет сделана транскрипция? 16:25 Хромосомный набор определяет, на какого родителя будет похож ребёнок? 17:25 Все белки в клетке производятся на основании ДНК? 18:08 Начало лекции 18:53 Функции белков 21:36 План лекции 23:11 Аминокислоты: свойства, функции и хиральность 29:49 Классификация аминокислот 35:39 Линейные полимеры,образованные аминокислотами 37:34 Частота колебаний перехода степени окисления углерода от -4 до +4 38:20 Изменение репертуара аминокислот в ходе эволюции 39:06 Пептиды: что это, номенклатура и функции 46:00 Белки: что это, чем интересны, очистка белков 49:00 Чем отличаются разные белки и как их очистить 59:39 Разделение белков по размеру/форме 1:04:14 Разделение белков по заряду 1:06:05 Анализ белков - электрофорез 1:11:00 Непрямое определение последовательности белка 1:11:49 Зачем нужно знать последовательность белков 1:16:20 Определение количества замен в белке из разных организмов и сравнение белковых последовательностей 1:21:27 Отношение Константина к проекту с возвращением мамонта к жизни 1:21:56 Гомология белков коронавируса и белков человека 1:25:51 Выводы по белкам 1:27:10 Чем особенно интересны белки 1:31:05 Роль последовательности белков в определении их трехмерной структуры 1:33:44 Эксперимент Анфинсена 1:37:23 Бывают ли белки одной формы и разного состава и наоборот 1:40:01 Есть заряды, за которые аминокислоты цепляются, а потом ещё гидрофобные участки слипаются с гидрофобными, а гидрофильные с гидрофильными ? 1:41:49 Форма белка определяет его биологическую функцию? 1:45:34 Итоги стрима 1:46:29 Благодарности

[@jesuscrispe8466]

Волосатого показывают=)

[@jesuscrispe8466]

Там такой обьём данных в генетике,что человеческий мозг просто не способен запомнить.И тут волосатый выучивает по памяти стихотворения(данные) и рассказывает=)))))))))Его познания на уровне неандертальца в генетике.Знал бы он что то уже бы нашёл.Именно поэтому миллионы профессоров,но находит из этой толпы только единицы.

[@taraszas]

Великолепно! Как я рад, что наткнулся на эти лекции!🎉🎉🎉

[@ТамараНовикова-н8к]

Лекция поистине уникальна тем, как доступно и логично профессор доносит информацию. Спасибо Вам большое!

[@ЛизаМахт]

Спасибо Александру и Константину за этот лекционный цикл.Познавательно и интересно!

[@VyacheslavLogutin]

Поддержу.

[@YuliyaKomina]

Наконец-то добралась до белков. Я из тех, кто догоняет, потому что, дожив до 40 лет, пребывала в заблуждении, что все эти молекулы недоступны моему гуманитарно устроенному мозгу. Но как же всё это безумно интересно и понятно. Огромное спасибо Саше и безмерное уважение Константину!

[@lostinchineseroom]

огромное спасибо за новый выпуск. всё идеально) не прекращайте, пожалуйста!

[@leenur2374]

Огромная благодарность за ваше время! Несмотря на занятость обоих, вы даёте важный и интересный материал, который меняет взгляд на мир.

[@jelieva95s]

народ вопросы задает, я пересмотреть решила, но поняла, что надо вернуться к лекции 1

[@КураторЗемли]

Спасибо! Очень интересно, ждем продолжения, я каждую лекцию пересматриваю по 2-3 раза

[@polar_fox24]

Тоже так делаю. Помогает выстроить каркас из основных концептов. Константин отличный экскурсовод в этом лабиринте понятий - становится видно лес за деревьями )

[@Anna_German44]

Саша, эти встречи куда как круче теории заговора! Хотя тогда и они были интересны, но там довольно просто всё постичь было. А тут - раскрытие тайны жизни в таких подробностях. На приемлемом для понимания уровне. Хотя я "гуманитарий" и химию никогда не любила, едва общий принцип построения ДНК в школе уловила))) Константин, не останавливайтесь! Через несколько лет дочке подсуну, когда в школе будут это изучать.

[@MrSveta1988]

13:45 На этот вопрос я ответила правильно! Круто почувствовать, что ты что-то понимаешь в этих замечательных лекциях, взрывающих мозг филологу-испанисту 🇪🇸🙊. Спасибо вам, Константин и Александр за ваш труд!

[@silvercatMaryGur]

Огромное спасибо за такой классный контент ! Смотрю в повторе -не успеваю на прямые,но пересматриваю по 3 раза что б глубже вникнуть :)))

[@ОльгаМаркова-щ4р]

спасибо большое за эту серию лекций! и огромное спасибо Константину за его время

[@olegskudin8915]

Наконец-то смог посмотреть стрим. Онлайн и по дороге домой такой контент не получается воспринимать, но все равно очень познавательно и интересно. Спасибо Саше и Константину. Так что лайк 👍.

[@andreiprokopishin2906]

Спасибо за очередную порцию интереснейшей информации.

[@dina-n9005]

Большое спасибо за лекцию!!! В какой-то момент лайков было больше смотрящих) Но только бездельники в чате раздражали...

[@Guzelka66]

Спасибо большое ! Хочется продолжения таким же доходчивым и простым языком изложения. Лекция круче для понимания, чем ответы на вопросы ))))

[@zhuzhanata]

Спасибо большое за лекцию. Очень интересно!

[@rapperbeee]

Отличная лекция!

[@Zed-dead]

1 и 2 лекции пересмотрела,надо 3 и 4 тоже пересматривать.Огромное спасибо за возможность разобраться в этих непростых вещах и получить столько удовольствия

[@НадеждаСтаркова-н4е]

Спасибо, потихоньку осиливаю))

[@elenazhu-zhu9565]

Константин и Александр!Лекция чудесная, но после повторного , утреннего просмотра, ещё чудеснее!!! Благодарю Вас!

[@Tanya_Kokos]

отличный выпуск)

[@interkor85]

Спасибо за лекцию! Ждём продолжение.

[@НиколайСалюк-т5ч]

Здорово!!! Спасибо за популяризацию науки.

[@user-DarkYoda]

Спасибо Константин! Спасибо Александр! Всё очень интересно!!! Сложно и не всегда улавливаю но в общем понятно. Будет здорово если ваши лекции не закончатся! Популяризация науки , на мой взгляд , очень важно и обязательна!!!! Тем паче в стране где очередь к поясу Богородицы исчисляется сотнями метров!!! Ещё раз , Огромное спасибо и респект за ваш труд!

[@vitaliyburovoy6635]

Вопрос: Можно чуть подробнее про причину и про то, почему нужно было сделать этот выбор в пользу L-аминокислот? Цитата с 28:13 «Есть причина, по которой нельзя построить жизнь на смеси L- и D-. Нужно было сделать этот выбор, и этот выбор был сделан, по видимому, единожды. Мы потом поймём, почему нужно было сделать этот выбор.» - Respect Александру и Константину! Очень познавательно и интересно!

[@КураторЗемли]

Скорее случайно, это как орел и решка

[@Frankey2310]

Общим предком всех организмов случайно выбралось, а с тех пор уже не поменяешь

[@allamarchuk2983]

Super lector and super lectures. Thank you.

[@denisfedotov9923]

Супер лекция! Спасибо!

[@viktorcropesoff6901]

Мужчины,вы лучшие!

[@ФирузаИбрагимова-щ6ы]

Спасибо!

[@essenta]

Пеку блины под вашу лекцию. Хорошо так.

[@mayyaturovskaya294]

Love it, i need more strims!!!!!

[@Chistov_Ilya]

Константину желаю получения Нобнлевской! Аксиос!

[@polar_fox24]

1:36:08 в этом месте вспомнился аморфный Т1000 из Терминатора )

[@maximstepanov1548]

Вопрос: известно, что не все из 20 аминокислот синтезируются клетками, некоторые аминокислоты необходимо получать в "целом" виде из пищи. В таком случае как они находят путь в нужную клетку? Неужели они пытаются зайти с кровотоком во всё что попадается по дороге? Учитывая, что у нас триллионы клеток, путешествие по такой "колонке" Заняло бы вечность

[@sultanbekyermekov6725]

Но ведь нужда в них не появляется внезапно, а кровоток не останавливается примерно никогда. То есть их концентрация выравнена, и установился гомеостаз. А вот уже внутри клеток есть специальные транспортные машинки, которые тащат нужные вещи буквально шагая ножками по рельсам

[@5nwKr3Fcjgo7i3]

Вечер в хату - Константин Викторович в радость!

[@yevhenopikun5555]

Вопрос: Константин Викторович расскажите про Бронувское движение молекул внутри клетки, как они находят нужные места? как нужный билок или аминокислота или другой фермент "прилетает" к нужному месту ? они же не истребители с пилотами и картами маршрута , это молекулы , КАК ОНИ ЗНАЮТ КУДА ПЛЫТЬ? это заряды или что за силы их заставляют плыть к рибосоме или к ядру или к цитоллеме.

[@jsemashko]

Как всегда, большое спасибо за лекцию! Вопрос: если у белок может быть "гетеромультимерным" (если я правильно понял -- состоять из разных пептидных цепочек), то как он собирается в результате процесса трансляции -- ведь при трансляции синтезируется непрерывная пептидная цепь? Или идет вначале трансляция нескольких частей такого белка, а затем их объединение в единый белок? Еще вопрос: может ли несколько гетеромульимерных белков иметь какую-то общую субъединицу?

[@hermansamsonov4317]

Вопрос: На поверхности каждой клетки организма находится молекула MHC1, презентирующая фрагменты белков (эпитопы) наших же клеток, чтоб иммунные клетки нас же не били, считывая это как «родственный белок». MHC1 комплексы кодируются генами HLA, на этом строится трансплантология, сексуальная привлекательность партнеров (поговаривают) Но на поверхности этой молекулы MHC1 презентируется последовательность всего лишь из 8-10 амнокислот. MHC2 молекула, находится на поверхности иммунокомпетентных клеток, которые поедая бактерию, презентируют через эту молекулу эпитопы бактерий, тоже короткие по длине, но уже чтобы на носителей этих эпитопов нападали. Учитывая всё разнообразите организмов, эпитопы кажутся слишком маленькими чтоб не происходили повсеместные атаки собственного иммунитета на свои же клетки, они встречаются в виде аутоиммунных заболеваний, но это крайне маленькое значение по сравнению со всеми миллиардами антигенов с которыми сталкиваются все миллиарды иммунокомпетентных организмов включая людей..?? я что то не понимаю помогите

[@sultanbekyermekov6725]

Иммунные клетки, кодирующие антитела, проходят стадию взросления из наивных лейкоцитов до хороших таких бойцов в селезёнке и лимфоузлах. Во время этого процесса у них буквально меняется ДНК (антитела же кодируются генами). После множественных перестроек ДНК, нужных для кодирования антител к совершенно случайным антигенам, действительно образуются и атакующие собственные ткани варианты. Селекция (отбор) проходит в несколько стадий, но упрощая, скажу, что аутоиммунные варианты убиваются и не идут в продакшн. Только после проверки на отсутствие агрессии к своим лимфоциты проходят дифференциацию и поступают на службу

[@SlofLove]

ВОПРОС: в теме про стереоизомеры и хиральность аминокислот, Константин сказал, что на любом химическом заводе, как бы эти аминокислоты не синтезировали, всегда получается рацемат. Как в живом организме получается синтезировать только левовращающие энантиомеры? Спасибо

[@sultanbekyermekov6725]

Во-первых исходники уже левовращающие, и модификации не затрагивают стереохимию, а во-вторых ферменты не химзавод, и настроены (за счёт своей формы и структуры) делать только один энантиомер

[@ЕленаАндреева-э1о]

👏👏👏

[@NaeelMaqsudov]

Вопрос: Могла ли жизнь всё-таки возникнуть не единожды, а «лишняя» её версия (основанная на d-хиральных молекулах) бала вытеснена? Как бы взаимодействовали организмы этих двух версий между собой, если бы они были созданы и помещены в одну пробирку?

[@rlruwy]

Я тут как раз в 5 утра собирался посмотреть документалку о лесных белках, а тут такое...

[@essenta]

Александр, призовите, пожалуйста, в комментарии таланты из "творческого задания", чтобы они чего-нибудь по темам лекций Константина сочинили. Хочется поэзии и покекать после напряжения мозгов.

[@lazarkarabin8829]

С интересом прослушав полезную лекцию, я решился на заявление. Здесь часто упоминался заряд белков. Не следует это понимать так, что пробирка с положительно заряженным белком притянется электростатически к пробирке с отрицательно заряженным белком. Дело в том, что всё, о чём шла речь, происходит в водном растворе, заряды тут разделяются по механизму диссоциации, то есть кислотная группа СООН отщепляет протон Н+ и остаётся отрицательно заряженный карбоксил СОО-. Или к NH2 цепляется протон и образуется NH3+. В первом случае здесь же в растворе плавает отщеплённый протон, во втором - осиротевший гидроксил ОН-. А в целом раствор остаётся, слава богу, электронейтральным, хотя на соотв. участках молекулы белка действительно образуются заряды.

[@Nistelroy4eg]

весь ютуб смотрю на х2. тут пришлось 1.5 включить)

[@كافر-م5ز]

Л вариант, предполагают, стал основным из-за влияния магнитного поля солнца (типа когда то оно полюсом к планете располагалось)

[@ivannovikov4728]

ВОПРОС - если мы несколько раз скомкаем цепочку в комок, то каждый раз будет разная форма, локальный максимум компактности. Как белку удается достичь глобального оптимума, одной идеальной формы, а не остановиться на локальном оптимуме?

[@Dron008]

За ответ на этот вопрос сразу Нобелевка, наверное )

[@ipatimo]

Вопрос. Если пространственная структура белка полностью определяется последовательностью аминокислот, то как же получаются прионы?

[@ElviraGarkusha]

Тот редкий случай, когда мало что понятно, но жутко Интересно!!

[@KoverVertolet]

Вопрос: есть ли какие-нибудь предположения почему происходит нарушение симметрии хиральности, как происходит "выбор" в пользу той или иной формы аминокислот? И как происходит проверка внутри клетки на нужную форму аминокислоты при синтезе белков?

[@АлександрМоргушин-ф3ю]

Вопрос Константину: я уверен, что кто-нибудь пробовал сделать белки на правосторонних цепях, а каков результат? Погуглю, но хотелось бы ответа и в лекции

[@igoraidemirovia5252]

Слово «форма» плохо передаёт содержания того, что у белка «работает». Во-первых, «работа» подразумевает поток энергии, в котором что-то происходит. А во-вторых, вся эта «форма» состоит не из твёрдых (или мягких) поверхностей с определёнными границами, а может быть представлена в виде областей электрических и магнитных притяжений и отталкиваний около облачка очень мелких, но очень сильных электрических зарядов и магнитиков. И все эти магнитики и заряды дёргаются и трясутся от того, что с разных сторон на них случайно налетают другие клубки зарядов и магнитиков. Если налетевшие друг на друга клубки сблизились отталкивающимся частями. То они просто разлетятся. Если же структуры комплементарны, то они в некотором положении «слипаются» друг с другом. Поэтому «форма» - это пространственная структура с определённой геометрией расположения атомов или прочно связанных групп атомов (прочность связи разных групп атомов различна, что и определяет выделение в крупной молекуле атомных групп, оснований и т.п.).

[@irinanur-va1526]

Вопрос. Сколько времени живёт белок и от чего зависит время его жизни?

[@alaksiejstankievicx]

Насчёт языков мы не знаем возникали они много раз или один, методы сравнительного языкознание не позволяют опустится больше 5-8 тыс. лет, а языки возникли гораздо раньше, то есть мы про них абсолютно ничего не знаем и пока не предвидится методов по их изучению.

[@sergeilyubski852]

Вопрос: Может немного не в тему. Расскажите, пожалуйста, о разнице между растительными и животными клетками. И как и где синтезируются аминокислоты? Насколько я понимаю они синтезируются растениями из простых соединений азота и сахаров ? Это вообще науке известно?

[@AntiChuk]

Вопрос про с эксперимент Анфинсена: сам эксперимент вроде понятен, но не слишком ли сильный вывод сделан? Окей, эксперимент показал, что конкретный белок имеет "нативную" форму. Значит такие белки существуют. Далее, мы можем Предложить, что Все белки в живых организмах обладают своей "нативной" формой. Но это ведь тоже нужно доказать. Ну и из эксперимента вроде совсем не следует, что любая (синтетически сгенерированная) цепочка аминокислот будет этой самой "нативной" формой обладать. Просто такие "аминокислотные спагетти" бесполезны, а значит не пройдут естественный отбор...

[@polar_fox24]

? Вопрос ? Если я правильно понимаю, то мы (человечество) уже можем пытаться конструировать новые белки. Это ведь целая неизведанная Вселенная! Насколько мы близки к тому, чтобы конструировать белки по "техзаданию", зная какие свойства нам нужны? Даже не могу представить сложность такой задачи. Если такие сумасшедшие вещи уже делаются, то получалось ли достигать хорошей степени совпадения прогноза свойств спроектированного "на бумаге" белка и результатов экспериментальной проверки этого прогноза? пс: благодарен за эти лекции и добавил свою маленькую аминокислоту в цепочку живительных донатов.

[@nikitapetrov6203]

Вопрос: как по трём "буквам" РНК определяется, какая аминокислота должна быть прилеплена при синтезе белка?

[@KoverVertolet]

в цитоплазме находятся транспортные РНК, которые имеют вид клеверного листа: 3 плеча и ножка. К ножке ферментами крепится своя специфичная аминокислота, а на противоположном плече находится триплет (набор из трех букв), комплиментарный какому-то триплету на матричной РНК. мРНК сначала попадает в рибосому - органеллу, функционально представляющую из себя еще один вид РНК - рибосомную РНК. Благодаря этому, рибосома может читать триплеты мРНК и подставлять к ним комплиментарную тРНК. При этом в рибосоме есть "место" одновременно для двух тРНК: А-участок и P-участок. Сначала на стартовый триплет подставляется инициаторная тРНК в P-участок, затем в А-участок подставляется другая тРНК, комплиментарная следующему триплету мРНК. В этот момент аминокислоты связываются аминной и карбоксильной группами, а инициаторная аминокислота отсоединяется от своей тРНК. После происходит сдвиг всей рибосомы дальше по мРНК, инициаторная тРНК высвобождается в цитоплазму, а еще связанная и оставшаяся в рибосоме тРНК переходит из А-участка в P-участок и процесс повторяется.

[@Dron008]

Поищите видео "Life Science - Protein synthesis (Translation)". Там хоть и на английском, но показано классно. Есть транспортные РНК, которые с одной стороны содержат 3 буквы, с другой - аминокислоту и такие для всех 20 типов. В рибосоме есть место для очередной тРНК и для следующей. Рибосома как змейка ползает по РНК, ловит новые тРНК (они случайно залетают, похоже, и остаются только комплементарные), потом что-то ещё проделывает, в итоге аминокислоты отрываются и добавляются к текущей цепочке белка, а остатки тРНК выкидываются, следующая тРНК становится на место текущей и рибосома ползёт дальше.

[@polar_fox24]

@@KoverVertolet шикарно. вот это конвейер у нас внутри каждой клетки работает, в голове не укладывается )

[@АлександрМоргушин-ф3ю]

Ещё вопросы Константину, но уже не по теме лекции. Почему вирусы папиломы, герпеса, цитомегаловируса плохо лечатся, и плохо элиминируются иммунитетом? Вич - понятно, подавляет клетки имунной системы, а эти? Почему вообще трудно найти мишени в лечении вирусных болезней по сравнению с бактериальными? Вирусные машинки настолько проще и похожи на наши собственные механизмы?

[@iambatmantoo]

Не Северинов, но отвечу. Собственной клеточной машинерии, которую можно сломать чтобы остановить его жизнедеятельность, у вируса в подавляющем большинстве случаев просто нет. Вирус - это только кусок генетического кода в некоей оболочке, позволяющей ему как-нибудь вкидывать этот код внутрь клетки. А далее происходит рейдерский захват уже существующего внутри неё инструментария, так чтобы далее она только производила новые копии вируса и выкидывала их наружу.

[@elenaasadova6996]

Константин, простите за прямоту, Вы очень умный мужчина, хотела бы за такого умного мужчину выйти замуж!!!

[@JD-vi6kg]

👍👍👍👍

[@AntiChuk]

Вопрос: почему на слайде 35:56 (где показано, как аминокислоты образуют цепи) у правой аминокислоты в аминогруппе только два атома водорода? Не три разве должно быть? Я куда-то не туда смотрю, или так и должно быть?

[@sultanbekyermekov6725]

Не Северинов, но: Количество водородов у незамещённой аминогруппы это функция от кислотности среды, поэтому их может быть как две, так и три. В растворе третий протон постоянно приходит и уходит, равновесие в этом плане динамическое. Разница в среднем времени, которое аминокислота удерживает протон. А реакция карбоксила возможна только со свободной непротонированной аминогруппой, третий водород просто занял бы нужное место.

[@AntiChuk]

@@sultanbekyermekov6725 Спасибо

[@irenarusko4565]

Liels paldies par raidijumu!

[@JuliannaTTTT]

Sveiki!

[@maximstepanov1548]

Вопрос: чем У- хромосома отличается от Х? Почему есть У-хромосомный Адам, но нет Х-хромососного общего предка?

[@Dron008]

Почему, есть общий предок по женской линии - Ева и между ними разница в десятки тысяч лет даже )

[@МарияБехтина]

Вопрос. Почему часто говорят о 20 аминокислотах, когда их 21?

[@ddmitrie]

Вопрос: когда белок неправильно свернут (прионное заболевание) - известен ли механизм, который заставляет другие молекулы таких же белков пересворачиваться тоже неправильно? Распространяется ли подобная уязвимость, ведущая к потере функций белков, на все белки, или только на узкоспецифичные виды? Вопрос: Можете пригласить в эфир кого-либо из авторов той статьи про гомогенность белков, которую сходу отверг кто-то из сотрудников Северинова? По-моему тот email содержит ошибки -- как минимум в статье говорится о более чем 2 дюжин совпадений, а вовсе не 14. Хотелось бы услышать мнение авторов - они явно не глупые люди, их статья очень любопытная. И если они согласятся - им вопрос, конечно, можно ли подобные поиски провести с белками других вирусов, менее патогенных и более патогенных, чем ковид.

[@SP-st6tv]

коммен для моддержки видеа!

[@Frankey2310]

Что же за звук издал Денис?))))

[@human8142]

о круто. я в Эскапизм. Прошу считать меня коммунистом.

[@polar_fox24]

? Вопрос ? Есть ли у белков шансы сохраниться в окаменелостях на миллионы лет и существуют ли методы извлечь их оттуда?

[@Dron008]

Вопрос: интересно, а почему в статье сравнивали белки коронавируса и человека, а не геномы?

[@dmitrychoobise]

Потому что белки конечный продукт, а не геномы.

[@valentinayanovskaya4188]

Спасибо!