NCBI GEOのGEO2Rを使って公開されているマイクロアレイデータを解析する

doi.org/10.7875/togotv.2021.016
NCBI GEO (Gene Expression Omnibus)はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。GEOに登録されているマイクロアレイ実験のデータを、フリーのデータ解析環境 R をベースに解析できるツール GEO2Rの使い方を紹介します。 GEO2Rを使って、2つ以上のグループの実験データを比較し、実験条件によって発現が異なる遺伝子を特定することができます。今回は、喫煙による口腔粘膜の遺伝子発現変化を調べた実験 (Effects of Cigarette Smoke on the Human Oral Mucosal Transcriptome: GSE17913を例に、それぞれのサンプルを発現量の差を調べたいグループに分け、検定の結果発現量に差が大きいとされた上位の遺伝子を表示したり、各統計量について解釈する方法について紹介します。
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