RNAseqChefをDocker環境で使って公開RNA-seqデータの3群間多重比較解析を行う

doi.org/10.7875/togotv.2024.031
RNAseqChef imeg-ku.shinyapps.io/RNAseqChef/ は、RNA-seqにより得たカウントデータを自動的に解析・可視化するウェブアプリケーションです(原著論文: A web-based integrative transcriptome analysis, RNAseqChef, uncovers the cell/tissue type-dependent action of sulforaphane doi.org/10.1016/j.jbc.2023.10... kan-e.github.io/RNAseqChef_ma...
本動画では、3 conditions DEG (3群間多重比較の遺伝子発現変動解析) の使い方について詳細に解説します。
また、RNAseqChefは本動画の撮影時点ではウェブサーバー上でも実行可能ですが、アクセスの集中などの要因で繋がらない、実行できない場合などが考えられます。さらに、サンプルサイズが大きいデータ(n ＞ 50)の解析など、サーバーのメモリ上限の都合上、解析を実行できない場合もあります。このような問題を解消するために、Docker版のソフトウェアを用いてRNAseqChefを実行する手順についても紹介します。
Docker版では、サーバー上にデータをアップロードせずにお手持ちのPC内で解析を実行するため、守秘義務のあるデータも安心して解析することができます。
RNAseqChefの使い方について合わせて、「RNAseqChef を使って公共データベース上のRNA-seqデータに対して2群間の比較解析を行う」( • RNAseqChef を使って公共データベー... )「RNAseqChef: 遺伝子発現変動を自動的に可視化するRNA-seq統合解析ツール @ 日本エピジェネティクス研究会リソースセミナー」( • RNAseqChef: 遺伝子発現変動を自動... ) もご覧ください。
0:00 RNAseqChefをDocker環境で使って公開RNA-seqデータの3群間多重比較解析を行う
1. RNAseqChefの概要 (0:10)
2. DockerインストールからローカルでのRNAseqChefの起動まで(2:20)
3. ターミナルでのDockerコマンド操作(4:49)
4. 公共データベースGREINからのデータの取得(8:28)
5. 3 conditions DEG: インプットデータ・セッティングパネルの設定(10:32)
6. 3 conditions DEG: Result overview の説明 (12:29)
7. 3 conditions DEG: GOI (Genes of interest) profiling の説明 (13:09)
8. 3 conditions DEG: Enrichment analysis の説明 (13:59)
9. 解析結果とレポートの一括ダウンロード (14:20)
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使用音楽クレジット
[BGM]
"May not"
Music by Khaim : www.khaimmusic.com/
[Ending]
"Geneve"
Music by Khaim : www.khaimmusic.com/
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#togotv#DBCLS#bioinformatics